フィオナ・ブリンクマン

フィオナ・ブリンクマン（旧姓ローソン）は、カナダ、ブリティッシュコロンビア州のサイモンフレーザー大学分子生物学・生化学科のバイオインフォマティクスおよびゲノミクスの教授であり、微生物バイオインフォマティクスの分野のリーダーです。彼女は「感染症の制御とマイクロバイオームの保全のための、より持続可能で包括的なアプローチ」の開発に関心を持っています。^{[ 1 ]}

ブリンクマンは1990年にウォータールー大学で生化学の理学士号を取得し、1996年にオタワ大学でジョー・アン・ディロン博士の指導の下、博士号を取得しました。その後、ブリティッシュコロンビア大学でロバート（ボブ）・ハンコック博士とアン・ローズ博士の指導の下、2つの博士研究員課程を修了しました。当初は微生物学者として訓練を受けていましたが、大学院および博士研究員時代にバイオインフォマティクスに興味を持ち、2001年にサイモンフレーザー大学で病原体／微生物バイオインフォマティクスを専門とする自身の研究グループを立ち上げた際に、これらの分野を融合させました。

ブリンクマン氏の現在の研究テーマは、微生物の進化の仕組みの理解を深め、微生物の解析や感染症に対する新しいワクチン、医薬品、診断法の開発に役立つ計算手法を改善することに重点を置いています。彼女の手法は、ますます環境分野への応用が進んでいます。彼女は、計算によるタンパク質の細胞内局在予測に利用できる最も正確な手法であり、このような細胞内局在解析のための一般的なハイスループット実験室手法の精度を上回った最初の計算手法であるPSORTb ^{[ 2 ] [ 3 ]}の開発で知られています。^{[ 4 ] [ 5 ]}この手法は、細菌細胞内の細胞表面タンパク質や分泌タンパク質を予測するのに役立ち、これらは適切な薬剤標的、ワクチン成分、または診断法となる可能性があります。彼女はまた、ゲノムアイランド（IslandViewerなど）やオルソログ（OrtholugeDBなど）のより正確な同定に役立つバイオインフォマティクス手法も開発しました。彼女の研究は、病原体の進化や水平遺伝子伝達とゲノムアイランドが果たす役割について新たな知見をもたらしました。 ^{[ 6 ] [ 7 ] [ 8 ]}彼女は、病原性因子（病原体の病気を引き起こす遺伝子）がゲノムアイランドと不均衡に関連しているという逸話的な仮説を確認しました。^{[ 9 ]}彼女は、ゲノム配列データとソーシャルネットワーク分析を統合し、感染症の発生調査を支援するために全ゲノムシーケンスを使用した最初の研究者の1人でした（「ゲノム疫学」）。^{[ 10 ]}彼女は、シュードモナスゲノムプロジェクト^{[ 11 ] [ 12 ]}に参加し、シュードモナス種のゲノムデータと関連する注釈のデータベースであり、継続的に更新されているシュードモナスゲノムデータベースのコーディネーターです。彼女はまた、ヒトや他の動物の免疫障害と感染症に対する免疫応答のよりシステムベースの分析を支援するデータベース（InnateDBやアレルギーと喘息ポータルなど）を開発しました。これらのデータベースは、新しい免疫調節治療薬の特定に役立っています。^{[ 13 ] [ 14 ] [ 15 ]}彼女は、より包括的で持続可能な感染症制御とマイクロバイオーム保全のためのアプローチの開発への関心の一環として、環境への応用に自身の手法を適用することにますます関心を寄せている。このアプローチは、抗菌薬耐性の選択を減らし、病原体とその起源の追跡を改善し、社会の変化と環境がマイクロバイオームを形成する上で果たす重要な役割をより適切に考慮に入れることができる。^{[ 16 ] [ 17 ] [ 8 ] [ 10 ]}

• カナダ王立協会フェロー（2018年）^{[ 18 ]}
• トムソン・ロイターの高被引用研究者（2014年）^{[ 19 ] [ 20 ] [ 21 ]}
• 女性エグゼクティブネットワーク – カナダのトップ100 – トレンドセッターと先駆者 (2009) ^{[ 22 ]}
• カナダ微生物学会フィッシャー賞（2007年）^{[ 23 ]}
• マイケル・スミス健康研究財団シニア研究員（2007年～2012年）^{[ 24 ] [ 25 ]}
• カナダ保健研究機構新規研究者（2005年～2010年）^{[ 26 ]}
• カナダ人名録（2005年）^{[ 27 ]}
• カナダの40歳以下のトップ40（2003年）^{[ 28 ]}
• ブリティッシュコロンビア州イノベーション・科学評議会（現BCイノベーション評議会）若手イノベーター賞（2003年）^{[ 29 ]}
• MITテクノロジーレビューTR100（2002年）で、35歳以下の世界トップ100イノベーターの1人として選出された^{[ 30 ]}
• マイケル・スミス健康研究財団奨学生（2001年～2006年）^{[ 24 ]}

ブリンクマンは、バイオインフォマティクスのトレーニング、生物学的/バイオインフォマティクスデータのキュレーションの改善、効果的なバイオインフォマティクスデータ標準とデータベースの開発に長年関心を持っており^{[ 31 ] [ 32 ] [ 33 ] [ 34 ] [ 35 ] [ 36 ]} 、これにはPseudomonas aeruginosa Community Annotation Project ^{[ 37 ]}やPseudomonas Genome Databaseが含まれます。

彼女は欧州ヌクレオチドアーカイブ（EMBL-EBI）の科学諮問委員会の議長を務め、ゲノムカナダ理事会^{[ 38 ]}やREACTOMEの科学諮問委員会など、他のいくつかの委員会のメンバーも務めています。ブリンクマンはまた、統合迅速感染症分析（IRIDA）プロジェクトおよびコンソーシアム^{[ 39 ]}の共同リーダーであり、ゲノム疫学オントロジー（GenEpiO）コンソーシアム^{[ 40 ]}および食品オントロジー（FoodOn）^{[ 41 ]}グループの創設メンバーでもあります。

バンクーバーの学術界において、ブリンクマン氏は現在、サイモン・フレーザー大学、ブリティッシュコロンビア大学、およびBCがんセンターが共同で運営するバイオインフォマティクス大学院研修プログラムの共同ディレクターを務めており、カナダ微生物学会におけるサイモン・フレーザー大学代表も務めている。また、カナダ・バイオインフォマティクス・ワークショップの中核教員でもある。

彼女の研究室出身の著名な卒業生には、ジェニファー・ガーディなどがいる。

スコットランド人の両親を持つブリンクマンは、 1967年にオーストラリアのメルボルンで生まれた。幼い頃にカナダに移住し、主にオンタリオ州ミシサガで育った。現在は息子と娘を含む家族とともにコキットラムに住んでいる。

• ウォータールー大学の関係者一覧

• Pseudomonas Genome Database ( 2020年11月1日時点のアーカイブ)
• フィオナ・ブリンクマンの論文（Google Scholarに掲載）