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grid.orgは、2001 年にクラスタ コンピューティングおよびグリッド コンピューティングソフトウェア ユーザー向けに設立された Web サイトおよびオンライン コミュニティです。6 年間にわたり、メンバーが余ったコンピュータ サイクルを価値ある目的に寄付できる、さまざまなボランティア コンピューティングプロジェクトを運営してきました。2007 年には、オープン ソースのクラスタおよびグリッド コンピューティング ソフトウェアのコミュニティになりました。2010 年頃から、他のサイトにリダイレクトされました。
ボランティアコンピューティングプロジェクト
2001 年 4 月の設立から 2007 年 4 月 27 日まで、[1] grid.org は、Jikku Venkat 博士が主導し、United Devices (UD) が慈善的に後援し、メンバーが UD Agent ソフトウェア (バージョン 3.0) を実行してボランティア コンピューティングに参加したUnited Devices Cancer Research Projectなどの分散コンピューティングプロジェクトを運営する Web サイトおよび組織でした。
がん研究プロジェクト
2001年に始まったユナイテッド・デバイセズ・キャンサー・リサーチ・プロジェクトは、分散コンピューティングを使用して癌の治療に使用できる可能性のある薬を探していました。[2] 米国には約15万人、ヨーロッパには17万人のユーザーがおり、世界の他の地域にも数十万人のユーザーがいました。
このプロジェクトはいくつかの企業と組織の連合体であった: [3]
- ユナイテッドデバイス株式会社
- 国立がん研究財団
- オックスフォード大学 化学学部
- 分子研究の寄付者
United Devices は、余剰の計算能力を活用するという原則のもと、がん研究用スクリーンセーバーをリリースしました。このプログラムは、継続的に実行するように設定することができ、「仮想スクリーニング」を使用して、分子とターゲット タンパク質 (つまり、薬物) 間の相互作用の可能性を検出します。これらの分子 (リガンド) は、ホスト コンピューターの UD エージェントに送信されます。これらの分子がターゲット タンパク質と正常にドッキングすると、この相互作用はスコア化され、さらに調査されます。
研究は次の 2 つのフェーズで構成されます。
- フェーズ1では、抗がん剤の適切な標的として知られている12種類のタンパク質に対して、30億以上の薬物様分子をテストしました。分子相互作用のシミュレーションには「THINK」ソフトウェアを使用しました。[4]
- フェーズ2では、アクセルリス社が開発した「LigandFit」ソフトウェアを使用して相互作用をモデル化し、フェーズ1のデータを改良して、業界を含む実験協力者を必要とする試験用の薬物候補のより扱いやすいリストを作成することを目指しました。[5] [6]
ヒトプロテオームフォールディングプロジェクト、フェーズ 1
IBMが後援するヒトプロテオームフォールディングプロジェクト（HPF）のフェーズ1は、2004年11月16日に発表され、2006年7月3日に完了しました。このプロジェクトは、grid.orgとIBMのWorld Community Gridの両方で同時に実行されました。[7]
この研究は、タンパク質の機能予測に役立てるために、人間のタンパク質の構造を予測する「ロゼッタ」ソフトウェアを活用しました。この情報は、将来、さまざまな病気や遺伝子の欠陥の治療に役立つ可能性があります。
grid.orgフォーラムの発表によると、[8] HPF1プロジェクトが完了した後、プロジェクトは2006年8月9日までgrid.org上で実行され続けました。[9] その間、このプロジェクトを実行するように設定されたコンピュータのメンバーは新しい仕事を得て、結果を計算するのにコンピューティングリソースを費やしましたが、結果はポイントとしてのみgrid.orgに返され、科学研究には使用されませんでした。
ヒトプロテオームフォールディングプロジェクトの状況は、grid.org フォーラムで議論を引き起こしました。ほとんどのメンバーは、利用可能なすべてのコンピューティングパワーが、まだ活動中の癌プロジェクトに向けられることを望んでいましたが、[9] UD 代表の Robby Brewer は、「一部の [ユーザー] はスクリーンセーバーを好む」と主張しました。[8] [10]前述のように、最終的に、grid.org での冗長な HPF1 作業は中止されました。[9]
天然痘プロジェクト
天然痘研究グリッドは、生物テロと戦うためのユナイテッド・デバイセズの「パトリオット・グリッド」構想の一部であった。このプロジェクトは、天然痘ウイルスと戦うための治療薬候補の分析に役立った。このプロジェクトでは、「LigandFit」ソフトウェア（がん研究プロジェクトのフェーズ2ですでに使用されていた）が利用されたが、天然痘ウイルスを標的とした特別な標的分子セットが使用されていた。[11]
このプロジェクトのパートナーには、オックスフォード大学、ウェスタンオンタリオ大学、メモリアルスローンケタリングがんセンター、エセックス大学、エボテックOAI、アクセルリス、IBMが含まれていました。[12]
World Community Grid は、主にこのプロジェクトの成功によって始まりました。[要出典]
炭疽菌プロジェクト
炭疽菌研究プロジェクトは、生物テロと戦うためのユナイテッド・デバイセズの「パトリオット・グリッド」構想の一部でした。このプロジェクトでは、「LigandFit」ソフトウェア (すでに癌研究プロジェクトのフェーズ 2 で使用されていた) が使用されましたが、炭疽菌感染の進行段階をターゲットにした特殊なターゲット分子のセットが使用されました。
このプロジェクトは2002年1月22日から2002年2月14日まで運営され、合計35億7千万の分子のスクリーニングを終えて終了した。研究プロジェクトの結果は、計算シミュレーションのスクリーニングを完了するために生物学者に送られた。[13]
このプロジェクトのパートナーにはオックスフォード大学も含まれていた。
HMMER プロジェクト
HMMER遺伝子研究プロジェクトでは、隠れマルコフモデルを利用して遺伝子DNA配列のパターンを検索しました。[14]
ウェブロードプロジェクト
ウェブパフォーマンステストプロジェクトは、需要が集中する期間にサーバーインフラストラクチャのスケーラビリティをテストできるように、選ばれたウェブホスティングプロバイダーとの商業的な機会として運営されました。 [15]
オープンソースグリッドコミュニティ
2007 年 11 月、grid.org はUnivaによって再配置され、ユーザーがオープンソース クラスターやグリッド関連のトピックについて交流したり議論したりできるコミュニティになりました。[16] このコミュニティでは、ユーザーが Univa が提供するオープンソースの Globus Toolkit ベースの製品をダウンロードしたり、サポートを受けたり、貢献したり、問題を報告することができました。2008 年には 10 万人を超えるユニーク ビジターが報告されました。[17] 2010 年半ば頃に Unicluster.org (Univa 製品) にリダイレクトされ、2012 年までに Univa のメイン サイトにリダイレクトされました。
参照
参考文献
- ^ 「すべての良いことは終わる…」grid.org 。 2007年4月26日閲覧。[リンク切れ ]
- ^ 「スクリーンセーバーが癌との戦いを支援」BBCニュース、2001年4月3日。 2006年8月20日閲覧。
- ^ 「Cancer Project Participants」. grid.org. 2007年9月27日時点のオリジナルよりアーカイブ。2006年8月20日閲覧。
- ^ 「Think phase 1 computing」オックスフォード大学。2006年8月27日時点のオリジナルよりアーカイブ。2006年8月20日閲覧。
- ^ 「LigandFit の説明」. grid.org. 2007 年 9 月 27 日時点のオリジナルよりアーカイブ。2006 年 8 月 20 日閲覧。
- ^ 「プロジェクトの第2フェーズ」。オックスフォード大学。2006年9月24日時点のオリジナルよりアーカイブ。2006年8月20日閲覧。
- ^ 「ヒトプロテオームフォールディングプロジェクトについて」。grid.org。2004年。2007年6月23日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2006年8月20日閲覧。
- ^ ab Brewer, Robby (2006-07-10). 「Grid.org Status」. grid.org フォーラム。2006-12-06 にオリジナルからアーカイブ。2006-08-20に取得。
- ^ abc 「責任を取る」。grid.org フォーラム。2006 年 7 月 17 日。2006 年 8 月 20 日閲覧。[リンク切れ ]
- ^ Brewer, Robby (2006-08-21). 「Grid.org ステータス」. grid.org フォーラム。2006-12-06 にオリジナルからアーカイブ。2006-08-20に取得。
- ^ 「天然痘プロジェクトについて」。grid.org。2007年9月27日時点のオリジナルよりアーカイブ。2006年8月20日閲覧。
- ^ 「天然痘参加者」。grid.org。2007年9月27日時点のオリジナルよりアーカイブ。2006年8月20日閲覧。
- ^ 「炭疽菌研究プロジェクト」。grid.org。2006年9月10日時点のオリジナルよりアーカイブ。2006年8月20日閲覧。
- ^ 「HMMR による遺伝子検査」。grid.org。2007 年 9 月 27 日時点のオリジナルよりアーカイブ。2006 年 8 月 20 日閲覧。
- ^ 「Web パフォーマンス テスト」。grid.org。2007 年 9 月 27 日時点のオリジナルよりアーカイブ。2006 年 8 月 20 日閲覧。
- ^ 「grid.orgについて」。2008年1月20日時点のオリジナルよりアーカイブ。2013年11月11日閲覧。
- ^ 「Grid.org オープンソース HPC コミュニティが成長のマイルストーンを達成」。プレスリリース。Univa。2009 年 1 月 14 日。2009 年 1 月 21 日時点のオリジナルよりアーカイブ。2013年11 月 11 日閲覧。