バイオモデル

BioModelsは、2006年に作成された、生物学的に関心のある定量的モデルを保存、交換、取得するための無料のオープンソースリポジトリです。 ^{[ 1 ] [ 2 ] [ 3 ]} BioModelsデータベースのキュレーションセクションにあるすべてのモデルは、査読済みの科学文献で説明されています。

BioModelsのキュレーション済みブランチに保存されているモデルは、モデルのキュレーションと注釈に関する標準規格であるMIRIAMに準拠しています。これらのモデルはキュレーターによってシミュレーションされ、シミュレーション実行時に論文に記載されている結果と同じ結果が得られることが確認されています。モデルの構成要素には注釈が付けられているため、ユーザーは各モデル要素を容易に識別し、他のリソースから詳細情報を取得できます。

モデル作成者は、 SBMLおよびCellML形式でモデルを提出できます。提出されたモデルは、 SBML、VCML、XPP、SciLab、Octave、BioPAX、およびRDF/XML形式でダウンロードできます。モデルの反応ネットワークは、PNG、SVG、グラフィックJavaアプレットなどのグラフィック形式で表示され、一部のネットワークはシステム生物学グラフィカル表記法に従って表示されています。また、各モデルの人間が読みやすい要約がPDF形式で提供されています。

BioModelsは複数のブランチで構成されています。キュレーション済みブランチには、適切にキュレーションされ、注釈が付けられたモデルが格納されています。キュレーションされていないブランチには、まだキュレーションされていないモデル、キュレーション不可能なモデル（空間モデル、定常状態モデルなど）、またはキュレーションするには大きすぎるモデルが格納されています。キュレーションされていないモデルは、後でキュレーション済みブランチに移動できます。このリポジトリには、パスウェイデータベースから自動的に生成されたモデルも格納されています。

すべてのモデルはクリエイティブ・コモンズCC0パブリックドメイン献呈の下で自由に利用でき、ウェブサイトまたはウェブサービスから簡単にアクセスできます。^{[ 4 ]}また、 EBI FTPサーバーからすべてのモデルのアーカイブをダウンロードすることもできます。

BioModelsは2017年6月26日に31回目のリリースを発表しました。^{[ 5 ]}現在、144,710個のモデルを公開しています。これは、文献に掲載された1,640個のモデルと、パスウェイリソースから自動的に生成された143,070個のモデルに相当します。 ^{[ 6 ]} BioModelsへのモデルの登録は、Molecular Systems Biology 、 Public Library of Scienceのすべてのジャーナル、 BioMed Centralのすべてのジャーナル、およびRoyal Society of Chemistryが発行するすべてのジャーナルを含む多くの科学ジャーナルによって推奨されています。

BioModelsは、英国のEMBL - EBIのBioModels.netチーム、英国のバブラハム研究所のル・ノヴェール研究室、および米国のカリフォルニア工科大学のSBMLチームによって開発されました。^{[ 7 ]} 2025年9月、BioModelsはフロリダ大学医学部に移管されました。 ^{[ 8 ]}

BioModels Developmentは、欧州分子生物学研究所、バイオテクノロジー・生物科学研究会議、革新的医薬品イニシアチブ、第7次フレームワークプログラム（FP7）、国立一般医学研究所、DARPA、および国立研究資源センターからの資金援助を受けています。

• 公式サイト