Loading article…
淡水に生息する珪藻類のいくつかの種の光学顕微鏡写真
珪藻は、異栄養生物と呼ばれる大きなグループに属し、これには、黄金藻やケルプなどの独立栄養生物と、水カビなどの従属栄養生物の両方が含まれます。異栄養生物の分類はまだ確定していません。異栄養生物は、門、門、界、またはそれらの中間に分類される可能性があります。その結果、珪藻は、通常珪藻綱または珪藻類と呼ばれる綱から、通常珪藻類と呼ばれる門（=門）までのいずれ、それに応じてサブグループのランクも変化します。
属と種
現存する珪藻類の種数は推定20,000種と考えられており、そのうち約12,000種がGuiry, 2012 [1]によると現在までに命名されている（他の情報源ではより広範囲の推定値が示されている[2] [3] [4] [5]）。現存種と化石種の両方で約1,000～1,300種の珪藻類の属が記載されており[6] [7] 、そのうち約250～300種が化石としてのみ存在している[8] 。
クラスと順序
概要
珪藻類は長年、綱 (Bacillariophyceae) または門 (Bacillariophyta) として扱われ、中心珪藻と羽状珪藻 ( CentralesとPennales。別名 Biddulphiales と Bacillariales、Lee (1989) などで使用されている) に対応する 2 つの目 (Order) に分けられていました。[9]この分類は 1990 年に Round、Crawford、Mann によって大幅に改訂され、珪藻類をより上位 (動物分類の門に相当) で扱い、主要な分類単位を綱に昇格させ、中心珪藻を単一の綱Coscinodiscophyceaeとして維持しながら、前者の羽状珪藻をFragilariophyceaeと Bacillariophyceae の 2 つの別々の綱に分割し (後者の古い名前は保持されたが定義が修正された)、それらの綱を合わせると 45 の目 (その大部分が新しい目) が含まれます。
現在（2020年半ば執筆）、Round et al. による1990年のシステムは、新しい分子研究の出現により改訂が必要であることが認識されていますが、それに代わる最良のシステムは不明であり、AlgaeBase、World Register of Marine Speciesとその貢献データベースであるDiatomBaseなどの現在広く使用されているシステム、およびRuggiero et al., 2015で提示された「すべての生命」のシステムはすべて、Round et al.の扱いを基礎として保持していますが、系統学的に隣接するグループとそれらを含む分類群の扱いとのより良い一致のために、珪藻類全体を部門/門ではなくクラスとして扱い、Round et al.のクラスをサブクラスに縮小しています。（参考文献については、以下の個々のセクションを参照してください）。
2004 年にLinda Medlinと同僚らが始めた提案の 1 つは、羽状珪藻類に近いと考えられる中心珪藻類の一部を新しい綱 Mediophyceae として分離することである。この綱自体は、残りの中心珪藻類よりも羽状珪藻類に近い。この仮説は、後に Coscinodiscophyceae-Mediophyceae-Bacillariophyceae、または Coscinodiscophyceae+(Mediophyceae+Bacillariophyceae) (CMB) 仮説と命名され、DG Mann らによって受け入れられ、Adl で提示された珪藻類の分類の基礎として使用されている。 Medlinらによる一連の統合（2005、2012、2019）およびArchibaldらが編集した2017年のHandbook of the ProtistsのBacillariophytaの章でも、Medlinらのオリジナルの「Coscinodiscophyceae」の明らかな非単系統性を反映していくつかの修正が加えられています。一方、EC Theriotが率いるグループは、構造段階仮説（SGH）と呼ばれる異なる系統発生仮説を支持しており、Mediophyceaeを単系統グループとは認めていません。一方、Parksら（2018）による別の分析では、放射中心珪藻（MedlinらのCoscinodiscophyceae）は単系統ではないことがわかりましたが、異常な属であるAttheyaを除いたMediophyceaeの単系統性を支持しています。これらの相反する制度の相対的なメリットについての議論は、関係する様々な当事者によって継続されている。[10] [11] [12] [13]
ラウンド他、1990
羽状珪藻類には、弁に縫線と呼ばれる縦溝があるものとないものがあるという事実に基づいて、[14]ラウンド、クロフォード、マンによる1990年の分類[3]では、珪藻類（珪藻類）を、中心綱（22目）、縫線のない羽状綱（12目）、縫線のある羽状綱（11目）の3つの綱に分け、次のように分類しています。[15]
.jpg/500px-Diatom_-_Isthmia_nervosa_-_400x_(16237138292).jpg)
Coscinodiscophyceae
神経性Isthmia nervosa
神経性Isthmia nervosa
Coscinodiscophyceae
Odontella aurita
Odontella aurita
タラシオシラ目
Stephanodiscus hantzschii
Stephanodiscus hantzschii
顕微鏡で見るフラジラリア
- 珪藻門
- クラスCoscinodiscophyceae円形および RMCrawford (中心珪藻)
- 亜綱 Biddulphiophycidae ラウンド & RMCrawford
- 亜綱 Chaetocerotophycidae ラウンド & RMCrawford
- ケートセロタレスラウンド & RMCrawford
- レプトシリンドラレス ラウンド & RMCrawford
- サブクラス Corethrophycidae ラウンド & RMCrawford
- コアレス・ラウンド＆RMCrawford
- 亜綱コスキノディスコフィシダ科ラウンド & RMCrawford
- サブクラス Cymatosirophycidae ラウンド & RMCrawford
- キマトシラレスラウンド & RMCrawford
- 亜綱リトデスミオフィシダ科ラウンド & RMCrawford
- リトデスミアレス ラウンド & RMCrawford
- 亜綱 Rhizosoleniophycidae ラウンド & RMCrawford
- リゾソレニアレス シルバ
- 亜綱 Thalassiosirophycidae ラウンド & RMCrawford
- タラシオシラレスグレーザー & マカロワ
- 亜綱 Fragilariophycidae 円形
- 珪藻綱Haeckel, 1878,改訂版。DGMann (縫線を持つ羽状珪藻)
メドリン＆カツマルスカ、2004
分子系統学に基づく珪藻類の代替分類法は、2004年にメドリンとカツマルスカによって次のように提案された。[16]メドリンと同僚らは、「極性中心珪藻」に対して新しいクラスであるメディオフィセア（珪藻類全体を門ではなくクラスとして分類する場合はサブクラスに再分類できる）を構築した。メドリンと同僚らは、極性中心珪藻は他の中心珪藻よりも羽状珪藻に近いと考えているが、この概念は一部の研究者（例えば、Adl et al.、2019、下記参照）によって踏襲またはさらに適応されてきたが、現時点ではすべての後続研究者が踏襲または適応したわけではない。
- 珪藻門
- コスチノディスコフィティナ亜門
- コスキノ円盤藻綱（「放射状中心藻類」）
- 珪藻亜門
ルッジェーロ他、2015
Ruggiero et al., 2015 [17]による「すべての生命」（目まで、現存する分類群のみ）の扱いでは、珪藻は次のように扱われている。この扱いは、2015年時点でのAlgaebaseで使用されている扱いをほぼ反映しており、DiatomBase、 DiatomBaseが属するWorld Register of Marine Species (WoRMS)、およびCatalogue of Lifeで現在（2020年半ば）使用されている扱いにも反映されている。この扱いは、すべての珪藻が単一のクラスとして扱われ、Round et al.のクラスがサブクラスに縮小され、後者の元のサブクラスが省略されていることを除いて、Round et al., 1990の扱いと同一である。
- 異形植物上門（異形植物門：食用藻類とその他の門）
- 珪藻門（珪藻類とその他の綱）
- 珪藻綱（珪藻類）
- 亜綱 バシラリオフィシダ科
- 亜綱コスキノディスコフィシダ科
- 亜綱 Fragilariophycidae
アドルら、2019
Adl et al. 2005および2012の以前のバージョンに続いて、[18] [19] DG Mannは、Adl et al. 2019で、[20]次のように最新の珪藻類の分類を提示し、「この改訂版は、過去10年間の珪藻類の系統発生における数多くの進歩を反映している。Mediophyceaeおよび羽状珪藻類以外の分類群のサンプリングが不十分であること、およびすべての珪藻類の既知および予想される多様性のため、多くのクレードが高い分類レベルに現れる（そしてより高いレベルの分類はかなり平坦である）。」と述べた。この分類では、珪藻類を門（Diatomae/Bacillariophyta）として扱い、MedlinらのMediophyceae綱を受け入れ、それまで孤立していた多くの属に新しい亜門および綱を導入し、以前に確立された多くの分類群を亜綱として再ランク付けしているが、目や科は列挙していない。わかりやすくするために、推定ランクが追加されています (Adl らはランクを使用していませんが、分類のこの部分で意図されているランクは、採用されている植物命名法のシステム内で、使用されている語尾の選択から明らかです)。
- クレードディアトミスタデレル他 2016、修正。キャバリエ・スミス 2017 (珪藻類とその他のオクロ藻類グループのサブセット)
- 珪藻門 Dumortier 1821 [=珪藻類Haeckel 1878] (珪藻)
- Adlらのレプトシリンドロフィティナ亜門DG Mann。 2019年
- レプトシリンドロ藻類 DG Mann (Adl et al.) 2019 (レプトシリンドルス、テヌイシリンドルス)
- クラス Corethrophyceae DG Mann in Adl et al. 2019 ( Corethron )
- Adl らの Ellerbeckiophytina DG Mann 亜門2019 (エラーベッキア)
- 亜門 Probosciophytina DG Mann in Adl et al. 2019 ( Proboscia )
- Adlらのメロシロフィティナ亜門DG Mann。 2019 (アウラコセイラ、メロシラ、ヒアロディスカス、ステファノピクシス、パラリア、エンディクティア)
- Coscinodiscophytina 亜門 Medlin & Kaczmarska 2004、修正。 (アクチノプティコス、コスキノディスカス、アクティノサイクルス、アステロンファルス、アウラコディスカス、ステラリマ)
- Adl et al. の Rhizosoleniophytina 亜門 DG Mann 2019 (ギナルジア、リゾソレニア、シュードソレニア)
- 亜門 Arachnoidiscophytina DG Mann in Adl et al. 2019 ( Arachnoidiscus )
- 亜門 Bacillariophytina Medlin & Kaczmarska 2004、改訂。
- Mediophyceae 綱 Jouse および Proshkina-Lavrenko (Medlin および Kaczmarska 2004)
- サブクラス Chaetocerotophycidae Round & RM Crawford in Round et al. 1990、修正。
- サブクラス Lithodesmiophycidae Round & RM Crawford in Round et al. 1990年、終了。
- サブクラス Thalassiosirophycidae Round & RM Crawford in Round et al. 1990
- サブクラス Cymatosirophycidae Round & RM Crawford in Round et al. 1990
- 亜綱 Odontellophycidae DG Mann in Adl et al. 2019
- 亜綱 Chrysanthemodiscophycidae DG Mann in Adl et al. 2019
- AdlらのBiddulphiophyceae綱DG Mann。 2019年
- RoundらのサブクラスBiddulphiophycidae RoundおよびRM Crawford 1990年、終了。
- Biddulphiophyceae incertae sedis ( Attheya )
- 桿菌藻綱Haeckel 1878、修正。
- Bacillariophyceae incertae sedis (線条体科)
- 亜綱ウルネイドフィシダ科 Medlin 2016
- 亜綱 Fragilariophycidae Round in Round、Crawford & Mann 1990、修正。
- サブクラス Bacillariophycidae DG Mann in Round、Crawford & Mann 1990、修正。
その他
分類に対する別の体系的なアプローチは、1995年にフック、マン、ヤーンのシステムとして提案されました。[21] Adl et al., 2019の分類の以前のバージョンは、Adl et al. 2005とAdl et al. 2012に掲載されています。[18] [19]また、Archibald et al.が編集した2017年の原生生物ハンドブックのMann、Crawford、Roundによる「Bacillariophyta」の章にも掲載されており、[22]後に正式な分類群として命名されたいくつかのグループは、非公式の名前（レプトシリンダリッド、コアトリッド、メロシリッドなど）でリストされています。
参考文献
- ^ Guiry, MD (2012). 「藻類にはいくつの種があるか？」Journal of Phycology . 48 (5): 1057– 1063. doi :10.1111/j.1529-8817.2012.01222.x. PMID 27011267. S2CID 30911529.
- ^ グレーテ・R・ハスレ;エリック・E・シベルセン。カレン・A・シュタイディンガー。カール・タンゲン（1996年1月25日）。 「海の珪藻」。カーメロ・R・トーマス編（編）。海洋珪藻と渦鞭毛藻の識別。学術出版局。ページ 5–385。ISBN 978-0-08-053441-1. 2013年11月13日閲覧。
- ^ フランク・エリック・ラウンド、RM・クロフォード、DG・マン（1990年）。珪藻類：属の生物学と形態学。ケンブリッジ大学出版局。ISBN 978-0-521-36318-1. 2013年11月13日閲覧。[ページが必要]
- ^ Canter-Lund, H. および Lund, JWG (1995).淡水藻類: その微細な世界の説明、Biopress Limited. ISBN 0-948737-25-5 . [ページが必要]
- ^ Mann, David G. (2005). 「珪藻類における種の概念: 4 つの表皮性種における形態的に異なる同所性ガモデムの証拠」. Plant Systematics and Evolution . 164 (1/4): 215– 37. doi :10.1007/BF00940439. JSTOR 23675282. S2CID 37684109.
- ^ Fourtanier, Elisabeth; Kociolek, J. Patrick (1999). 「珪藻類のカタログ」.珪藻類研究. 14 (1): 1– 190. doi :10.1080/0269249X.1999.9705462.
- ^ 世界海洋生物種登録簿には、 2020年7月現在、あらゆる生息地の珪藻類の属名が1,356種リストされており、そのうち1,248種が「承認」されている。
- ^ 2020年7月の世界海洋生物登録簿へのクエリでは、299の「化石のみ」の属名が返され、そのうち285が「承認」されています。
- ^ リー、ロバート・エドワード (1989)。藻類学、第 2 版。ケンブリッジ: ケンブリッジ大学出版局。p. 645。ISBN 0521365023。
- ^ Theriot, Edward C.; Cannone, Jamie J.; Gutell, Robin R.; Alverson, Andrew J. (2009). 「珪藻類の系統発生を解明するための核コード化SSU rDNAの限界」. European Journal of Phycology . 4 (3): 277– 290. doi :10.5091/plecevo.2010.418. PMC 2835975. PMID 20224747 .
- ^ Theriot, Edward C.; Ashworth, Matt; Ruck, Elizabeth; Nakov, Teofil; Jansen, Robert K. (2010). 「珪藻類（珪藻類）の予備的多遺伝子系統学：将来の研究への課題」. Plant Ecology and Evolution . 143 (3): 277– 290. doi : 10.1080/09670260902749159 . PMC 2835975. PMID 20224747 .
- ^ Parks, Matthew B.; Wickett , Norman J.; Alverson, Andrew J. (2018). 「多様な系統の真核微生物（珪藻類、珪藻類）の系統ゲノムデータにおけるシグナル、不確実性、および矛盾」。分子生物学と進化。35 （1）：80–93。doi： 10.1093 / molbev / msx268。PMC 5850769。PMID 29040712。
- ^ Medlin, LK; Desdevises, Y. (2020). 「分子ツールを用いた珪藻類の系統学的再構築のレビュー、および複数のアウトグループと形態学的データを用いた7つの遺伝子データセットの分析による総合的証拠アプローチ」(PDF) 。Phycologia。印刷中。
- ^ OED第2版2005年
- ^ 「Bacillariophyceae」. algaebase . MD Guiry . 2013年11月11日閲覧。
- ^ Medlin, Linda K.; Kaczmarska, Irena (2004). 「珪藻類の進化: V. 主要系統群の形態学的および細胞学的裏付けと分類上の改訂」(PDF) . Phycologia . 43 (3): 245– 270. doi :10.2216/i0031-8884-43-3-245.1. S2CID 83631828.
- ^ Ruggiero; et al. (2015)、「すべての生物の高レベル分類」、PLOS ONE、10 (4): e0119248、Bibcode :2015PLoSO..1019248R、doi : 10.1371/journal.pone.0119248、PMC 4418965、PMID 25923521
- ^ ab Adl SM、Simpson AG、Farmer MA、Andersen RA、Anderson OR、Barta JR、Bowser SS、Brugerolle G、Fensome RA、Fredericq S、James TY、Karpov S、Kugrens P、Krug J、Lane CE、Lewis LA、Lodge J、Lynn DH、Mann DG、McCourt RM、Mendoza L、Moestrup O、Mozley-Standridge SE、Nerad TA、Shearer CA、Smirnov AV、Spiegel FW、Taylor MF (2005)。「原生生物の分類学に重点を置いた真核生物の新しい高レベル分類」。真核微生物学ジャーナル。52 (5): 399– 451. doi : 10.1111/j.1550-7408.2005.00053.x . PMID 16248873.
- ^ ab Adl SM、Simpson AG、Lane CE、Lukeš J、Bass D、Bowser SS、Brown MW、Burki F、Dunthorn M、Hampl V、Heiss A、Hoppenrath M、Lara E、Le Gall L、Lynn DH、McManus H、Mitchell EA、Mozley-Stanridge SE、Parfrey LW、Pawlowski J、Rueckert S、Shadwick L、Shadwick L、Schoch CL、Smirnov A、Spiegel FW (2012 年 9 月)。「真核生物の改訂分類」。真核微生物学ジャーナル。59 (5): 429– 493。doi :10.1111/ j.1550-7408.2012.00644.x。PMC 3483872。PMID 23020233。
- ^ Adl, Sina M.; Bass, David; Lane, Christopher E.; Lukeš, Julius; Schoch, Conrad L.; Smirnov, Alexey; Agatha, Sabine; Berney, Cedric; Brown, Matthew W. (2018-09-26). 「真核生物の分類、命名法、多様性の改訂」. Journal of Eukaryotic Microbiology . 66 (1): 4– 119. doi :10.1111/jeu.12691. PMC 6492006 . PMID 30257078.
- ^ クリスチャン・ヴァン・デン・フック; D.G.マン; HM ヤーンス (1995)。藻類: 生理学の入門。ケンブリッジ大学出版局。ISBN 978-0-521-31687-3. 2013年11月13日閲覧。[ページが必要]
- ^ Mann, David G.; Crawford, Richard M.; Round, Frank E. (2017). 「Bacillariophyta」（PDF）。Archibald, John M.; Simpson, Alastair GB; Slamovits, Claudio H.（編）『原生生物ハンドブック』。Springer International Publishing。pp. 1– 62。doi :10.1007 / 978-3-319-32669-6_29-1。ISBN 9783319281476。