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1584年の沖田縄の戦いで有馬春信が勝利した後、浦上は感謝の印としてイエズス会に譲渡された。[ 1 ]その後、浦上は長崎とともに豊臣秀吉によって没収された。[ 2 ]
1614年、将軍徳川家康の命令により、ヨーロッパの影響力を抑制し、日本政府の転覆を防ぐため、キリスト教は日本で禁止された。信仰を公然と語る日本のキリスト教徒のほとんどは、迫害され、拷問や磔刑などの極めて過酷な扱いを受けた。その結果、浦上は、密かに信仰を堅く守り続けた抑圧された信者たちの拠点となった。[ 3 ]
この時期、大浦天主堂は浦上キリスト教徒の精神的支えとして重要な役割を果たした。浦上地域にキリスト教徒が存在したことで、日本政府は禁令を施行するために取り締まりを開始した。1790年9月1日、浦上における最初の迫害が始まった。隠れキリスト教徒が発見され逮捕されたが、死者は出なかった。1839年、浦上において新たな迫害の波が始まったが、これも死者には至らなかった。1859年に行われた第3次崩しでは、10人以上が拷問により死亡した。第4次にして最後の迫害は1867年から1873年にかけて行われ、浦上代判崩しとしてよく知られている。[ 4 ]
その過程で浦上村の住民68人が逮捕され、宗教を完全に放棄することを強いられた。これに対し外国領事らが抗議し、徳川幕府は譲歩した。しかし、徳川幕府が終焉を迎え、1868年2月、明治政府は九州の治安責任者として沢信義を任命した。沢信義は外国のものを嫌うことで知られており、協議の結果、この問題を一挙に解決することを決意した。村全体を追放するという彼の計画は4月25日に朝廷で承認され、二段階で実行された。まず首謀者らを萩、津和野、福山へ、次に残りの村人を追放した。家族は引き離され、合計3,414人のキリスト教徒の男女子供が日本各地に追放された。金沢へ500人、津和野へ160人、薩摩へ150人、鶴島、岡山などへ117人である。[ 5 ]
しかし、圧力に屈し、特に1850年代に日本政府が開国してからは、米国やヨーロッパ諸国との関係を維持したいという思いから、1873年に禁令は解除され、日本のキリスト教徒はついに浦上に戻ることができた。1895年、キリスト教徒たちは浦上地区に日本初の教会堂を建設した。教会堂の建設は1925年に完了した。
1945年8月9日、第二次世界大戦末期、浦上は高度約500メートル（1,600フィート）で原子爆弾が炸裂した爆心地となった。熱線と爆風による被害はほぼこの地域に限定され、中島地区は丘陵地帯によって比較的よく遮蔽されていた。しかし、両地区の建造物全体の36%が被害を受けた。浦上天主堂も爆風で甚大な被害を受けた。
戦後、浦上は再建され、かつて被害を受けた大聖堂跡地が現在も残っている。[ 3 ]鉄道アクセスはJR九州が提供しており、長崎本線沿いの浦上駅を運営している。
北緯32度46分26秒、東経129度51分48秒/北緯32.773753度、東経129.863251度/北緯32.773753度、東経129.863251度（爆心地）