1506年4月19日、リスボンの教会で、信者たちがユダヤ人だと疑った数人を襲撃し殺害した。この暴力はエスカレートし、市全体に反ユダヤ主義の暴動が広がり、強制的にキリスト教に改宗させられたユダヤ人を指す「新キリスト教徒」(Cristãos-Novos ) 500人から4000人が死亡した。
1495年にマヌエル1世が即位すると、事実上の奴隷状態にあったユダヤ人の地位を自由化した。1496年、スペインのカトリック両王の圧力により、彼はすべてのユダヤ人に洗礼を受けるか国外退去するかのどちらかを選ぶよう命じた。マヌエル王は重要かつ生産的な人口の一部を失いたくなかったので、1497年、退去期限前に王令によってすべてのユダヤ人を改宗させた。これにはポルトガル生まれのユダヤ人だけでなく、 1492年の追放令後にスペインから逃れてきた相当数のユダヤ人も含まれていた。1499年、マヌエルは新キリスト教徒が国外に出ることを禁じた。[ 1 ]
元々のキリスト教徒たちは、最近改宗した人々を恨んでいた。彼らは、この新たな経済的競争相手に憤慨し、改宗者の多くが密かにユダヤ教の信仰を守り続けているのではないかと疑っていた。国王が平和を維持しようと努力したにもかかわらず、新キリスト教徒に対する暴力が時折発生し、1506年のリスボン虐殺で頂点に達した。[ 2 ]

虐殺は1506年4月19日日曜日、サン・ドミンゴス教会で始まった。信者たちは国を襲っていた干ばつと疫病の終息を祈っていたところ、数人の信者がイエス礼拝堂の十字架から奇妙な光が発せられているのを見たと主張した。この明らかな奇跡の噂は広まり、すぐに教会は港の貿易船に乗っていたドイツ人やフランス人の船員を含む大勢の人々でいっぱいになった。[ 3 ] [ 4 ]その後、ドイツ人の男性が娘を連れて教会にやってきた。その少女は生まれつき手が不自由か変形していたが、この異常は奇跡的に治ったとされている。[ 5 ]
歴史家ガスパール・コレイアの記述によれば、新キリスト教徒が奇跡の主張を嘲笑したところ、少女の父親に襲われて殺された。その後、別の男が介入し、殺された新キリスト教徒は真実を語ったために殺されたのだと主張した。この発言者も殺され、この二度目の殺害の後、激怒した群衆は教会にいる新キリスト教徒を探し出して殺害した。暴徒は教会から溢れ出し、出会った新キリスト教徒を片っ端から殺し始めた。彼らは教会の広場に火葬台を築き、犠牲者の遺体を火の中に投げ込んだ。新キリスト教徒のイサク・イブン・ファラドの目撃証言によれば、「遺体が燃え尽きて灰になるまで、彼らは街の通りで3日間も遺体を焼き続けた」という。[ 4 ]
当局は暴徒を鎮圧できず、略奪の機会に惹かれてさらに多くの暴徒が加わった。暴力は市内全域に広がった。年齢や性別に関係なく、新キリスト教徒が殺害され、家が略奪された。一部の旧キリスト教徒もこの騒乱の犠牲となった。月曜日の夕方までに暴力は収まったように見えたが、サン・ドミンゴス修道院のドミニコ会修道士が行列を組織し、群衆に「異端者」を殺し「邪悪な種族を滅ぼせ」と呼びかけた。暴動は木曜日まで続き、平和を求める宗教行列が市内を行進し、秩序が回復した。[ 3 ] [ 4 ]
殺害された人数は500人から4,000人以上までと報告によってばらつきがある。犠牲者のほとんどは新キリスト教徒だったが、旧キリスト教徒も殺害された。コレイアによれば、犠牲者の中にはかなりの数の旧キリスト教徒が含まれていた。少なくとも1人の重要な王室官僚、ジョアン・ロドリゲス・マスカレニャスが殺害された。新キリスト教徒で徴税官だったマスカレニャスは、間違いなく民衆の憎悪の的だった。[ 4 ]

国王と宮廷は疫病から逃れるためリスボンからアブランテスへ避難しており、虐殺が始まった時には不在だった。マヌエル1世はリスボンでの出来事を知ると、総督に急いでリスボンへ行き、「虐殺の責任者である悪人全員を絞首刑に処せ」と命じた。マヌエルにとって、この完全な秩序の崩壊は彼の権威への挑戦であり、国際的な恥辱であった。それはまた、最近改宗したユダヤ人をポルトガル社会に統合しようとする彼の努力の失敗をも意味していた。[ 4 ]
国王の報復は迅速かつ残忍だった。虐殺に参加した者たちは裁判なしに即決処刑された。暴徒を扇動したドミニコ会修道士2人は修道会を剥奪され、絞首刑に処され、火刑に処された。加害者の中には市から逃亡した者もいたが、戻ろうとした際に逮捕され処刑された。約500人の暴徒が処刑された。ほとんど処罰を免れたのは、略奪品を持って船に戻り、出航した外国人船員や商人だけだった。[ 3 ]
コレイアによれば、虐殺の際に自分たちを匿ってくれた旧キリスト教徒を多くの新キリスト教徒が金品を奪ったと虚偽の告発をし、旧キリスト教徒は王室の役人によって処刑されたという。[ 4 ]
マヌエルはまた、虐殺に加担した機関にも罰を与えた。サン・ドミンゴス修道院は8年間閉鎖され、リスボン市は重要な特権を失い、その中には王室評議会からの市代表の追放も含まれていた。
虐殺の後、数百人の新キリスト教徒は国王の移住禁止令を無視してポルトガルから逃亡したが、残った者の中にはポルトガル国王に深い忠誠心を抱いていた者もいた。[ 6 ] 1507年3月1日、マヌエルはポルトガルからの新キリスト教徒の移住を合法化する勅令を発布した。[ 4 ]
この虐殺はヨーロッパで広く報道された。当時の記録がいくつか残っており、その中には1970年代にオークションハウスで発見されたコレイアによる記録も含まれている。[ 4 ]