複数遺伝子座VNTR解析

多座位 VNTR 分析( MLVA ) は、病原細菌などの特定の微生物の遺伝子分析に用いられる方法であり、直列に繰り返される DNA 配列の多型性を利用します。「VNTR」は「可変数直列反復」です。この方法は、人間のDNA フィンガープリンティングの基礎となるため、法医学ではよく知られています。細菌に適用すると、法医学微生物学に貢献し、特定の菌株の発生源を最終的に追跡できるため、アウトブレイク監視に有用な技術となります。

典型的な MLVA では、適切に選択され、特徴付けられた (突然変異率と多様性の点で) 多数の遺伝子座がポリメラーゼ連鎖反応 ( PCR ) によって増幅され、各遺伝子座のサイズは、通常、増幅産物を参照 DNA フラグメント (いわゆる DNA サイズマーカー) とともに電気泳動することによって測定されます。必要なサイズ推定精度とローカルな研究室のセットアップに応じて、基本的なアガロースゲル電気泳動から、より洗練されたハイスループットのキャピラリー電気泳動装置まで、さまざまな電気泳動装置を使用できます。^[1]このサイズ推定から、各遺伝子座の反復単位の数を推測できます。結果として得られる情報は、アッセイが調和され標準化されると、参照データベースと簡単に比較できるコードです。^[2]^[3]

MLVAは、結核菌^[4] 、炭疽菌^[5] 、ブルセラ菌^[6]、^[7]など、そのような調和が達成できる多くの病原体の主要な第一線型判定ツールとなっている。

一部の MLVA 関連 Web サイト

https://web.archive.org/web/20141225151444/http://tandemrepeat.u-psud.fr/
http://minisatellites.u-psud.fr/
翻訳：
http://www.mlva.eu/
http://www.umcutrecht.nl/subsite/MLVA/
http://miru-vntrplus.org/
http://www.pasteur.fr/recherche/genopole/PF8/mlva/
http://mlva.net/
https://web.archive.org/web/20130927082141/http://microgeno.org/

MLVAデータ解析用ソフトウェア

GeneMapper 特定のブランドのキャピラリー電気泳動装置からのピークの正規化とサイズ呼び出しを行う商用ソフトウェア。
BioNumerics は、MLVA や、より一般的には文字データセットを含む、大規模な生物学的データパネルを保存および分析するための商用バイオインフォマティクスソリューションです。MLVA データに対して、正規化、サイズコール、サイズ補正、繰り返し数の割り当て、クラスター分析を実行できます。

参考文献

^ Vergnaud G、Pourcel C (2009)。「多遺伝子座可変タンデムリピート数解析」。微生物の分子疫学。方法分子生物学。第551巻。pp. 141– 58。doi : 10.1007 / 978-1-60327-999-4_12。ISBN 978-1-60327-998-7. PMID 19521873。
^ Grissa I、Bouchon P、 Pourcel C、Vergnaud G (2008)。「MLVA または CRISPR タイピングを使用した細菌のミクロ進化研究のためのオンラインリソース」。Biochimie。90 ( 4 ) : 660– 8。doi :10.1016/ j.biochi.2007.07.014。PMID 17822824 。
^ Nadon CA、Trees E、Ng LK、Møller Nielsen E、Reimer A、Maxwell N、Kubota KA、Gerner-Smidt P、MLVA 調和ワーキンググループ (2013)。「研究室間監視ツールとしての MLVA 法の開発と応用」。Euro Surveill。18 ( 35 ) : 20565。doi : 10.2807 / 1560-7917.es2013.18.35.20565。PMC 5667538。PMID 24008231。
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^ Thierry S, Tourterel C, Le Flèche P, Derzelle S, Dekhil N, Mendy C, Colaneri C, Vergnaud G, Madani N (2014). 「31 遺伝子座のマルチ遺伝子座 VNTR 解析に基づくフランスの Bacillus anthracis 株の遺伝子型判定: 疫学、マーカー評価、およびインターネット遺伝子型データベースの更新」. PLOS ONE . 9 (6): e95131. doi : 10.1371/journal.pone.0095131 . PMC 4046976. PMID 24901417 .
^ Scholz HC, Vergnaud G (2013). 「 ブルセラ属菌の分子特性」 Rev. Sci. Tech . 32 (1): 149– 62. doi :10.20506/rst.32.1.2189. PMID 23837373.
^ Lindstedt BA、Torpdahl M、Vergnaud G、Le Hello S、Weill FX、Tietze E、Malorny B、Prendergast DM、Ní Ghallchoir E、Lista RF、Schouls LM、Söderlund R、Börjesson S、Åkerström S (2013)。「ヨーロッパ 8 か国における多座位可変数タンデムリピート解析 (MLVA) の使用、2012 年」。ユーロ監視。18 (4 ) : 20385.doi : 10.2807/ese.18.04.20385-en。hdl : 11250/219465。PMID 23369388。

[1] Vergnaud G、Pourcel C (2009)。「多遺伝子座可変タンデムリピート数解析」。微生物の分子疫学。方法分子生物学。第551巻。pp. 141– 58。doi : 10.1007 / 978-1-60327-999-4_12。ISBN 978-1-60327-998-7. PMID 19521873。

[2] ^ Grissa I、Bouchon P、 Pourcel C、Vergnaud G (2008)。「MLVA または CRISPR タイピングを使用した細菌のミクロ進化研究のためのオンラインリソース」。Biochimie。90 ( 4 ) : 660– 8。doi :10.1016/ j.biochi.2007.07.014。PMID 17822824 。

[3] Nadon CA、Trees E、Ng LK、Møller Nielsen E、Reimer A、Maxwell N、Kubota KA、Gerner-Smidt P、MLVA 調和ワーキンググループ (2013)。「研究室間監視ツールとしての MLVA 法の開発と応用」。Euro Surveill。18 ( 35 ) : 20565。doi : 10.2807 / 1560-7917.es2013.18.35.20565。PMC 5667538。PMID 24008231。

[4] Blouin Y, Hauck Y, Soler C, Fabre M, Vong R, Dehan C, Cazajous G, Massoure PL, Kraemer P, Jenkins A, Garnotel E, Pourcel C, Vergnaud G (2012). 「アフリカの角で非常に深く分岐した Mycobacterium tuberculosis 系統が同定されたことの重要性」. PLOS ONE . 7 (12): e52841. doi : 10.1371/journal.pone.0052841 . PMC 3531362. PMID 23300794 .

[5] Thierry S, Tourterel C, Le Flèche P, Derzelle S, Dekhil N, Mendy C, Colaneri C, Vergnaud G, Madani N (2014). 「31 遺伝子座のマルチ遺伝子座 VNTR 解析に基づくフランスの Bacillus anthracis 株の遺伝子型判定: 疫学、マーカー評価、およびインターネット遺伝子型データベースの更新」. PLOS ONE . 9 (6): e95131. doi : 10.1371/journal.pone.0095131 . PMC 4046976. PMID 24901417 .

[6] ^ Scholz HC, Vergnaud G (2013). 「 ブルセラ属菌の分子特性」 Rev. Sci. Tech . 32 (1): 149– 62. doi :10.20506/rst.32.1.2189. PMID 23837373.

[7] Lindstedt BA、Torpdahl M、Vergnaud G、Le Hello S、Weill FX、Tietze E、Malorny B、Prendergast DM、Ní Ghallchoir E、Lista RF、Schouls LM、Söderlund R、Börjesson S、Åkerström S (2013)。「ヨーロッパ 8 か国における多座位可変数タンデムリピート解析 (MLVA) の使用、2012 年」。ユーロ監視。18 (4 ) : 20385.doi : 10.2807/ese.18.04.20385-en。hdl : 11250/219465。PMID 23369388。