カウドビリセテス

カウドビリセテス
カウドウイルス目。1940 年代にマックス デルブルックが記述した大腸菌ファージの 7 つの T タイプを表す T バクテリオファージの構造。ミオウイルス科の T4、シフォウイルス科の T5、ポドウイルス科の T7。構造は UCSF Chimera ソフトウェアの個々のタンパク質データ バンク (pdb) ファイルから構築され、2024 年まで実際のスケールで更新されました。
ウイルスの分類
(ランク外):	ウイルス
領域:	デュプロドナウイルス
王国：	興公ビラエ
門:	ウロウイルス亜綱
クラス：	カウドビリセテス
区分
テキストを参照

カウドビリセテスは、尾を持つバクテリオファージとして知られるウイルスの一種です（ caudaはラテン語で「尾」の意味）。 ^[1]ボルチモア分類体系では、カウドビリセテスは、長さが 18,000 塩基対から 500,000 塩基対の二本鎖DNA （dsDNA）ゲノムを持つため、グループ I ウイルスです^{。 [2]}ウイルス粒子は独特の形状をしており、各ビリオンは、ウイルスゲノムを含む20 面体の頭部を持ち、コネクタタンパク質によって柔軟な尾部に取り付けられています。 ^{[2]この目は、多くのウイルスを包含し、その多くは類似したヌクレオチド配列と機能を持つ遺伝子を含んでいます。ただし、尾を持つバクテリオファージゲノムの中には、同じ属であってもヌクレオチド配列がかなり大きく異なるものもあります。その特徴的な構造と潜在的に}相同な遺伝子を持つことから、これらのバクテリオファージは共通の起源を持つと考えられています。 ^[2]

この綱には4つの目、47の科、98の亜科、1197の属、3601の種が含まれます。これにより、Caudoviricetesはウイルスの中で最も人口の多い綱となり、認識されているすべてのウイルス種の約30％、すべてのウイルス属のほぼ半分を占めています。^[3]

宿主細菌に遭遇すると、ウイルス粒子の尾部が細胞表面の受容体に結合し、インジェクティソームのような機構（インジェクティソームはタイプIII分泌によるタンパク質送達のために進化したナノマシンである）を使用してDNAを細胞内に送達する。ウイルスの尾部は細菌の細胞壁と細胞膜に穴を開け、ゲノムは尾部を通って細胞内に通過する。細胞内に入ると、遺伝子は宿主リボソームを使用して宿主機構によって作成された転写物から発現される。通常、ゲノムはコンカテマーを使用して複製され、DNAの重複セグメントが作成され、その後、ゲノム全体を形成するためにまとめられる。^[2]

ウイルスのカプシドタンパク質が集まって前駆プロヘッドを形成し、そこにゲノムが入り込む。これが起こると、プロヘッドはカプシドサブユニットの切断によって成熟し、5回対称のイコサヘドロンファージヘッドを形成する。ヘッドが成熟した後、尾部は2つの方法のいずれかで結合される。尾部を別々に構築してコネクタと結合するか、尾部をファージヘッドに直接構築するかのいずれかである。尾部は6回対称のらせんベースのタンパク質で構成される。ウイルス粒子が成熟した後、細胞はリシン、ホリン、またはこれら2つの組み合わせによって溶解される。^[2]

ウイルス学の歴史の大部分において、カウドウイルス目として知られていたカウドウイルス科は、形態と「尾」の収縮能力によって定義された下位分類群であった。ミオウイルス科は収縮する長い尾を持ち、ポドウイルス科は収縮しない短い尾を持ち、シフォウイルス科は収縮しない長い尾を持っていた。^[4]シフォウイルス科は、既知の尾を持つウイルスの大部分を構成している。^{[2] [5]}

ブラッドリーは、ミオウイルス科をタイプ A、シフォウイルス科をタイプ B、ポドウイルス科をタイプ C と呼んでいました。また、頭部の形態に基づいてグループを分けました。グループ A では、A1 は小さな等尺性の頭部、A2 は長頭、A3 は細長い頭部です。グループ B と C にも同様に番号が付けられました。B1 と C1 は小さな等尺性の頭部、B2 と C2 は長頭、B3 と C3 は細長い頭部です。^{[引用が必要]}

Myoviridae、Podoviridae、Siphoviridae の「科」は多系統性のため廃止されたため、Caudoviricetes以前に先行する分類群のない、自由に浮遊する科、亜科、属が現在この綱に多数存在します。現在、この綱には 7 目、63 科、109 亜科、1360 属、4079 種が存在します。この記事ではCaudoviricetesの公式および提案された分類群をすべてリストします。(注: 引用符は、分類群が提案されており、ICTV によってまだ承認されていないことを意味します。)

• クラゲ目
  • クレバウイルス科
    • コアセウイルス亜科
    • ドルティウイルス亜科
  • インテスティウイルス科
    • チュリウイルス亜科
    • クルデウイルス亜科
    • オブツウイルス亜科
  • スティグウ​​イルス科
    • アシニウイルス亜科
  • スオリウイルス科
    • ベアビリス亜科
    • ブーリビリナ亜科
    • ルティウイルス亜科
    • オアフィウイルス亜科
    • ウンクーウイルス亜科
• ジュラビラ目
• キリヨカンシビラ目
• マグロウイルス目
• メタノバウイルス目
• ナコンウイルス目
• ツムレイマウイルス目

ICTV（2022）の時点で、Caudoviricetesには未分類の分類群が多数存在する。 ^[3]

• スオリウイルス科
  • その他の割り当てられたサブファミリー
  • デクシャウイルス属

Crassviralesは細菌に感染し、 Crassvirales目の最初のメンバーを特定するために使用されたコンピュータプログラムcrAssにちなんで命名されました。^{[6] [7]}

残りの目（提案されている目を含む）は古細菌に感染します。Kirjokansivirales 、Thumleimavirales、およびNakonviralesは神話上の物体または神にちなんで命名されており、MethanobaviralesとMagroviralesは感染する古細菌の古い同義語にちなんで命名されています。

バクテリオファージは、1100 を超える細菌または古細菌の属に存在します。^[3] 1959 年以降、6300 を超えるバクテリオファージが電子顕微鏡で検査されています。これらのうち、96 パーセント以上に尾があります。尾のあるファージのうち、約 57 パーセントは長くて収縮しない尾を持っています ( 「シフォウイルス科」 )。尾のあるファージは単系統であるようで、最も古い既知のウイルス グループです。^{[5] [8]}

• WOウイルス

ウィキメディア・コモンズには、 Caudoviralesに関連するメディアがあります。

Wikispeciesには、Caudoviricetesに関する情報があります。