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ペール・エドマンによって開発されたエドマン分解法は、ペプチド中のアミノ酸配列を決定する 方法である。[ 1 ] この方法では、アミノ末端残基に標識を付け、他のアミノ酸残基間のペプチド結合を破壊することなくペプチドから切断する。
フェニルイソチオシアネートは、弱アルカリ性条件下で、電荷を持たないN末端アミノ基と反応して、環状フェニルチオカルバモイル誘導体を形成します。次に、酸性条件下で、この末端アミノ酸誘導体はチアゾリノン誘導体として切断されます。チアゾリノンアミノ酸は、選択的に有機溶媒に抽出され、酸処理によって、クロマトグラフィーまたは電気泳動で識別できる、より安定なフェニルチオヒダントイン（PTH）-アミノ酸誘導体を形成します。この手順を繰り返すことで、次のアミノ酸を識別できます。この技術の大きな欠点は、この方法で配列決定されるペプチドは50～60残基（実際には30未満）を超えることができないことです。ペプチドの長さが制限されるのは、環状誘導体化が必ずしも完全に進行しないためです。誘導体化の問題は、反応を進める前に大きなペプチドをより小さなペプチドに切断することで解決できます。最新の機械では、アミノ酸1個あたり99%以上の効率で最大30個のアミノ酸を正確に配列決定できます。エドマン分解の利点は、配列決定プロセスに10～100ピコモルのペプチドしか使用しないことです。エドマン分解反応は、プロセスを高速化するために1967年にエドマンとベッグスによって自動化され[ 2 ]、1973年までに世界中で100台の自動化装置が使用されました[ 3 ]。
エドマン分解はタンパク質のN末端から進行するため、N末端が化学的に修飾されている場合（例えば、アセチル化やピログルタミン酸の形成など）は機能しません。好ましい5員環中間体が形成されないため、非α-アミノ酸（例えば、イソアスパラギン酸）に遭遇すると、配列決定は停止します。エドマン分解は一般的に、ジスルフィド結合の位置を決定するのに役立ちません。アトモルレベルのエドマン分解配列のタンパク質配列決定は可能ですが、大型で複雑かつ高価な装置と、1回の分析に30時間のベンチ時間を必要とする加速器質量分析法が必要です。[ 4 ]
2D SDS PAGEの後、タンパク質をポリフッ化ビニリデン（PVDF）ブロッティング膜に転写してさらに分析することができます。エドマン分解はPVDF膜から直接行うことができます。N末端残基配列決定により5～10個のアミノ酸が得られれば、目的タンパク質（POI）を同定するのに十分である可能性があります。[ 5 ]