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構造的に類似したタンパク質のファミリー（FSSP）は、「距離行列アライメント」（DALI）アルゴリズムを使用して生成された、構造的に重ね合わせたタンパク質のデータベースです。このデータベースには現在、330の代表的なタンパク質鎖それぞれについて、拡張された構造ファミリーが含まれています。各データセットには、1つの検索構造と、代表セット内の構造的に有意に類似した他のすべてのタンパク質（遠縁相同体、配列同一性30%未満）との構造アライメント、および検索構造に対して70～30%の配列同一性を持つタンパク質データバンク内のすべての構造（中程度の相同体）との構造アライメントが含まれています。非常に近い相同体（配列同一性70%以上）は、顕著な構造的差異がほとんどないため除外されています。遠縁相同体のアライメントは、330の代表的なタンパク質鎖のセットにおける、ペアワイズの全対全構造比較の結果です。このような比較はすべて、タンパク質の3D座標のみに基づいており、自動（客観的）構造比較プログラムによって導出されます。構造類似性の重要性は統計的基準に基づいて推定されます。FSSPデータベースはEMBLファイルサーバーから電子的に、また匿名FTP（ファイル転送プロトコル）で入手可能です。[ 1 ]このデータベースはタンパク質構造の比較に役立ちます。