足跡印刷アッセイ

トープリンティングアッセイはプライマー伸長阻害アッセイとも呼ばれ、^[1]分子生物学で用いられる手法で、メッセンジャーRNAとリボソームまたはRNA結合タンパク質との相互作用を調べることができます。^{[2]これは、より一般的に用いられる}DNAフットプリントアッセイとは異なります。トープリンティングアッセイは、翻訳開始複合体の形成を調べるために利用されてきました。^[3]

トープリントアッセイを行うには、目的のmRNA、リボソーム、DNAプライマー、遊離ヌクレオチド、逆転写酵素（RT）などの試薬が必要です。^{[4]このアッセイでは、RTが結合したリボソームによってブロックされるまで}cDNAを生成し、その結果をシーケンシングゲルで観察すると、トープリントと呼ばれる短い断片が生成されます。

参考文献

^ Hartz, D.; McPheeters, DS; Traut, R.; Gold, L. (1988-01-01). 「翻訳開始複合体の伸長阻害分析」.リボソーム. 酵素学の方法. 第 164 巻. pp. 419–425. doi :10.1016/s0076-6879(88)64058-4. ISBN 978-0-12-182065-7. ISSN 0076-6879. PMID 2468068.
^ Shirokikh, Nikolay E.; Alkalaeva, Elena Z.; Vassilenko, Konstantin S.; Afonina, Zhanna A.; Alekhina, Olga M.; Kisselev, Lev L.; Spirin, Alexander S. (2010-01-01). 「異なる翻訳段階でのリボソーム–mRNA複合体の定量分析」。Nucleic Acids Research . 38 (3): e15. doi :10.1093/nar/gkp1025. ISSN 0305-1048. PMC 2817456 . PMID 19910372.
^ Chang, JT; Green, CB; Wolf, RE (1995-11-01). 「リボソーム結合部位と内部相補配列を含む長距離二次構造の形成による Escherichia coli gnd mRNA の翻訳開始の阻害」Journal of Bacteriology . 177 (22): 6560–6567. doi :10.1128/jb.177.22.6560-6567.1995. ISSN 0021-9193. PMC 177509 . PMID 7592434.
^ Kozak, M (1998-11-01). 「真核生物リボソーム-mRNA複合体のプライマー伸長分析」. Nucleic Acids Research . 26 (21): 4853–4859. doi :10.1093/nar/26.21.4853. ISSN 0305-1048. PMC 147915. PMID 9776744 .

外部リンク

(A) プライマー伸長阻害（トープリント）アッセイの概略図

[1] Hartz, D.; McPheeters, DS; Traut, R.; Gold, L. (1988-01-01). 「翻訳開始複合体の伸長阻害分析」.リボソーム. 酵素学の方法. 第 164 巻. pp. 419–425. doi :10.1016/s0076-6879(88)64058-4. ISBN 978-0-12-182065-7. ISSN 0076-6879. PMID 2468068.

[2] Shirokikh, Nikolay E.; Alkalaeva, Elena Z.; Vassilenko, Konstantin S.; Afonina, Zhanna A.; Alekhina, Olga M.; Kisselev, Lev L.; Spirin, Alexander S. (2010-01-01). 「異なる翻訳段階でのリボソーム–mRNA複合体の定量分析」。Nucleic Acids Research . 38 (3): e15. doi :10.1093/nar/gkp1025. ISSN 0305-1048. PMC 2817456 . PMID 19910372.

[3] Chang, JT; Green, CB; Wolf, RE (1995-11-01). 「リボソーム結合部位と内部相補配列を含む長距離二次構造の形成による Escherichia coli gnd mRNA の翻訳開始の阻害」Journal of Bacteriology . 177 (22): 6560–6567. doi :10.1128/jb.177.22.6560-6567.1995. ISSN 0021-9193. PMC 177509 . PMID 7592434.

[4] Kozak, M (1998-11-01). 「真核生物リボソーム-mRNA複合体のプライマー伸長分析」. Nucleic Acids Research . 26 (21): 4853–4859. doi :10.1093/nar/26.21.4853. ISSN 0305-1048. PMC 147915. PMID 9776744 .