化学プローブポータル

化学プローブポータル

形成	2015年; 9年前 （2015年）
タイプ	学会
法的地位	501(c)(3) 非営利団体
目的	化学プローブを使用した生物医学研究の品質と再現性の向上。
本部	サットン、ロンドン
位置	英国
理事会	ミルカ・コスティック、ジョナサン・バエル、アレッシオ・シウリ、ジェレミー・L・ジェンキンス、川村茜、ヨン・リー、レティシア・マーティン、中西修、ジョナサン、S・ローゼンブラム、ジェイソン・シェルツァー
主要人物	ポール・ワークマン、アレッド・エドワーズ、ビサン・アル＝ラジカーニ、イアン・コリンズ、スザンヌ・ミュラー＝ナップ、アルバート・A・アントリン、ドメニコ・サンフェリーチェ、アリサ・クリスプ
Webサイト	ケミカルプローブ

化学プローブポータルは、生物学研究や創薬に使用するための高品質の化学プローブを特定し、提供することを目的としたオープンなオンラインリソースです。化学プローブはシグナル伝達経路を解明し、新しい薬物ターゲットを検証するための貴重なツールになり得ますが、使用されているプローブの多くは選択的ではなく、そのため非常に誤解を招く結果をもたらす可能性があります。^[1]

ポータルは、化学生物学、医薬化学、薬理学の分野の専門家グループである科学諮問委員会（SAB）による評価に基づいて化学プローブを推奨します。SABは、（1）入手可能な化学プローブの中で最適なものを決定し、（2）それらの使用に関するガイドラインを確立します。

化学プローブの選択と使用に関するベストプラクティスガイドラインを何年もかけて発表してきたが^{[2] [3] [4] [5]、}この分野の多くの人々は、この種の情報を広めるには出版物だけでは不十分であることに同意した。2015年7月、構造ゲノミクスコンソーシアム（SGC）が主導するこれらの専門家は、化学プローブの誤用と、その誤用が研究の信頼性に与える影響の概要を共同で発表した。^[6]この発表に合わせて、SGCによってプロトタイプのウェブサイトが立ち上げられた。

この出版物とポータルは、生物医学研究コミュニティが科学文献の多くに再現性の問題があることに気づき始めたのと同時期に立ち上げられました。経済影響調査によると、米国だけで年間 280 億ドルが再現不可能な生物医学研究に費やされています。研究が再現不可能である最も一般的な理由には、試薬と参照材料の選択 (36%)、研究デザイン (28%)、データ分析と報告 (25%)、実験プロトコル (11%) に関する問題が含まれます。^[7]化学プローブの選択と適用におけるエラーは、これらの各カテゴリで無駄につながる可能性があります。状況と必要性を考慮すると、プロトタイプ ポータルは科学コミュニティから概ね好評でした。^{[8] [9] [10] [11] [12]}ただし、プロトタイプ ポータルは非常に少数のプローブ (正確には 7 つ) で立ち上げられたことが指摘されています。^[13]

2016 年、SGC はスタッフを募集してポータルを引き継ぎ、独立した組織として確立し、化学プローブに関する信頼できる情報源に育て上げました。この新しい組織は、ウェルカム トラストと SGC から提供された資金によってサポートされました。第 1 四半期末までに、ポータルの新しいリーダーシップは、米国ノースカロライナ州に組織を法人化し、取締役会を設立し、コミュニティ主導の専門家によるキュレーション プロセスを通じてポータルを成長させる計画を策定しました。ポータルは 2016 年 6 月 30 日に再開され、この運用計画がサイトに統合され、ポータル内の既存のプローブ (約 100) に関するデータがさらに追加され、それらのプローブの使用に関する推奨事項が示されました。

このポータルは、2035 年までにヒトプロテオームのあらゆるタンパク質に対する高品質の化学プローブまたは生物学的プローブを提供するという世界的な取り組みであるTarget 2035と緊密に連携しています。

2016年6月、ポータルは設立理事会^[14]を発表しました。メンバーには、マーク・バネージ（Vertex）、アレッド・エドワーズ（SGC）、ヤング・リー（デイモン・ラニヨン癌研究財団）、ハーバート・ウォルドマン（マックス・プランク分子生理学研究所）、ティム・ウィルソン（SGC UNC）、ポール・ワークマン（ICR）が含まれています。

SAB ^[15]は、医薬品化学、薬理学、化学生物学の分野の専門家の国際的な集まりであり、ポータルに専門的なアドバイスを提供するために設立されました。SAB は提出された化学プローブを検討し、その使用に関する推奨事項を作成します。化学プローブの検討に加えて、SAB メンバーはポータル スタッフに戦略的および科学的なアドバイスを提供し、ポータルが科学コミュニティとそのニーズに調和し続けるようにします。ポータルは 2016 年 5 月に新しい SAB メンバーの参加を公募し、SAB が目標のメンバーシップに達するまでこの募集は継続されます。

ポータルは、化学プローブを審査し評価するために専門家によるピアレビュープロセス^{[16]を採用しました。このプロセスの鍵となるのは、ポータルの SAB です。SA​​B は、グローバルコミュニティと複数の専門環境 (}製薬、バイオテクノロジー、臨床センター、学術機関など) を代表しています。これらの専門家は、ポータルに多様な経験と専門知識をもたらし、化学プローブの専門家にならずに実験で化学プローブを使用したい科学者にバランスの取れたアドバイスを提供するのに役立っています。

ポータルのレビュー プロセスには、1) プローブの提出、2) トリアージ、3) レビューと公開という 3 つの主なステップがあります。最初のステップでは、化学プローブを生成して公開した科学者が、検討のためにプローブを提出できます。当初、ポータルは公開済みのプローブの提出のみを受け付けます。

ポータル スタッフは、完了したプローブの提出を検討し、レビューの対象となるかどうかを判断します。提出物は、SAB による検討に値する 3 つの基準を満たす必要があります。1) プローブが公開されていること、2) PubChemなどの公開データベースに登録されていること(ポータルは、ユーザーに代わって提出されたプローブを PubChem に登録できるようになりました)、3) 細胞および/または生体内モデル システムでの検証を裏付けるデータがあること。これらの基準を満たさないプローブは、レビューのために SAB に送信されず、データベースに保持されます。3 つの基準をすべて満たすプローブはレビューされます。

SAB メンバーは、プローブを報告する出版物を含む各プローブの提出をレビューし、細胞および/またはin vivoモデル システム (マウスなど) での使用についてプローブを評価します。プローブは、これら 2 種類のシステムでの使用について個別に評価されるため、ポータルで検討および承認されるために、プローブがモデル生物での使用について検証されている必要はありません。ポータルでは、ポータルの承認につながる基準を厳密に定義していません。むしろ、ポータルは、特定のタンパク質ターゲットに関する専門家の経験と知識に基づいてプローブの品質を評価します。SAB メンバーは各プローブにコメントして、ユーザーがプローブを使用する前にその長所と短所を理解できるようにガイドすることができます。

プローブは、プローブの検証データのハイライトとともにポータルに公開され、SAB 評価 (0 から 4 つの星で示される) が表示されるまで数週間かかります。プローブ ページには、SAB コメントと、追加情報を見つけることができる関連データベースまたはソース (例: ジャーナル) へのリンクも含まれています。プローブがポータルから承認を得るには、平均 3 つ星を獲得する必要があります。

• 「化学プローブポータル」。
• 「デイモン・ラニヨン癌研究財団」。