コパシ

COPASI ^[1] (COmplex PAthway SImulator) は、代謝ネットワーク、細胞シグナル伝達経路、制御ネットワーク、感染症など、生物学的プロセスの数学的モデルを作成および解決するためのオープンソースソフトウェアアプリケーションです。

COPASIは、1990年代初頭にペドロ・メンデスによって開発されたGepasi ^[2]シミュレーションソフトウェアに基づいています。COPASIの初期開発は、バージニアバイオインフォマティクス研究所とクラウス・チラ財団によって資金提供されました。現在の開発努力は、国立衛生研究所、BBSRC、ドイツ教育省 からの助成金によってサポートされています。

COPASI は、マンチェスター大学(英国)、ハイデルベルク大学(ドイツ)、バージニア バイオインフォマティクス研究所(米国)の国際協力の成果です。プロジェクトの主任研究者はPedro Mendes 氏と Ursula Kummer 氏です。主任ソフトウェア アーキテクトは Stefan Hoops 氏と Sven Sahle 氏です。

COPASI には、生物学的プロセスのモデルを定義し、これらのモデルをシミュレートおよび分析し、分析レポートを生成し、SBML 形式でモデルをインポート/エクスポートする機能が含まれています。

• モデル定義: モデルは分子種間の化学反応として定義されます。モデルのダイナミクスは、個々の反応に関連する速度法則によって決定されます。モデルには、システムのダイナミクスを指定するのに役立つコンパートメント、イベント、およびその他のグローバル変数を含めることもできます。
• タスク: タスクは、モデルで実行できるさまざまな種類の分析です。タスクには、定常状態分析、化学量論分析、決定論的および確率的シミュレーション アルゴリズムを使用した時間経過シミュレーション、代謝制御分析、リアプノフ指数の計算、時間スケールの分離、パラメーター スキャン、最適化、およびパラメーター推定が含まれます。
• インポートとエクスポート: COPASI は、 Gepasi 形式だけでなくSBML形式のモデルも読み取ることができます。COPASI は、 SBML 、 Cプログラミング言語のソース コード、Berkeley Madonnaファイル、XPPAUT ファイルなど、さまざまな形式でモデルを書き込むことができます。

• システム生物学モデリングソフトウェアのリスト

• COPASIホームページ
• メンデスグループ、
• ハイデルベルク大学生物学的プロセスモデリング学科