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| 地球バイオゲノムプロジェクト | |
|---|---|
| 間隔 | 2018年11月1日 – 2028年 |
| Webサイト | 詳しくはこちら |
地球バイオゲノムプロジェクト（EBP）は、現在地球上で確認されているすべての真核生物種のゲノムを10年かけて配列し、カタログ化することを目的とした取り組みです。[1]この取り組みでは、科学的研究のプラットフォームを提供し、環境と保全の取り組みをサポートする生物学的情報のオープンDNAデータベースを作成します。 [2]プロジェクトのビジョンを示す科学論文は2018年4月にPNASに掲載され、[3]プロジェクトは2018年11月1日に正式に開始されました。[4]
この取り組みはヒトゲノムプロジェクトに触発され、2015年11月にハリス・ルーウィン（UCD）、ジーン・E・ロビンソン（IGB）、W・ジョン・クレス（スミソニアン協会国立自然史博物館）の間で行われた会議で生まれました。[3] [5] 2017年2月、ワシントンDCでスミソニアン協会とBGIが主催したゲノミクスと生物多様性に関する主要な会議で、プロジェクトの10年計画と組織構造がサポートされました。[3]
まとめ
このプロジェクトの費用は47億ドルと見込まれている。[1]このプロジェクトには、i5K（昆虫）[6] 、 B10K（鳥類）、10KP（植物）[7] 、 [8]、ダーウィン生命の木など、すでに進行中のプロジェクトが含まれており、これらは英国に生息する推定66,000種の真核生物の配列を解読することを目指している。[1]このプロジェクトは、3つのフェーズで約150万種の既知の真核生物の配列を解読し、注釈を付けることを目指しており、最初のフェーズでは「約9,000種の真核生物分類学上の科のそれぞれについて、少なくとも1種の代表的な種について、注釈付きの染色体規模の参照アセンブリ」を作成することを目指している。[3] [8]
PNASの論文によると、BGI（中国）、ベイラー医科大学（米国）、ウェルカム・サンガー研究所（英国）、ロックフェラー大学（米国）など、いくつかのシーケンシングセンターがこのプロジェクトを支援しており、サンパウロ研究財団によって南米にプロジェクトのためのセンターが設立される予定である。[3]ゲノミクスを使用するバイオ観測所については、プロジェクトのニーズを満たす例として、国立生態観測ネットワーク、中国生態研究ネットワーク、ForestGEO、MarineGEOが挙げられる。[3]このような「惑星規模」のプロジェクトの実現可能性と技術要件についての洞察を提供するために、10,000植物ゲノムプロジェクトは、中国南西部の植物園で育つ761の維管束植物標本のサンプリングとシーケンシングを行うパイロットプロジェクト「瑞麗植物園のデジタル化」を公開した。[9]
参照
- 計算ゲノム科学
- 配列決定された真核生物ゲノムのリスト
- 地球マイクロバイオームプロジェクト
- 1000植物ゲノムプロジェクト
- 10万ゲノムプロジェクト
- ヒトゲノムプロジェクト
- オールスピーシーズ財団
- 生命百科事典
- ウェルカム・サンガー研究所
参考文献
- ^ abc 「地球上の生命は保全の名の下にDNA分析される」。ネイチャー。563（ 7730）：155-156。2018年11月。Bibcode ： 2018Natur.563..155.. doi：10.1038/d41586-018-07323- y。PMID 30401859 。
- ^ “Sequencing the world”. The Economist . 2018年1月23日. 2018年1月24日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2018年2月3日閲覧。
- ^ abcdef Lewin HA、Robinson GE、Kress WJ、Baker WJ、Coddington J、Crandall KA、他 (2018年4月)。「地球バイオゲノムプロジェクト：生命の未来のために生命の配列を解明する」。 米国科学アカデミー紀要。115 ( 17): 4325–4333。Bibcode : 2018PNAS..115.4325L。doi : 10.1073 / pnas.1720115115。PMC 5924910。PMID 29686065。
- ^ 「科学者があらゆる種のDNAを地図化する取り組みを開始」。大統領日報：興味深い。OZY。2018年11月2日。 2018年11月2日閲覧。
- ^ Daley J (2018年11月5日). 「150万種のゲノムを解読する野心的なプロジェクトがスタート」スミソニアン. 2018年12月3日閲覧。
- ^ i5Kコンソーシアム（2013-09-01）。「i5Kイニシアチブ：知識、人間の健康、農業、環境のための節足動物ゲノムの進歩」。The Journal of Heredity。104（5）：595–600。doi ： 10.1093/ jhered /est050。PMC 4046820。PMID 23940263。
{{cite journal}}: CS1 maint: 数値名: 著者リスト (リンク) - ^ Cheng S, Melkonian M, Smith SA, Brockington S, Archibald JM, Delaux PM, et al. (2018年3月). 「10KP: 系統多様性ゲノム配列決定計画」. GigaScience . 7 (3): 1–9. doi :10.1093/gigascience/giy013. PMC 5869286. PMID 29618049 .
- ^ ab Exposito-Alonso, Moises; Drost, Hajk-Georg; Burbano, Hernán; Weigel, Detlef (2020-04-01). 「地球バイオゲノムプロジェクト：植物ゲノミクスと保全の機会と課題」. The Plant Journal . 102 (2): 222–229. doi : 10.1111/tpj.14631 . PMID 31788877.
- ^ Liu H, Wei J, Yang T, Mu W, Song B, Yang T, et al. (2019年1月). 「植物園の分子デジタル化：瑞麗植物園の維管束植物689種の高深度全ゲノム配列決定」GigaScience . 8 (4). doi :10.1093/gigascience/giz007. PMC 6441391 . PMID 30689836.
外部リンク
- 地球バイオゲノムプロジェクトウェブサイト
- 昆虫 5,000 ゲノム (i5k) プロジェクト Web サイト
- 鳥類10,000ゲノム（B10K）プロジェクトウェブサイト
- ダーウィン生命の木のウェブサイト
- 欧州ゲノム参照アトラス（ERGA）ウェブサイト