フランツィスクス・フォン・ザレス・バウアー(1841年1月26日 - 1915年11月25日)は、オーストリア=ハンガリー帝国出身のローマ・カトリック教会の枢機卿である。彼はブルノ司教(1882年 - 1904年)を務め、その後1904年から死去までオロモウツ大司教を務め、1911年に枢機卿に昇格した。彼はモラヴィア議会の議員も務めた。
モラヴィアのフラホヴェツ(現在はヴァラシュスケー・メジジーチの一部)で生まれたフランツィスクス・バウアーは、 1852年に堅信の秘跡を受け、オロモウツの神学部にある神学校で学んだ。1859年12月14日に最初の剃髪と下級聖職位を受けた。1862年12月20日に副助祭、1863年2月28日に助祭に昇格した後、 1863年7月19日にオロモウツ大司教区で司祭に叙階された。
その後、彼は大司教区のヴィシュコフ教区で協力者、後に第二司祭として1865年2月まで務め、その後オロモウツ神学部で教鞭を執り始めた。バウアーは1869年に学業を終え、同年6月30日に神学博士号を取得した。同年、彼は神学部長にも就任した。 1873年9月19日にはプラハ大学の教授となり、1879年にはプラハ大司教神学校の学長となった。
1883年7月3日、バウアーは教皇レオ13世によってブルノ司教に任命された。同年8月15日、オロモウツ大司教フリードリヒ・エゴン・フォン・フュルステンベルク枢機卿から司教叙階を受け、グスタフ・フォン・ベルリプト=ティサック司教とカロル・プルハ司教が共同叙階者として務めた。バウアーはその後、1904年5月10日にオロモウツ大司教に任命された。この地位により、彼はまた、侯爵、ホッツェンプロッツ公爵、皇帝の顧問、元老院議員でもあった。
ピウス10世教皇は、 1911年11月27日の枢機卿会議において、彼をサン・ジローラモ・デッリ・スキアヴォーニ教会の枢機卿に任命した。バウアーは資格はあったものの、健康上の理由から1914年の教皇選挙には参加しなかった。
フランツィスクス・フォン・ザレス・バウアーは74歳でオロモウツで死去した。彼はオロモウツ大聖堂に埋葬されている。