アヴスンウイロイド科

アヴスンウイロイド科
	Avsunviroidae科のウイロイド
ウイルスの分類
(ランク外):	ウイロイド
家族：	アヴスンウイロイド科
属
	アヴスンウィロイド; エラウィロイド; ペラモウイロイド;

Avsunviroidaeはウイロイド科の一種で、3 属 5 種 ( Avsunviroid、Elaviroid、Pelamoviroid ) に分類される。^{[1]長さ 246 ～ 375}ヌクレオチドの RNA ゲノムで構成される。一本鎖の共有結合環で、分子内塩基対合を持つ。すべての種に中央の保存領域がない。^[2]

レプリケーション

複製は植物細胞の葉緑体で起こる。複製の主な特徴は、ヘルパーウイルスが不要で、タンパク質がコード化されていないことである。他のウイロイド科であるポスピウイロイド科とは異なり、アブスンウイロイド科は対称的なローリング機構を介して複製すると考えられている。RNAポリメラーゼプラス3IIと考えられる酵素の助けを借りて、プラスRNA鎖がテンプレートとして機能し、マイナス鎖を形成すると考えられている。マイナスRNA鎖はその後、リボザイムの活性によって切断され、環状になる。2番目のローリングサークル機構はプラス鎖を形成し、これもリボザイムの活性によって切断され、その後、環状になるように連結される。複製の場所は不明であるが、葉緑体でMg ²⁺イオンの存在下であると考えられている。^[2]

構造

構造予測によれば、塩基対形成領域を有する棒状分子として存在し、ヘアピンループを形成するか、分岐した構成をとることが示唆されている。^[2]^[3]

このファミリーには4つの保存されたヌクレオチド配列があり、うわぁぁぁ、uc、ウカグ、交流5'から3'への延長と、ループの反対側の端にあるワトソン-クリック対合。これはハンマーヘッドリボザイムの一部です。^[1]それ以外では、この科には構造上の類似性はほとんどありません。^{[Fl 1]}これらには、ポスピウイロイド科との区別を定義する特徴の1つである保存されたCCH、TCR、またはTCHモチーフがありません。^{[Fl 2]}

分類

この科には3属、合計5種が含まれる。^[2]

アヴスンウイロイド科
- 属Avsunviroid ; ^{[Fl 3]}
  - 種:アボカドサンブロッチウイロイド(ASBVd、acc. J02020、gen. len. 247nt) ^{[Fl 4]}
- エラウイロイド属; ^{[Fl 5]}
  - 種:ナス潜在ウイロイド(ELVd、acc. AJ536613、gen. len. 333nt) ^{[Fl 4]}
- ペラモウイロイド属; ^{[Fl 6]}
  - 種:アップルハンマーヘッドウイロイド、キククロロティックモットルウイロイド(CChMVd、acc. Y14700、gen. len. 399nt) ^{[Fl 4]}、モモ潜在モザイクウイロイド(PLMVd、acc. M83545、gen. len. 337nt) ^{[Fl 4]}

検出

長く中央の保存領域がないため、Avsunviroidae はPospiviroidaeよりも識別が困難です。Avsunviroidae を検出する方法は、その円形性を利用することです。コンピューターは、直線状に並べると繰り返しを形成するように見える多くの重複する読み取りをつなぎ合わせることができます。^[4]

参考文献

^ ab ディ・セリオ、F;リー、SF;マトウシェク、J; RA州オーエンズ。パラス、V;ランドルズ、JW。佐野哲;バーホーベン、JTJ;ヴィダラキス、G;フローレス、R; ICTV レポート、コンソーシアム (2018 年 5 月)。「ICTV ウイルス分類プロファイル: Avsunviroidae」。一般ウイルス学ジャーナル。99 (5): 611–612 .土井: 10.1099/jgv.0.001045。hdl : 10251/142511。PMID 29580320。
^ abcd 「ICTVオンラインレポート Avsunviroidae」。2022年2月12日時点のオリジナルよりアーカイブ。2018年5月3日閲覧。
^ Giguère, T; Adkar-Purushothama, CR; Bolduc, F; Perreault, JP (2014年10月). 「Avsunviroidae科の全メンバーの構造解明」.分子植物病理学. 15 (8): 767– 79. doi :10.1111/mpp.12130. PMC 6638799. PMID 25346967 .
^ Wu, Q; Wang, Y; Cao, M; Pantaleo, V; Burgyan, J; Li, WX; Ding, SW (2012 年 3 月 6 日). 「ディープシーケンシングと新しい計算アルゴリズムによる、複製病原性環状 RNA の相同性非依存的発見」。米国科学アカデミー紀要。109 ( 10 ): 3938– 43。Bibcode :2012PNAS..109.3938W。doi : 10.1073/ pnas.1117815109。PMC 3309787。PMID 22345560。

フローレス、リカルド。エルナンデス、カルメン。アルバ、A. エミリオ・マルティネス・デ;ダロス、ホセ・アントニオ。セリオ、フランチェスコ・ディ (2005)。「ウイロイドとウイロイドとホストの相互作用」。植物病理学の年次レビュー。43 (1)。年次レビュー: 117–139 . doi :10.1146/annurev.phyto.43.040204.140243。ISSN 0066-4286。PMID 16078879。

^ p. 120、「ハンマーヘッド構造で保存されているコアヌクレオチドを除けば、それらの間には広範な配列の類似性は存在しない」
^ p. 118-120、「他の4つのウイロイド、アボカドサンブロッチウイロイド（ASBVd）（47）、モモ潜在モザイクウイロイド（PLMVd）（45）、キククロロティックモットルウイロイド（CChMVd）（65）、およびナス潜在ウイロイド（ELVd）（30）は、保存されたCCR、TCR、およびTCHモチーフを持っていませんが、驚くべきことに、両方の極性鎖がハンマーヘッドリボザイムを介して自己切断します。これらは、2番目のファミリーであるAvsunviroidae（33でレビュー）を形成し、そのタイプ種はASBVdです（このファミリーへのELVdの正式な追加はICTVの承認を待っています）（図1b）。」
^ p. 120、「ASBVd は、A + U 含有量が高い (62%) (47) 唯一のウイロイドであり、単一特異性属を形成します」
^ abcd p. 119、表1
^ p. 120、「そして、ELVd は、その特性が他の 2 つの属のメンバーの特性の中間に位置するため、独自の属を構成することが提案されている (30)。」
^ p. 120、「しかし、PLMVdとCChMVdは、擬似結び目（10; S. Gago、M. De la Peňa、R. Flores、未発表の結果）（図1b）によって安定化された分岐した二次構造（21、45、65）と、2M LiClへの不溶性（65）のために、1つの属に分類されています。」

外部リンク

ICTVオンライン（第10回）レポート;アヴスンウイルス科
MicrobiologyBytes: Viroids、2007-02-24 にオリジナルからアーカイブ、2007-03-16に取得
植物ウイルスの説明 - Avsunviroidae、2007-02-13 にオリジナルからアーカイブ、2007-03-16に取得
RNAワールド仮説に関連する触媒RNA分子の研究(PDF) 、 2011-07-22のオリジナル(PDF)からアーカイブ

[prof-1] ディ・セリオ、F;リー、SF;マトウシェク、J; RA州オーエンズ。パラス、V;ランドルズ、JW。佐野哲;バーホーベン、JTJ;ヴィダラキス、G;フローレス、R; ICTV レポート、コンソーシアム (2018 年 5 月)。「ICTV ウイルス分類プロファイル: Avsunviroidae」。一般ウイルス学ジャーナル。99 (5): 611–612 .土井: 10.1099/jgv.0.001045。hdl : 10251/142511。PMID 29580320。

[ICTVReport-2] 「ICTVオンラインレポート Avsunviroidae」。2022年2月12日時点のオリジナルよりアーカイブ。2018年5月3日閲覧。

[3] Giguère, T; Adkar-Purushothama, CR; Bolduc, F; Perreault, JP (2014年10月). 「Avsunviroidae科の全メンバーの構造解明」.分子植物病理学. 15 (8): 767– 79. doi :10.1111/mpp.12130. PMC 6638799. PMID 25346967 .

[10] Wu, Q; Wang, Y; Cao, M; Pantaleo, V; Burgyan, J; Li, WX; Ding, SW (2012 年 3 月 6 日). 「ディープシーケンシングと新しい計算アルゴリズムによる、複製病原性環状 RNA の相同性非依存的発見」。米国科学アカデミー紀要。109 ( 10 ): 3938– 43。Bibcode :2012PNAS..109.3938W。doi : 10.1073/ pnas.1117815109。PMC 3309787。PMID 22345560。

[little-similarity-4] . 120、「ハンマーヘッド構造で保存されているコアヌクレオチドを除けば、それらの間には広範な配列の類似性は存在しない」

[no-conserved-5] . 118-120、「他の4つのウイロイド、アボカドサンブロッチウイロイド（ASBVd）（47）、モモ潜在モザイクウイロイド（PLMVd）（45）、キククロロティックモットルウイロイド（CChMVd）（65）、およびナス潜在ウイロイド（ELVd）（30）は、保存されたCCR、TCR、およびTCHモチーフを持っていませんが、驚くべきことに、両方の極性鎖がハンマーヘッドリボザイムを介して自己切断します。これらは、2番目のファミリーであるAvsunviroidae（33でレビュー）を形成し、そのタイプ種はASBVdです（このファミリーへのELVdの正式な追加はICTVの承認を待っています）（図1b）。」

[Avsun-6] . 120、「ASBVd は、A + U 含有量が高い (62%) (47) 唯一のウイロイドであり、単一特異性属を形成します」

[table-as-of-2005-7] . 119、表1

[Ela-8] . 120、「そして、ELVd は、その特性が他の 2 つの属のメンバーの特性の中間に位置するため、独自の属を構成することが提案されている (30)。」

[pelam-9] . 120、「しかし、PLMVdとCChMVdは、擬似結び目（10; S. Gago、M. De la Peňa、R. Flores、未発表の結果）（図1b）によって安定化された分岐した二次構造（21、45、65）と、2M LiClへの不溶性（65）のために、1つの属に分類されています。」

アヴスンウイロイド科

Avsunviroidae科のウイロイド
ウイルスの分類
(ランク外):	ウイロイド
家族：	*アヴスンウイロイド科*
属
アヴスンウィロイドエラウィロイドペラモウイロイド