リチャード・ボノー

リチャード・ボノーはアメリカの計算生物学者およびデータサイエンティストであり、主な研究分野は、機能ゲノムデータからのネットワークの学習、タンパク質およびペプチド模倣構造の予測と設計、およびソーシャルネットワークへのデータサイエンスの応用です。ニューヨーク大学の教授であり、生物学部、データサイエンスセンター、およびクーラント数学研究所に所属しています。

バイオグラフィー

ボノー氏はジェネンテック社の創薬向け機械学習担当副社長であり、フラットアイアン研究所の計算生物学センターのシステム生物学グループのグループリーダーです。以前はニューヨーク大学データサイエンスセンターの所長を務めていました。

科学研究

構造予測の分野では、ボノーは、配列相同性がない場合でもタンパク質構造を予測できることを実証した最初のコードの1つであるロゼッタコードの初期の著者の1人でした。^[1]^[2] IBMのワールドコミュニティグリッドを使用してプロテオーム全体のフォールディングを実行し、彼のグループは構造予測をゲノムとプロテオームの注釈の問題にも適用しました。^[3]^[4]^[5]

彼のグループは、ゲノムデータ解析の分野に重要な貢献をしており、2つの主要分野に焦点を当てています。1.データからダイナミクスとトポロジーを明らかにするネットワーク推論の方法と、2.異なるゲノムデータタイプの統合から条件依存の共制御グループを学習する方法です。^[6]

2013 年、彼とニューヨーク大学の同僚は、さまざまな学問分野の方法を適用して、ソーシャルメディアの使用が政治態度と参加に与える影響を調査するプロジェクトを開始しました。このプロジェクト (ソーシャルメディアと政治参加 (SMaPP)) は、調査データと公開されているソーシャルメディアデータの両方を利用して、政治参加を形作る因果プロセスに関するさまざまな疑問に答えます。

ネットワーク推論とシステム生物学

彼は、Vestienn Thorsson、David Reiss、Nitin Baliga とともに、Halobacterium制御ネットワークのゲノム全体にわたるモデルを学習する取り組みに不可欠な 2 つのアルゴリズム、Inferelator と cMonkey を開発しました。Baliga と Bonneau は、このモデルを使用して、新しい環境に対する細胞の反応のゲノム全体にわたる転写ダイナミクスを予測しました ( 2007 年 12 月のCell 誌に掲載)。この研究は、ネットワークトポロジだけでなく、運動/動的パラメータの学習も含めた、細胞制御ネットワークの完全なデータ駆動型再構築を初めて実現したものです。

参考文献

^ Renfrew PD、Campbell G、Strauss CEM、Bonneau R (2011) 2010 Rosetta 開発者会議: 高分子予測と設計が再現可能な出版と出会う。PLoS ONE 6(8): e22431
^ Renfrew PD、Choi EJ、Bonneau R、Kuhlman B (2012) Rosettaへの非標準アミノ酸の組み込みと計算によるタンパク質-ペプチドインターフェース設計での使用。PLoS ONE 7(3): e32637。
^ ドリュー K、ウィンターズ P、バターフォス GL、ベルスティス V、アップリンガー K、アームストロング J、リフル M、シュバイクホファー E、ボーバーマン B、グッドレット DR、デイビス TN、シャシャ D、マルムストローム L、ボノー R.、ゲノム研究所。 2011年11月; 21(11):1981-94。
^ プロテオームフォールディングプロジェクト：プロテオーム規模の構造と機能の予測（2011）Kevin Drew、Patrick Winters、GlennL. Butterfoss、Viktors Berstis、Keith Uplinger、Jonathan Armstrong、MichaelRiffle、Erik Schweighofer、Bill Bovermann、David R. Goodlett、Trisha N. Davis、Dennis Shasha、Lars Malmstrom、Richard Bonneau。Genome Research、2011年8月8日）
^ Bonneau, R, Facciotti, MT, Reiss, DJ, Madar A, Baliga, NS, et al. 自由生細胞における生理機能の転写制御の予測モデル。(2007) Cell. Dec 131:1354-1365
^ マリア・チョファニ、アビブ・マダール、カロリーナ・ギャラン、マクリーン・セラーズ、キーラン・メイス、フロレンシア・パウリ、アシシュ・アガルワル、ウェンディ・ファン、クリストファー・N・パークルスト、マイケル・ムラテット、キム・M・ニューベリー、サラ・メドウズ、アレックス・グリーンフィールド、イー・ヤン、プレティ・ジェイン、フランシス・K・キリギン、カルメン・バーヒマイヤー、アーウィン・F・ワーグナー、ケネスM. マーフィー、リチャード M. マイヤーズ、リチャードボノー、ダン R. リットマン。 Cell、2012 年 10 月 12 日 (Vol. 151、Issue 2、pp. 289-303)

構造予測

Bonneau, R & Baker, D. (2001). Ab Initio タンパク質構造予測: 進歩と展望. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 30, 173-89.
Bonneau, R., Dylan Chivian, Charlie EM Strauss, Carol Rohl, David Baker. (2002) 主要タンパク質ファミリーの3次元構造のDe Novo予測。JMB、322(1):65-78。
Bonneau R、Baliga NS、Deutsch EW、Shannon P、Hood L. (2004) 古細菌 Halobacterium sp. NRC-1 のシステム生物学コンテキストにおける包括的な de novo 構造予測。ゲノム生物学。5(8):R52-68
マイク・ボクセム、ゾルタン・マリガ、ニールス・J・クリットゴール、ナ・リ、イルマ・レメンス、ミエコ・マナ、ロレンツォ・デ・リヒテルヴェルデ、ヨラム・ムル、ディーデリク・ファン・デ・プート、マキシム・デヴォス、ニコラ・シモニス、アンネ＝ロア・シュライツ、ムラット・ココル、ムハメド・A・ユルディリム、トン・ハオ、チャンユー・ファン、チェンウェイ・リン、マイクティップソード、ケビン・ドリュー、マチルデ・ガリ、カーン・リッソラクライ、デヴィッド・ドレチセル、デヴィッド・E・ヒル、リチャード・ボノー、クリスティン・C・ガンサルス、フレデリック・P・ロス、ファビオ・ピアノ、ヤン・タヴェルニエ、サンダー・ヴァン・デン・フーベル、アンソニー・A・ハイマン、マルク・ビダル。 C.エレガンスの初期胚発生のためのタンパク質ドメインベースのインタラクトームネットワーク。 (2008) セル、134(3) pp.534-545。
Andersen-Nissen E、Smith KD、Bonneau R、Strong RK、Aderem A. Toll様受容体5の保存された表面が細菌フラジェリンを認識する。(2007) J Exp Med. 2月19日;204(2):393-403。

ゲノミクスとシステム生物学

ボノー、リチャード。生物学的ネットワークの学習：モジュールからダイナミクスへ。ネイチャーケミカルバイオロジー4、658-664（2008）
Bonneau R, Reiss DJ, Shannon P, Hood L, Baliga NS, Thorsson V (2006) The Inferelator: システム生物学データセットから簡素な制御ネットワークを新たに学習する手順。Genome Biol. 7(5):R36。
David J Reiss、Nitin S Baliga、Bonneau R. (2006) 異種ゲノムワイドデータセットの統合バイクラスタリング。BMC Bioinformatics。7(1):280。

外部リンク

ボノー博士の Google Scholar ページ

[1] Renfrew PD、Campbell G、Strauss CEM、Bonneau R (2011) 2010 Rosetta 開発者会議: 高分子予測と設計が再現可能な出版と出会う。PLoS ONE 6(8): e22431

[2] Renfrew PD、Choi EJ、Bonneau R、Kuhlman B (2012) Rosettaへの非標準アミノ酸の組み込みと計算によるタンパク質-ペプチドインターフェース設計での使用。PLoS ONE 7(3): e32637。

[3] ドリュー K、ウィンターズ P、バターフォス GL、ベルスティス V、アップリンガー K、アームストロング J、リフル M、シュバイクホファー E、ボーバーマン B、グッドレット DR、デイビス TN、シャシャ D、マルムストローム L、ボノー R.、ゲノム研究所。 2011年11月; 21(11):1981-94。

[4] プロテオームフォールディングプロジェクト：プロテオーム規模の構造と機能の予測（2011）Kevin Drew、Patrick Winters、GlennL. Butterfoss、Viktors Berstis、Keith Uplinger、Jonathan Armstrong、MichaelRiffle、Erik Schweighofer、Bill Bovermann、David R. Goodlett、Trisha N. Davis、Dennis Shasha、Lars Malmstrom、Richard Bonneau。Genome Research、2011年8月8日）

[5] Bonneau, R, Facciotti, MT, Reiss, DJ, Madar A, Baliga, NS, et al. 自由生細胞における生理機能の転写制御の予測モデル。(2007) Cell. Dec 131:1354-1365

[6] マリア・チョファニ、アビブ・マダール、カロリーナ・ギャラン、マクリーン・セラーズ、キーラン・メイス、フロレンシア・パウリ、アシシュ・アガルワル、ウェンディ・ファン、クリストファー・N・パークルスト、マイケル・ムラテット、キム・M・ニューベリー、サラ・メドウズ、アレックス・グリーンフィールド、イー・ヤン、プレティ・ジェイン、フランシス・K・キリギン、カルメン・バーヒマイヤー、アーウィン・F・ワーグナー、ケネスM. マーフィー、リチャード M. マイヤーズ、リチャードボノー、ダン R. リットマン。 Cell、2012 年 10 月 12 日 (Vol. 151、Issue 2、pp. 289-303)