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MIRIAM（モデルの注釈に必要な最小限の情報[1]）は、生物システムの定量的モデルの注釈とキュレーションのプロセスを標準化するためのコミュニティレベルの取り組みです。[2]これは、あらゆる構造化フォーマットでの使用に適したガイドラインのセットで構成されており、さまざまなグループが協力して結果のモデルを共有できます。これらのガイドラインを順守することで、モデリング活動に基づいて構築されたソフトウェアとサービスインフラストラクチャの共有も容易になります。
「いくつかの必須メタデータ」を含む「一連の優れた実践」というアイデアは、システム生物学におけるモデルの共通データベースを開発するための議論の一環として、2004 年 10 月にNicolas Le Novèreによって初めて提案されました (この議論はBioModels Databaseの作成につながりました)。これらの初期のアイデアは、 ICSB 2004期間中にハイデルベルクで開催された会議で、他の多くの関心のあるグループの代表者とともにさらに洗練されました。
MIRIAMはMIBBI（生物学および生物医学研究のための最小限の情報）の登録プロジェクトです。[3]
MIRIAMガイドライン
MIRIAMガイドラインは、参照対応、帰属注釈、外部リソース注釈の 3 つの部分で構成されており、それぞれがモデル内に含める必要がある情報の異なる側面を扱っています。
参考文献
「参照対応」は、モデルを利用するために必要な基本的な参照情報を扱い、モデル ファイルの形式とシミュレーション目的でのインスタンス化の可能性を大まかに詳細に説明します。
- モデル ファイルは、公開され、標準化され、機械で読み取り可能な形式 ( SBML、CellML、GENESIS、...) でエンコードする必要があります。
- モデル ファイルは、エンコード スキーマに関して有効である必要があります。
- モデルは、複合モデルであっても、その起源を詳述する参照説明または出版物に関連付けられている必要があります。
- エンコードされたモデル構造は、参照説明に詳述されている (生物学的) プロセスを反映する必要があります。
- モデルはインスタンス化可能である必要があり、シミュレーションに必要な場合は、初期条件などの必要な定量的パラメータを提供する必要があります。
- インスタンス化されると、モデルは、イプシロン（アルゴリズム、切り上げ誤差）の範囲内で、参照説明に示されている代表的な結果を再現できる必要があります。
帰属注釈
「属性注釈」は、モデル ファイル内に埋め込む必要がある属性情報を扱います。
- モデルには名前が必要です。
- モデルには、モデルの作成者を識別する参照説明の引用を含める必要があります。
- モデルには、モデル作成者の名前と連絡先の詳細が含まれている必要があります。
- モデルの作成日時と最終変更日時を指定する必要があります。モデル履歴は便利ですが、必須ではありません。
- モデルは、「無料で使用可能」であるかどうかに関係なく、使用条件と配布条件に関する正確な説明にリンクされている必要があります。
外部リソース注釈
「外部リソース注釈」は、注釈を構築する方法を定義します。これらの注釈には、データベース、分類、オントロジーなどのエンティティへの参照が含まれます。注釈の目的の 1 つは、さまざまなモデル コンポーネントを明確に識別できるようにすることです。
- 注釈は、知識の一部をモデル構成要素に明確に関連付ける必要があります。
- 参照情報はトリプレットを使用して記述する必要があります
{data collection, collection-specific identifier, optional qualifier}。- 注釈は、Uniform Resource Identifier (URI) として表現する必要があります。
- コレクション固有の識別子は、データ収集の枠組み内で分析する必要があります。
- モデル コンポーネントと参照情報間のリンクを絞り込むには、修飾子 (オプション) を使用する必要があります (例: "has_a"、"is_version_of"、"is_homolog_to")。
既存の修飾子に関する詳しい情報はBioModels.netから入手できます。[4]
これまでのところ、注釈付けは主に手作業で行われており、その寿命を保証するためには永続的な URI の使用が必要です。注釈付け用の有効で一意の URI を生成するには、コミュニティが使用する共有名前空間のカタログを作成する必要があることが認識されました。この機能は、MIRIAM レジストリによって提供されます。レジストリは、これらの URI に基づく自動化された手順を可能にするさまざまな補助機能も提供します。解決可能な識別子を生成する機能は、解決レイヤーであるIdentifiers.orgの使用によって提供されます。
参照
参考文献
- ^ 元の記事では「要求された」という動詞が使用されていましたが、これはコミュニティの使用を通じて「必須」に進化し、MIBBIポータルを通じて利用できる他の最小情報（MI）標準と一致しています。
- ^ ニコラ、ル・ノヴェール;フィニー、アンドリュー。ハッカ、マイケル。バーラ、アピンダーS;カンパーニュ、ファビアン。コジャド・ビデス、フリオ。クランピン、エドモンド・J;マット、ハルステッド。他。 (2005)。 「生化学モデルのアノテーションで要求される最小限の情報 (MIRIAM)」。ネイチャーバイオテクノロジー。23 (12): 1509–15。土井：10.1038/nbt1156。hdl : 11858/00-001M-0000-0010-853F-C。PMID 16333295。
- ^ http://www.mibbi.org/ 生物学および生物医学研究のための最小限の情報[一次資料以外が必要]
- ^ 「ウェブサイト」。Biomodels.net。1999年2月22日。 2012年10月9日閲覧。