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| 開発者 | システム生物学研究所 |
|---|---|
| 初回リリース | 2004年12月10日 |
| 安定版リリース | 5.0.0 / 2016年10月11日[1] |
| 書かれた | C++、Perl、Java |
| オペレーティング·システム | Linux、Windows、OS X |
| タイプ | バイオインフォマティクス/質量分析ソフトウェア |
| ライセンス | GPL v. 2.0およびLGPL |
| Webサイト | TPPウィキ |
トランスプロテオミクスパイプライン（TPP）は、シアトルプロテオームセンターのRuedi Aebersoldグループによってシステム生物学研究所（ISB）で開発された、プロテオミクス用のオープンソース データ分析ソフトウェアです。TPPには、PeptideProphet、 [2] ProteinProphet、[3] ASAPRatio、XPRESS、Libra が含まれます。
ソフトウェアコンポーネント
確率の割り当てと検証
PeptideProphetは、検索エンジンの結果を使用して、 PSMレベルで偽発見率（FDR）を推定することにより、ペプチドスペクトルマッチ（PSM）の統計的検証を実行します。[4]初期のPeptideProphetは、正しい識別にはガウス分布の適合を使用し、誤った識別にはガンマ分布の適合を使用しました。プログラムの後の修正により、可変成分混合モデルまたはセミパラメトリック混合モデルのいずれかを使用したターゲットデコイアプローチを使用できるようになりました。[5] PeptideProphetでは、デコイタグを指定すると可変成分混合モデルが使用され、ノンパラメトリックモデルを選択するとセミパラメトリック混合モデルが使用されます。
ProteinProphetはPeptideProphetの結果に基づいてタンパク質を識別します。[6]
Mayuはタンパク質レベルでの偽発見率（FDR）を推定することで、タンパク質同定の統計的検証を行う。[7]
スペクトルライブラリの取り扱い
SpectraSTツールはスペクトルライブラリを生成し、これらのライブラリを使用してデータセットを検索することができます。[8]
参照
参考文献
- ^ TPP 5.0.0 リリースが利用可能になりました
- ^ ソフトウェア:PeptideProphet - SPCTools
- ^ ソフトウェア:ProteinProphet - SPCTools
- ^ Keller, A; Nesvizhskii, A; Kolker, E; Aebersold, R. (2002). 「MS/MS とデータベース検索によるペプチド同定の精度を推定する経験的統計モデル」Anal Chem . 74 (20): 5383–5392. doi :10.1021/ac025747h. PMID 12403597.
- ^ Choi, Hyungwon; Ghosh, Debashis; Nesvizhskii, Alexey I. (2008). 「ターゲットデコイデータベース検索戦略と柔軟な混合モデリングを使用した大規模プロテオミクスにおけるペプチド同定の統計的検証」( PDF)。Journal of Proteome Research。7 (1): 286–292. doi :10.1021/pr7006818. ISSN 1535-3893. PMID 18078310.
- ^ Nesvizhskii AI、Keller A、Kolker E、Aebersold R. (2003)「タンデム質量分析法によるタンパク質同定の統計モデル」Anal Chem 75:4646-58
- ^ Reiter, L.; Claassen, M.; Schrimpf, SP.; Jovanovic, M.; Schmidt, A.; Buhmann, JM.; Hengartner, MO.; Aebersold, R. (2009 年 11 月)。「タンデム質量分析法で生成された非常に大規模なプロテオミクスデータセットのタンパク質同定の誤検出率」。Mol Cell Proteomics。8 ( 11 ) : 2405–17。doi : 10.1074/ mcp.M900317 - MCP200。PMC 2773710。PMID 19608599。
- ^ ソフトウェア:SpectraST - SPCTools