水銀（結晶学）

Mercury (結晶構造の可視化、探索、分析ソフトウェア)
	Mercury 4. 2. 0. スクリーンショット
原作者	FH アレン
開発者	ケンブリッジ結晶学データセンター
初回リリース	2001年; 23年前
安定版リリース	Mercury 4.2.0 / 2019 ; 5年前
プレビューリリース	マーキュリー 4.2.0
オペレーティング·システム	Windows、Linux 64ビット、MacOS
ライセンス	無料ダウンロードソフトウェア
Webサイト	www.ccdc.cam.ac.uk/Community/csd-community/freemercury/

Mercury は、ケンブリッジ結晶学データセンターによって開発されたフリーウェアで、もともと結晶構造の視覚化ツールとして設計されました。Mercury は、結晶構造の 3 次元視覚化に役立ち、結晶パッキングと分子間相互作用の描画と分析に役立ちます。^[1]現在のバージョンの Mercury は、「cif」、「 .mol」、「.mol2」、「.pdb」、「.res」、「.sd」、および「.xyz」タイプのファイルを読み取ることができます。Mercury には、ファイル名拡張子が「.mryx」の独自のファイル形式があります。^[2]

歴史

ケンブリッジ結晶学データセンター（CCDC）は、 WindowsおよびLinuxを含むさまざまな種類のUnixで動作するConQuestとMercury ^{[3]という2つのプログラムを開発し、リリースしました。ConQuestは、}2次元および3次元の部分構造検索など、さまざまなタスクを実行するFortranコードを備えたケンブリッジ構造データベース（CSD）の検索インターフェイスです。Mercuryは、分子間接触を探索する機能を備えた結晶構造ビジュアライザーとして導入されました。Mercuryプログラムは、完全にオブジェクト指向のC++で書かれています。C++ Qtライブラリは GUIの構築に使用され、 3次元グラフィックスレンダリングにはOpenGLが使用されています。第1世代のMercuryの主な目的は、.MOL2、.PDB、.CIF、.MOLファイル形式で結晶構造の3次元表示を提供することです。^[4]最初のバージョンでは、約2800人のユーザーがMercuryの電子メール通知リストにサインオンしました。^[5] Mercury 2.0は2008年に発売され、結晶構造のパッキング傾向を解釈・比較するためのツールが追加されました。2015年以降にリリースされたMercuryバージョンでは、3Dプリントを生成するための追加機能が提供されています。^[6] Mercuryの現在のバージョン4.0は、以前のバージョンと比較して視覚的なインターフェースが大幅に進化しました。^[2]

ライセンス

Mercuryは無料ダウンロードソフトウェアとして入手可能で、CSDライセンスがあればより高度な機能を備えたフルバージョンのMercuryも利用可能。ライセンスがない場合、高度な機能は無効になります。ケンブリッジ結晶学データセンター（CCDC）は学術機関にCSDライセンスを提供しています。^[2]

参照

参考文献

^ Clare F., Macrae (2006 年 2 月 28 日). 「Mercury: 結晶構造の視覚化と分析」(PDF) . Journal of Applied Crystallography . 39 : 453. doi :10.1107/S002188980600731X.
^ abc 「Mercury ユーザーガイドとチュートリアル」(PDF) . ccdc.cam.ac.uk .
^ Allen, Frank H. (2002-05-29). 「ケンブリッジ構造データベース: 25万の結晶構造と増加中」. Acta Crystallographica Section B: 構造科学. 58 (3). 国際結晶学連合 (IUCr): 380–388. doi :10.1107/s0108768102003890. ISSN 0108-7681.
^ Bruno, IJ「ケンブリッジ構造データベースを検索し、結晶構造を視覚化する新しいソフトウェア」Acta Crystallographica Section B. B58 : 389. doi :10.1107/S0108768102003324.
^ I. Sovago 、 CF Macrae。「Mercury 4.0: 視覚化から分析、設計、予測まで」( PDF)。Journal of Applied Crystallography。53 : 226。doi : 10.1107/ S1600576719014092。PMC 6998782。
^ 「3Dプリンティング：1、2、3の簡単さ！」ケンブリッジ結晶学データセンター（CCDC）。2015年8月19日。 2019年5月18日閲覧。

外部リンク

公式サイト

[1] Clare F., Macrae (2006 年 2 月 28 日). 「Mercury: 結晶構造の視覚化と分析」(PDF) . Journal of Applied Crystallography . 39 : 453. doi :10.1107/S002188980600731X.

[pdf-2] 「Mercury ユーザーガイドとチュートリアル」(PDF) . ccdc.cam.ac.uk .

[3] Allen, Frank H. (2002-05-29). 「ケンブリッジ構造データベース: 25万の結晶構造と増加中」. Acta Crystallographica Section B: 構造科学. 58 (3). 国際結晶学連合 (IUCr): 380–388. doi :10.1107/s0108768102003890. ISSN 0108-7681.

[4] Bruno, IJ「ケンブリッジ構造データベースを検索し、結晶構造を視覚化する新しいソフトウェア」Acta Crystallographica Section B. B58 : 389. doi :10.1107/S0108768102003324.

[5] ^ I. Sovago 、 CF Macrae。「Mercury 4.0: 視覚化から分析、設計、予測まで」( PDF)。Journal of Applied Crystallography。53 : 226。doi : 10.1107/ S1600576719014092。PMC 6998782。

[6] 「3Dプリンティング：1、2、3の簡単さ！」ケンブリッジ結晶学データセンター（CCDC）。2015年8月19日。 2019年5月18日閲覧。