毒素および毒素ターゲットデータベース

毒素および毒素ターゲットデータベース
コンテンツ
説明	毒素および毒素ターゲットデータベース
; キャプチャされたデータの種類	小分子毒、毒性化合物および毒素、化学構造、毒性化合物の説明、化学分類、毒素の標的および輸送体、標的タンパク質配列、作用機序、致死量、化学的性質、命名法、同義語、NMR スペクトル、MS スペクトル、遺伝子調節、濃度
接触
研究センター	アルバータ大学とメタボロミクスイノベーションセンター
研究室	デビッド・S・ウィシャート
主な引用	T3DB: 毒性エクスポソームデータベース。
発売日	2009
アクセス
Webサイト	http://www.t3db.ca
ダウンロードURL	http://www.t3db.ca/downloads
その他
データ公開; 頻度	3～4年ごとに定期的な修正と更新を実施
キュレーションポリシー	手動でキュレーション

毒素および毒素ターゲットデータベース（T3DB）^[1]^[2]は、毒性エクスポソームデータベースとしても知られ、人体に有毒な一般的な物質とそのタンパク質、DNA、または臓器のターゲットを無料でアクセスできるオンラインデータベースです。このデータベースには現在、約42,000の同義語で説明される約3,700の毒性化合物または毒物が収められています。このリストには、一般的な汚染物質、農薬、薬物、食品毒素、家庭および産業/職場の毒素、タバコ毒素、尿毒素など、さまざまな毒素グループが含まれています。これらの毒性物質は、 2,086の対応するタンパク質/ DNAターゲットレコードにリンクされています。合計で、42,433の毒性物質と毒素ターゲットの関連付けがあります。 T3DB の各毒性化合物レコード (ToxCard) には、約 100 のデータフィールドが含まれており、化学的特性と記述子、作用機序、毒性または致死量、分子および細胞相互作用、医学 (症状と治療) 情報 (図 1～3)、NMRおよびMSスペクトル、アップレギュレーションされた遺伝子とダウンレギュレーションされた遺伝子などの情報が保持されています。この情報は、他のデータベース、政府文書、書籍、科学文献など、18,000 を超えるソースから抽出されています。

T3DB の主な焦点は、毒性のメカニズムを提供し、一般的な毒性物質の標的タンパク質を特定することです。他の毒性化合物データベースは数多く存在しますが、それらの重点は、化学実験室以外ではほとんど見られない多数の化合物をカバーすることにあります。T3DB は、豊富に存在するか広く使用されており、人間で検出または測定された毒性物質のみのデータを取得しようとします。T3DB は完全に検索可能で、広範なテキスト、シーケンス、化学構造、リレーショナルクエリ、スペクトル検索をサポートしています。これは、 Human Metabolome Database ( HMDB ) とDrugBankをモデルにしており、密接にリンクされています。T3DB の潜在的な用途には、メタボロミクスと環境曝露研究、毒性化合物の代謝予測、毒素/薬物相互作用予測、一般的な毒性物質認識などがあります。

範囲とアクセス

T3DB のすべてのデータは非独占的であるか、非独占的ソースから取得されています。誰でも自由にアクセスして利用できます。さらに、ほぼすべてのデータ項目は完全に追跡可能であり、元のソースに明示的に参照されています。T3DB データは、パブリック Web インターフェイスおよびダウンロードを通じて利用できます。

参照

参考文献

^ アブ・ウィシャート、D ;アルントD;ポンA。サジェド・T;郭AC。ジャンブー Y;ノックスC;ウィルソンM;梁Y;グラント・J;劉Y;ゴルダンザズSA;ラパポートSM。 (2015 年 1 月)。「T3DB: 有毒エクスポソームデータベース」。核酸研究。43 (データベースの問題): D928-34。土井：10.1093/nar/gku1004。PMC 4383875。PMID 25378312。
^ Lim, E; Pon A; Djoumbou Y; Knox C; Shrivastava S; Guo AC; Neveu V; Wishart DS. (2010 年 1 月). 「T3DB: 一般的な毒素とその標的に関する包括的注釈付きデータベース」. Nucleic Acids Research . 38 (データベース号): D781-6. doi :10.1093/nar/gkp934. PMC 2808899. PMID 19897546 .

[pmid25378312-1] アブ・ウィシャート、D ;アルントD;ポンA。サジェド・T;郭AC。ジャンブー Y;ノックスC;ウィルソンM;梁Y;グラント・J;劉Y;ゴルダンザズSA;ラパポートSM。 (2015 年 1 月)。「T3DB: 有毒エクスポソームデータベース」。核酸研究。43 (データベースの問題): D928-34。土井：10.1093/nar/gku1004。PMC 4383875。PMID 25378312。

[pmid19897546-2] Lim, E; Pon A; Djoumbou Y; Knox C; Shrivastava S; Guo AC; Neveu V; Wishart DS. (2010 年 1 月). 「T3DB: 一般的な毒素とその標的に関する包括的注釈付きデータベース」. Nucleic Acids Research . 38 (データベース号): D781-6. doi :10.1093/nar/gkp934. PMC 2808899. PMID 19897546 .