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ニューヨーク州運輸局（NYSDOT）は、州間高速道路、国道、州道を含む州高速道路網の設置と分類を担当しています。ニューヨーク州では、国道と州間高速道路は州道として分類されますが、路線番号にはそれぞれ「U」または「I」の文字が付加されます。そのため、国道、州間高速道路、州道の間には重複が見られます。
ニューヨーク州の州道システムは、各郡の道路管理部門が番号を付けて維持管理する一連の道路からなる郡道システムによって補完されている。隣接するニュージャージー州は州全体で統一された番号システムを採用しているが、ニューヨーク州にはそのようなシステムは存在しない。その代わりに、各郡は他の郡とは独立して道路に番号を付けている。そのため、郡道は通常、郡境を越える際に番号が変わる。
州道と郡道のシステムが重複している場合もあります。具体的には、ニューヨーク州の国道や州道の一部は、国道または州道として標識が設置されていますが、その道路が属する郡によって維持管理されています。これらの郡が維持管理する区間には、郡の標識設置方法によっては、国道または州の指定と並んで郡道の指定が表示される場合とされない場合があります。ナイアガラ郡のニューヨーク州道148号線のように、完全に郡によって維持管理されている州道もあります。
ニューヨーク州スルーウェイ公社が管理する高速道路には、州間高速道路の指定以外に標識番号がありません。スルーウェイシステムの大部分は州間高速道路システムの一部ですが、州間高速道路87号線と90号線の間のバークシャー・コネクターなど、一部の区間は標識のない参照ルートとなっています。どの高速道路にもニューヨーク州運輸省の標準的な参照標識はなく、代わりにスルーウェイ公社が独自のマイルポストを設置しており、（本線を除いて）それらには特別なスルーウェイコードが付いています。