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ヒトプロテオームフォールディングプロジェクト( HPF ) は、ニューヨーク大学 ( Bonneau研究室)、システム生物学研究所(ISB)、ワシントン大学 ( Baker研究室) の共同プロジェクトで、Rosetta Commons が開発したRosettaソフトウェアを使用しています。このプロジェクトは、Bonneau 研究室によって管理されています。
HPF フェーズ 1 では、 2004 年 11 月から、ヒトゲノムとその他 89 のゲノムに Rosetta v4.2x ソフトウェアを適用しました。フェーズ 1 は 2006 年 7 月に終了しました。HPF フェーズ 2 (HPF2) では、癌バイオマーカー (癌組織で劇的に増加したレベルで見つかるタンパク質)、ヒト分泌タンパク質、およびマラリアを中心に、Rosetta v4.8x ソフトウェアを高解像度の「フル アトム リファインメント」モードで適用しています。
フェーズ 1 は、 United Devicesのgrid.orgと IBM の慈善事業であるWorld Community Gridの 2 つのボランティア コンピューティンググリッドで実行されました。プロジェクトのフェーズ 2 は World Community Grid のみで実行され、IBM が 9 年以上関与した後、2013 年に終了しました。[1]
システム生物学研究所は、計算結果をより大規模な研究活動の中で活用する予定です。
出版物
- Malmström, Lars; Riffle, Michael; Strauss, Charlie EM; Chivian, Dylan; Davis, Trisha N.; Baker, David; Baker, D (2007)、「構造予測と遺伝子オントロジーの統合による酵母プロテオームのスーパーファミリー割り当て」、PLOS Biology、5 (4): e76、doi : 10.1371/journal.pbio.0050076、PMC 1828141、PMID 17373854
- Drew, K; Winters, P; Butterfoss, GL; Berstis, V; Uplinger, K; Armstrong, J; Riffle, M; Schweighofer, E; Bovermann, B; Goodlett, DR; Davis, TN; Shasha, D; Malmström, L; Bonneau, R (2011 年 11 月)。「プロテオームフォールディングプロジェクト: プロテオーム規模の構造と機能の予測」。ゲノム 研究。21 ( 11 ) : 1981–94。doi : 10.1101/ gr.121475.111。PMC 3205581。PMID 21824995。 *
- Baltz, AG; Munschauer, M; Schwanhäusser, B; Vasile, A; Murakawa, Y; Schueler, M; Youngs, N; Penfold-Brown, D; Drew, K; Milek, M; Wyler, E; Bonneau, R; Selbach, M; Dieterich, C; Landthaler, M (2012 年 6 月 8 日)。「mRNA 結合プロテオームとタンパク質コード転写産物におけるその全体的占有プロファイル」。Molecular Cell。46 ( 5 ) : 674–90。doi : 10.1016/ j.molcel.2012.05.021。PMID 22681889。（フォールドエンリッチメントと機能予測を使用）[1]
- Wang, KH; Isidro, AL; Domingues, L; Eskandarian, HA; McKenney, PT; Drew, K; Grabowski, P; Chua, MH; Barry, SN; Guan, M; Bonneau, R; Henriques, AO; Eichenberger, P (2009 年 11 月)。「コート形成タンパク質 SpoVID は、枯草菌の胞子の包み込みに必須である」。分子 微生物学。74 ( 3 ): 634–49。doi : 10.1111/ j.1365-2958.2009.06886.x。PMC 2806667。PMID 19775244。 （予測を仮説として使用し、さらに実験的特徴付けを行った）[1]
参照
参考文献
- ^ abc World Community Grid Post - HPF2 Update、2013年6月、2016年3月4日時点のオリジナルよりアーカイブ、 2015年7月14日閲覧。
外部リンク
- WCG の HPF ページ
- ボノー博士によるHPFの最新情報
- 酵母リソースセンターの公開データリポジトリは、HPFによって生成された多くの生物（ヒト、酵母、細菌、ファージ）の予測構造を提供します。