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| フラボバクテリア科 | |
|---|---|
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| 血液寒天培地 上のCapnocytophaga canimorsus | |
科学的分類 
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| ドメイン： | 細菌 |
| 門: | バクテロイデス |
| クラス： | フラボバクテリア |
| 注文： | フラボバクテリア |
| 家族： | フラボバクテリア科 ライヘンバッハ 1992 [1] |
| 属 | |
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本文を参照してください。 | |
フラボバクテリア科は桿菌のグラム陰性細菌の科である。この科には多くの環境細菌が含まれており[1] [2]、一部の種は潜在的な病原体である。[3]
歴史
Flavobacteriaceae科は1989年にReichenbachによって初めて提案され、[1] 1992年にIJSEMによって承認されました。 [4]科の説明は1996年と2002年に数回修正されました。[4] [3] [要出典] 2020年に科は分割され、いくつかの属が新しく設立されたWeeksellaceae科に移されました。[5]
生物学
Flavobacteriaceaeの種は主に桿菌で、グラム陰性に染まる。[3] Flavobacteriaceae の多くの種は運動性があり、[5]以前はこの科に分類されていたほとんどの非運動性種は現在Weeksellaceaeに分類されている。[5]ほとんどの種は好気性であるが、一部は微好気性から嫌気性である。例えばCapnocytophagaやCoenonia などである。[6]この科のいくつかの種は好塩性または耐冷性であると考えられている。[3] 主な呼吸キノンはメナキノン-6 である。[3]
この科の種の大部分は、さまざまな環境源から知られています。[3]一部の種は人間の病原体として発生しており、エリザベスキングア属など、以前はこの科に分類されていた属もいくつかあります。
属
フラボバクテリア科は以下の属から構成される: [4]
- アクチバクター ・キム他2008
- エクオリヴィタ ボウマン アンド ニコルズ 2002
- Aestuariibaculum Jeong et al.。 2013年
- エストゥアリモナス・ パークら。。 2018年
- Aestuariivivens Park et al.。 2015年
- アルギバクター ・ネダシュコフスカヤら 2004
- アルギタレア ・ユン他2015
- 「アルゴリミクロビウム」ガルシア・ロペスら。。 2019年
- 「アルティバクター」チェン他2014
- 「アルトゥイバクター」チェン他2013
- Amniculibacterium Chen et al.。 2020年
- 「Candidatus Amoebinatus」Greub et al.。 2004年
- Antarcticibacterium Li et al.。 2018年
- Antarcticimonas Yang et al.。 2014年
- アクアチタレア Xamxidin et al . 2016
- アキバクター ・ハミード他2014
- アクイマリナ ・ネダシュコフスカヤ他2005
- Arcticiflavibacter Liu et al.。 2016年
- アレニバクター ・イワノバら2001
- アレニタレア ・チャンら。。 2013年
- 「アシディアセイバクター」チェン他2018
- アシディイモナス ・ユン他2016
- アウランチアシセラ テラモトet al.。 2016年
- Aurantibacter García-López et al.。 2020年
- オーランティヴィル ガ・ソングら。。 2015年
- オーレイバキュラム 趙他2021
- オーレイコッカス ・パーク他2013
- アウライスファエラ ・ユンら。。 2015年
- オーリタレア ・パーク他2012
- アウレイヴィルガ ・ハーバーら。。 2013年
- 「アヴリレラ」レイアー他2020
- ビジオニア ・ネダシュコフスカヤら。。 2005年
- カプノサイトファガ リードベターら1982
- Cellulophaga Johansen et al.。 1999年
- Changchengzhania Wang et al.。 2017年
- 「シトレイバクター」ユンら2018
- Citreitalea Yoon et al.。 2014年
- 「コクリコラ」シン他2016
- コエノニア ・ヴァンダムら。。 1999年
- コンフルエンティバクター パーク他2016
- 「Coraliitalea」ユン他2018
- コーラリバクター キム他2012
- コステロニア ・クォン他2006
- クロセイバクター・ チョーとジョバンノーニ 2003
- Croceitalea Lee他2008
- Croceivirga Hu他2017
- Daejeonia Siddiqi et al.。 2017年
- ドクドニア ・ユン他2005
- 「Candidatus Endobryopsis」Zan et al.。 2019年[7]
- Eudoraea Alain他2008
- ユーゼビエラ ・ルセナ他2010
- フェカリバクター・チェン 他2020
- 「フェイファンタンギア」Zheng et al.。 2015年
- フラヴィチェラ・ テラモトと西島 2015
- フラビハロバクター ・インら2021
- フラビマリーナ ・ネダシュコフスカヤら。。 2015年
- フラビラムルス・ アイネンとオヴレアス 2006
- フラビビルガ ・イー他2012
- フラボバクテリ ウム・ベルゲイら1923 (承認リスト 1980)
- フォルモサ ・イワノワ他2004
- フロンディバクター ・ユンら。。 2015年
- 「フコバクター」坂井ら2002
- フルビバクター ・カーンら2008
- ガエトブリ バクターユングら2005
- ガルビバクター ・カーンら。。 2007年
- ガンジニア ・リー他2011
- Gelatiniphilus Tang et al.。 2016年
- ゲリディバクター ボウマン他1997
- ジオジェドニア ・パーク他2013
- ギリシア・ ヴァン・トラッペン他。 2004年
- ギルビバクター ・カーン他2007
- グラメラ ・ネダシュコフスカヤ他2005
- ハロフラビバクター フェン他2020
- Hanstruepera Hameed et al.。 2015年
- 「Candidatus Hemobacterium」張・力久 2004
- ホッペイア ・クォン他2014
- ファンド ニア・ジョン他2013
- ヒョンスンリーラ ・ユン他。 2010年
- イクチエンテロバクテリウム Shakeela et al.。 2015年
- イムテチェラ ・スレンドラら。。 2012年
- ジェジュ ドニア・パーク他2013
- ジェジュイア ・リー他2009
- ジョステラ ・クアン他2008
- コルディア ・ゾーン他2004
- クリーゲラ・ ネダシュコフスカヤら。。 2008年
- ラシヌトリックス ボウマン アンド ニコルズ 2005
- レーウェンホキエラ ・ネダシュコフスカヤ他2005
- レプトバクテリ ウム・ミトラら。。 2009年
- Litoribaculum ジンとジョン 2015
- ルタオネラ ・アルン他2009
- ルチバクター・ チョイとチョー 2006
- ルティモナス ・ヤン他2007
- マングロビモナス ・リーら。。 2013年
- マリバクター ・ネダシュコフスカヤら。。 2004年
- マリニフレクシル ・ネダシュコフスカヤら。 2006年
- Marinirhabdus Wu et al.。 2016年
- 「マリニタレア」キムら。。 2011年
- マリニビルガ ・パーク他2013
- マリティミモナス ・パーク他2009
- マリキサントモナス ・ロマネンコら。。 2007年
- メリディアニマリバクター ワン他2010
- メソフラビ バクター・アスカー他2008
- メソハロバクター フェン他2020
- メソニア・ ネダシュコフスカヤら。。 2003年
- ムリカウダ ・ブルンス他2001
- ムリコラ・ カーン他2010
- ミロイデス・ ヴァンカネイト他1996
- Namhaeicola Jung et al.。 2012年
- ネプチュニタリア ・ユンとカサイ 2015
- ノンラベンス・ ラウ他2005
- オセアニハビタンズ Zhang et al.。 2016年
- 「オクロビルガ」クォンら。。 2014年
- オレヤ・ マンキューソ・ニコルズら。 2005年
- パラメソニア ・ワン他2020
- パレウゼビエラ ・ファン他2021
- パティリソシウス ・カワノら。。 2020年
- パウシハロバクター ウー他2020
- ペラギハビタンス ・ワンら。。 2020年
- ピボセラ・ ネダシュコフスカヤ他2005
- プランクトサ リヌスゾング 他2016
- ポラリバクター ゴシンク他1998
- ポンティマイクロ ビウム・ジャントラ他2020
- ポリティフィルス ・ワンら。。 2020年
- ポステキエラ ・リーら。。 2012年
- プリシア ・ユウ他2012
- 「Candidatus Prosiliicoccus」フランシスら。。 2019年
- シュードビツィオ ニア・パーク他2018
- シュードフルビバクター ユン他2013
- シュードテナシバキュラム 黄他2016
- シュードゾベリア ・ネダシュコフスカヤら。。 2009年
- サイクロフレクサス ボウマン他1999
- サイクロセルペンス ボウマン他1997
- 「プキョンギア」キムら。。 2020年
- Pustulibacterium Wang et al.。 2013年
- ロバートコキア・ ハミード他2014
- ロビジニタレア・ チョーとジョバンノーニ 2004
- サブリリトリバクター ・パークら。。 2014年
- サレゲンチバクター ・マッカモンとボウマン 2000
- Salinimicrobium Lim et al.。 2008年
- サオニア ・ファガーヴォルドら。。 2017年
- セディミニ バクター・カーンら。。 2007年
- セディミニ コーラ・カーンら。。 2006年
- ソンアムヘイコラ ・パーク他2014
- シアンシビルガ ・ハメードら。。 2013年
- Sinomicrobium Xu et al.。 2013年
- スヌエラ ・イーとチュン 2011
- 「スポディオバクター」富田ら。。 2019年
- Spongiiferula Yoon et al. 2016 スポンジフェルラ ユン 他 2016
- Spongiimicrobium Yoon et al.。 2016年
- Spongiivirga Yoon et al.。 2015年
- 「Spongitalea」Mitra et al.。 2012年
- サブサキシバクター ボウマンとニコルズ 2005
- サブサキシミクロビウム ボウマンとニコルズ 2005
- 「サフラビバクター」クォン他2007
- ユン・ソンギュンァニア 他。 2013年
- Taeania Jung他2016
- タムラナ ・リー 2007
- Tenacibaculum 鈴木ら。。 2001年
- ウルビバクター ・ネダシュコフスカヤら 2004
- ウルビバクテリ ウム チャン他2021
- ウレチディコラ シンとイー 2020
- 「ヴァギネラ」Diop et al.。 2017年
- Wenyingzhuangia Liu et al.。 2014年
- Winogradskyella Nedashkovskaya et al.。 2005年
- ウォカニア ・ヘ他2020
- ザントマリナ ・ヴァイディアら。。 2015年
- ヨスアナ ・クォン他2006
- ゼアキサンチニ バクター アスカーら2007
- 周 亜劉他2006
- ゾベリア ・バーベイロンら。。 2001年
- ズノンワンギア ・コルグ。秦ら。。 2007年
系統発生
現在受け入れられている分類法は、命名法に定められた原核生物名のリスト[4]に基づいており、系統発生は全ゲノム配列に基づいています。[5] [a]
注記
- ^ アクチバクター、エストゥアリイバクルム、エーストゥアリーイモナス、エーストゥアリイヴィベンス、アルギタレア、アムニクリバクテリウム、アンタークチバクテリウム、アンタークチモナス、アクアティタレア、アクイバクター、アークチフラビバクター、アシディイモナス、オーランティアシセラ、アウランティビルガ、アウレイバクルム、アウライスファエラ、アウレイヴィルガ、チャンチェンジャニア、シトレイタレア、コエノニア、コーラリバクター、コステルトニア、デジオニア、エウゼビエラ、フェカリバクター、フラビセラ、フラビハロバクター、フラビマリーナ、フロンディバクター、フルビバクター、ガンジニア、ゼラチニフィルス、ジオジェドニア、ギルビバクター、ハロフラビバクター、ホッペイア、ファンドニア、ジェジュドニア、レプトバクテリウム、リトリバクルム、ルタオネラ、ルティモナス、マリニフレクシル、マリニビルガ、マリティミモナス、マリクサントモナス、メリディアニマリバクター、メソハロバクター、ナムハイコラ、ネプチュニタレア、パラメソニア、パリューゼビエラ、パティリソシウス、パウキハロバクター、ペラギハビタンス、ピボセラ、プランクトサリヌス、ポンティミクロビウム、ポリティフィラス、ポステキエラ、シュードビジオニア、シュードフルビバクター、シュードテナシバクルム、ロベルトコキア、サブリリトリバクター、サオニア、セディミニバクター、セディミニコーラ、ソナムヘイコラ、スヌエラ、海綿状フェルラ、海綿状微生物、海綿状ウイルスガ、Subsaxibacter、Subsaximicrobium、Sungkyunkwania、Taeania、Ulvibacterium、Urechidicola、Wocania、およびYeosuana はこの系統樹には含まれていません。
参考文献
- ^ abc Reichenbach H. (1989). 「Order 1. Cytophagales Leadbetter 1974, 99*=". Staley JT、Bryant MP、Pfennig N、Holt JG (編)。Bergey 's manual of systematic bacteriology。第3巻。ボルチモア：The Williams & Wilkins Co. pp. 2011–2013。
- ^ Boone DR、Castenholz RW 編 (2001)。Bergey 's Manual of Systematic Bacteriology。第 1 巻 (古細菌および深く分岐する光合成細菌) (第 2 版)。ニューヨーク、NY: Springer-Verlag。pp. 465–466。
- ^ abcdef Bernardet, Jean-Francois; Nakagawa, Yasuyoshi; Holmes, Barry (2002). 「Flavobacteriaceae 科の新分類群を記述するための提案された最小限の基準と科の修正された記述」International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 52 (3): 1049–1070. doi : 10.1099/00207713-52-3-1049 . PMID 12054224.
- ^ abcd Euzéby JP, Parte AC. 「Flavobacteriaceae」。命名法で定められた原核生物名の一覧（LPSN）。2021年6月29日閲覧。
- ^ abcd García-López M、Meier-Kolthoff JP、Tindall BJ、Gronow S、Woyke T、Kyrpides NC、Hahnke RL、Göker M. (2019)。「1,000 種類のタイプ株ゲノムの分析により、バクテロイデスの分類学上の分類が改善される」。Front Microbiol。10 : 2083。doi : 10.3389 / fmicb.2019.02083。PMC 6767994。PMID 31608019。
- ^ 「フラボバクテリア科入門」原核生物。ニューヨーク：シュプリンガー。2006年。455～480頁。ISBN 978-0-387-25497-5。
- ^ ザン J、リー Z、ティアネロ MD、デイビス J、ヒル RT、ドニア MS (2019)。 「海洋三者共生における防御カハラリドの微生物工場」。科学。364 (6445): eaaw6732。土井：10.1126/science.aaw6732。PMID 31196985。S2CID 189818260 。