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| フラボバクテリア | |
|---|---|
| |
| バーゲエラ・ズーヘルカム | |
科学的分類 
| |
| ドメイン： | 細菌 |
| 門: | バクテロイデス |
| クラス： | フラボバクテリア |
| 注文： | フラボバクテリアレス ・ベルナルデット 2012 [1] |
| 家族[2] | |
フラボバクテリア目は 環境細菌のいくつかの科から構成されています。 [ 3]
比較ゲノム科学と分子シグネチャー
フラボバクテリア目はバクテロイデス門の1つの目である。[2]比較ゲノム研究により、いくつかの保存されたインデルと、配列が決定されたフラボバクテリア目とバクテロイデス目の異なる種に共通する27のタンパク質が特定され、この推論を裏付けている。[4] [5]さらに、これらの研究により、フラボバクテリア目種に特有と思われる38のタンパク質も特定されている。[5]これらのタンパク質のうち、26は配列が決定されたすべての種に存在し、残りの12は1つまたは2つの種にのみ存在していた。これらのシグネチャタンパク質は、この目の潜在的な分子マーカーとなる。フラボバクテリア目とバクテロイデス目に固有のタンパク質もいくつか特定されており、これら2つの目の種が他のバクテロイデス目とは異なる共通の祖先を共有していることを示している。[5]
系統発生
系統学[6]は、進化の歴史と生きている生物のグループ間の関係を表現する研究です。系統学と密接に関連し、現在受け入れられている分類法は、命名法、つまり生物の命名と分類法における原核生物名のリストに基づいています。 [2]植物遺伝学では、数学モデルを介した一連の実験を通じて大規模なデータセットが必要です。[7] 21の細菌の系統のリストの関係間の系統関係をツリーのような設計で作成するには、キムラ2パラメータモデルを使用した分子進化遺伝学分析を使用できます。[8]これは、フラボバクテリア目の魚病原体間の植物遺伝学的関係を分析するのに役立ちます。[8]これにより、細菌の種が近いかどうかがわかります。[8]
注記
- ^ Blattabacteriaceae はこの系統樹には含まれません。
参照
参考文献
- ^ Bernardet JF. (2010). 「Order I. Flavobacteriales ord. nov.」 Krieg NR、Staley JT、Brown DR、Hedlund BP、Paster BJ、Ward NL、Ludwig W、Whitman WB (編)。Bergey 's Manual of Systematic Bacteriology。第4巻 (第2版)。ニューヨーク、NY: Springer。p. 105。
- ^ abc Euzéby JP, Parte AC. 「Flavobacteriales」。命名法で定められた原核生物名のリスト（LPSN） 。 2021年6月29日閲覧。
- ^ Boone DR、Castenholz RW 編 (2001)。Bergey 's Manual of Systematic Bacteriology。第 1 巻 (古細菌および深く分岐する光合成細菌) (第 2 版)。ニューヨーク、NY: Springer-Verlag。pp. 465–466。
- ^ Gupta RS. (2004). 「 Fibrobacteres、Chlorobi、Bacteroidetesの系統発生とシグネチャー配列特性」。微生物学批評レビュー。30 (2) : 123–140。doi : 10.1080 /10408410490435133。PMID 15239383。S2CID 24565648 。
- ^ abc Gupta RS、Lorenzini、E.（2007）。「バクテロイデス属とクロロビ属に特有の系統発生と分子シグネチャー（保存されたタンパク質とインデル） 」BMC Evolutionary Biology。7 （1 ）：71。Bibcode ：2007BMCEE...7...71G。doi ：10.1186/1471-2148-7-71。PMC 1887533。PMID 17488508。
- ^ 「主要グループの系統発生」、無脊椎動物関係、ケンブリッジ大学出版、pp. 161–162、1990-02-15、doi :10.1017/cbo9780511623547.009、ISBN 978-0-521-33064-0、2024-10-23取得
- ^ 「主要グループの系統発生」、無脊椎動物関係、ケンブリッジ大学出版、pp. 161–162、1990-02-15、doi :10.1017/cbo9780511623547.009、ISBN 978-0-521-33064-0、2024-10-23取得
- ^ abc Mun, S.; Lee, J.; Lee, S.; Han, K.; Ahn, TY (2013). 「マルチローカスシーケンシング解析による淡水から分離されたフラボバクテリア群の系統発生」.ゲノミクス＆インフォマティクス. 11 (4): 272–276. doi :10.5808/GI.2013.11.4.272. PMC 3897856. PMID 24465240 .
- ^ García-López M、Meier-Kolthoff JP、Tindall BJ、Gronow S、Woyke T、Kyrpides NC、Hahnke RL、Göker M (2019)。「1,000 の型株ゲノムの分析によりバクテロイデスの分類学上の分類が向上」 。Front Microbiol。10 : 2083。doi : 10.3389 / fmicb.2019.02083。PMC 6767994。PMID 31608019。
- ^ 「The LTP」 。 2021年2月23日閲覧。
- ^ 「LTP_all tree in newick format」。2021年2月23日閲覧。
- ^ 「LTP_12_2021 リリースノート」(PDF) 。 2021年2月23日閲覧。
- ^ 「GTDBリリース07-RS207」。ゲノム分類データベース。 2022年6月20日閲覧。
- ^ "ar53_r207.sp_label".ゲノム分類データベース. 2022年6月20日閲覧。
- ^ 「分類の歴史」。ゲノム分類データベース。 2022年6月20日閲覧。