システム生物学モデリングソフトウェア一覧

システム生物学は、生物学的プロセスを理解し予測するために数学モデルを構築することに大きく依存しています。モデル構築を支援する専用ソフトウェアは、最初のデジタルコンピュータの登場以来開発されてきました。 ^{[ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ]}以下は、研究者が利用できる現在サポートされているソフトウェアアプリケーションの一覧です。

現代のシステム生物学モデリングソフトウェアの大部分は、生物学的細胞プロセスのモデル交換における事実上の標準であるSBMLをサポートしています。一部のツールは、生理学的プロセスを表現するために使用される標準であるCellMLもサポートしています。標準フォーマットを使用する利点は、特定のソフトウェアアプリケーションが最終的にサポートされなくなり、使用できなくなったとしても、そのアプリケーションで開発されたモデルをより新しい同等のアプリケーションに容易に移行できることです。これにより、研究成果が最初に発表された後も、科学研究の再現性を維持することができます。

特定のツールに関する詳細情報を入手するには、ツール名をクリックしてください。クリックすると、査読済みの論文、またはまれなケースでは専用のWikipediaページに移動します。

以下の表は、モデリングツールとは分類できない専門ツールの一覧です。

粒子ベースのシミュレーターは、対象となる各分子を連続空間内の個々の粒子として扱い、分子拡散、分子と膜の相互作用、化学反応をシミュレートします。^{[ 51 ]}

モデルのキャリブレーションは、システム生物学モデルを開発する上で重要な作業です。この表では、システム生物学モデラーが利用できる現在のモデルキャリブレーションツールの一部を紹介します。最初の表は、SBML互換のツールを一覧にしたものです。

PEtab ^{[ 64 ]}は、モデル較正実行を指定するためのコミュニティ標準です。

以下は、1980年代以前に開発された生化学システムのモデリング用ソフトウェアのごく初期の例です。これらは歴史的な興味のために記載されています。

以下は、1980年代および1990年代に開発されたソフトウェアモデリングアプリケーションの一部を示したリストです。これらは歴史的な参考資料として掲載されています。