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Transibは散在反復 DNAトランスポゾンのスーパーファミリーである。シベリア横断鉄道にちなんで名付けられた。[1] EnSpm/CACTAに似ている。
Transib は 2003 年に初めて説明され、Drosophila melanogasterゲノムで発見されました。通常、Transib は単一のタンパク質、DDE 転写酵素をコードします。[1]末端逆位反復 (TIR) を含む完全な要素は、2008 年にHelicoverpa zeaゲノムで発見されました。[2]このスーパーファミリーの異なる系統がその後発見され、Transib および TransibSU (ウニ) と名付けられました。CACTA スーパーファミリーの Chapaev および Chapaev3 も含まれる場合があります。違いはコア転写酵素のドメイン構成にあります。TransibSU は RAG2 のようなタンパク質を持つことでも注目に値します。[3] : 図 2
Transib は、2 つの組換え活性化遺伝子の起源として注目に値します。RAG1/2 様遺伝子 ("ProtoRAG"、 PDB : 6B40 )を持つ活性トランスポゾンが、B. belcheri (中国のナメクジウオ)で発見されました。TIR は、組換えシグナル配列(RSS)と構造的に類似しています。7 量体はコンセンサス CACWRTG を持ちますが、9 量体はより異なります。ナメクジウオ RAG1L/TIR は、9 量体の違いにより、動物の RAG1/RSS を相互認識しません。[4] Psectrotarsia flava (蛾) にもこのようなトランスポゾンがあります。この蛾には 9 量体がないため、9 量体が最近進化したことがわかります。[5]
参考文献
- ^ ab Kapitonov, VV; Jurka, J. (2003年5月12日). 「ショウジョウバエゲノムにおける転移因子の分子古生物学」. Proceedings of the National Academy of Sciences . 100 (11): 6569–6574. Bibcode :2003PNAS..100.6569K. doi : 10.1073 /pnas.0732024100 . PMC 164487. PMID 12743378.
- ^ Chen, S; Li, X (2008年1月31日). 「Helicoverpa zea由来の最初の完全なTransibトランスポゾンの分子特性」. Gene . 408 (1–2): 51–63. doi :10.1016/j.gene.2007.10.015. PMID 18031956.
- ^ Kapitonov VV 、 Koonin EV (2015-04-28)。「RAG1-RAG2遺伝子座の進化：両方のタンパク質は同じトランスポゾンに由来する」。Biology Direct。10 ( 1 ) : 20。doi ：10.1186 / s13062-015-0055-8。PMC 4411706。PMID 25928409。
- ^ 黄、S;タオ、X。ユアン、S;張、Y;リー、P;ハノイ州ベイリンソン。張、Y;ゆう、W;ポンタロッティ、P;エスクリバ、H;ル・ペティヨン、Y;リュー、X;チェン、S;シャッツ、DG;徐、A (2016 年 6 月 30 日) 「活性型 RAG トランスポゾンの発見は V(D)J 組換えの起源を明らかにする」。セル。166 (1): 102-14。土井：10.1016/j.cell.2016.05.032。PMC 5017859。PMID 27293192。
- ^ Morales Poole, Jose Ricardo; Huang, Sheng Feng; Xu, Anlong; Bayet, Justine; Pontarotti, Pierre (2017年4月28日). 「RAGトランスポゾンは後口動物の進化を通じて活性であり、顎脊椎動物で家畜化されている」.免疫遺伝学. 69 (6): 391–400. bioRxiv 10.1101/100735 . doi :10.1007/s00251-017-0979-5. PMID 28451741. S2CID 11192471.