デューンのサンドワーム

『デューン砂漠の砂虫』の物語が始まると、宇宙船イサカ号の乗客たちは、ベネ・ゲセリットの新たな故郷を探し求めて20年近くにわたる旅を続けている。一方、ダンカン・アイダホは、ダニエルとマーティという老夫婦（後に思考機械のリーダー、オムニウスとエラスムスであることが判明）のタキオン網をかわしている。イサカ号の乗組員の中には、ポール・アトレイデス、ジェシカ夫人、その他多くの人々の若いゴーラ（幻影）もいる。

旧帝国では、新シスターフッドのマザーコマンダー・マーベラが、思考機械に対する最後の抵抗のために人類を結集させようと試みていた。新たなフェイスダンサーたちは、旧帝国の主要組織にあらゆるレベルで潜入を続けており、ポール・アトレイデス（パオロと呼ばれる）とウラジミール・ハルコンネン男爵のゴーラを思考機械の首都シンクロニーに送り込んでいた。

フェイスダンサーの潜入者の指示により、宇宙ギルドはナビゲーターをイクシアンの航行装置に置き換え、ナビゲーターへのメランジの供給を断ち始めた。ナビゲーターのエドリックとその派閥は、ギルドがバンダロングへのベネ・ゲセリットの攻撃から救出した、不完全に覚醒したゴーラであるワフに、彼らが切実に必要とするメランジを生成できる「高度な」サンドワームを作るよう依頼した。ワフはサンドトラウト段階のDNAを改変し、ワームの水生形態を作り出すことでこれを実現し、それをバゼルの海に放った。新しい環境に適応したこれらの「海ワーム」は急速に繁殖し、「ウルトラスパイス」と呼ばれる高濃度のスパイスを生成する。

一方、マーベラはギルドに発注した戦艦艦隊で使用するため、惑星破壊兵器「名誉母なる抹殺者」の複製をイクスに依頼する。しかし、イクスは現在、フェイスダンサーのリーダー、クローネに密かに操られており、以前はオムニウスの手下として活動していたが、フェイスダンサーによる宇宙支配という独自の計画を遂行し続けている。

オムニウスの軍勢は次々と惑星を攻撃し始め、極めて致死性の高いウイルスをばらまき、さらに他の居住可能な惑星へと進軍していく。思考機械の疫病はチャプターハウスに到達し、シスターフッドを壊滅させるが、わずかに生き残った者たちは人類を団結させ、最後の大決戦に挑む。

イサカ号では、シーアナがゴーラ計画を再開する。セレナ・バトラー、ガーニー・ハレック、ザビエル・ハルコンネンのゴーラが誕生しようとしていた時、アホロートルタンクが毒を盛られ、3人のゴーラの赤ちゃんとタンクが全滅する。船の多くのシステムも故障していたため、破壊工作員の仕業が疑われる。最後のトレイラクス・マスターであるサイタレは、ついに自身のゴーラの過去の記憶を呼び覚ますが、それは若い頃の自分の前で死ぬことによってのみ可能となる。

ウェリントン・ユエ、スティルガー、リエト＝カインズのゴーラは、様々なトラウマ体験を通して記憶を取り戻す。物資の補充に必死なイサカ号は、惑星ケルソに着陸する。ケルソは、数年前にベネ・ゲセリットによって導入されたサンドワームによって、ゆっくりと砂漠の惑星へとテラフォーミングされつつあった。スティルガーとリエト＝カインズは、懐疑的な原住民が迫りくる砂漠化を遅らせ、避けられない事態に備えるのを助けるため、現地に残ることを決意する。

サンドワームの新たな化身を作り出す試みを成功させたワフは、残されたわずかな時間をサンドワームの再導入に費やせるよう、荒廃した惑星ラキスへ戻してほしいとエドリックに懇願する。しかし失敗に終わり、ワフは諦めて死を覚悟する。彼の最後のサンドワーム標本が死に絶えると、地表の下から多くのサンドワームが噴出する。ワフは、それぞれのサンドワームが持つレト2世の意識の真珠が、ラキスへの名誉ある母の攻撃を予見し、サンドワームを惑星の地表深くに潜らせていたことに気づく。惑星が自らを癒し始めたことを知ったワフは、預言者がついに戻ってきたことを喜びながら、サンドワームに飲み込まれる。一方、エドリックとウルトラスパイスはクローネに阻まれ、スパイスは奪われ、航海士は殺される。

破壊工作員は最終的に、ハンターズ・オブ・デューンの出来事の際にハンドラーの惑星で殺害され、フェイスダンサーと入れ替わっていたラビとトゥフィル・ハワットのゴーラであることが明らかになる。続く混乱の中で、ラビのゴーラ（ピーター・デ・フリースだと思い込ませてユエを騙し、レトIゴーラの胎児を殺させた）は、小さなアリアのゴーラに殺される前に、イサカをタキオンネットに捕らえる。マイルズ・テグは船の捕獲を阻止しようとして命を犠牲にするが失敗に終わる。イサカはシンクロニーに運ばれる。彼らはウラジミール・ハルコンネンのゴーラが率いる一団と出会う。到着したアリアを見ると、彼はすぐに彼女を殺す。オリジナルのアリアは5000年前に彼のオリジナルの自分を殺していたのだ。その後、ポール、ジェシカ夫人、チャニ、ユエのベネ・ゲセリットのゴーラは、オムニウスとエラスムスに会うために連れて行かれる。

オムニウスは、人類の支配を完遂するためには、2人のポール・ゴーラのうち、より優れたクウィサッツ・ハデラッハが必要だと説明する。パオロとポールは決闘を強いられ、その最中にポールは致命傷を負ったように見える。勝利した残忍なパオロはウルトラスパイスを摂取し、完全な予知能力が急速に発現したことに圧倒され、昏睡状態に陥る。ポールは、ユエ、チャニ、ジェシカの説得と努力により、徐々に過去の記憶を取り戻し、ベネ・ゲセリットの生理的制御を用いて身体の損傷を修復する。パオロを助けるという名目で、ユエは復讐として、かつての姿でユエの妻ワンナを拷問し殺害したウラジミール・ハルコンネンを殺害する。

その間、マーベラは全ての新造艦を配置し、迫り来るオムニウスの大艦隊に向けて艦隊を発進させる。しかし、オブリテレーターとイクシアン航行装置が全て突然故障する。マーベラはそれらが妨害されたことに気づく。思考機械軍による敗北が目前に迫った時、時の神託者ノーマ・センヴァがギルド航海士が操縦する千隻の艦隊と共に現れ、機械軍を攻撃し、艦隊を粉々に打ち砕く。そして神託者はマーベラに、オムニウスを完全に阻止するためにシンクロニーへ向かうと告げる。彼女が空間を折り曲げると、ポールとパオロが決闘していた部屋に神託者の視覚的な顕現が現れる。そして神託者はオムニウスのあらゆる側面を消し去り、エバーマインドを永遠に別の次元へと転送する。

シーアナと若いレト2世ゴーラは、イサカの貨物室からサンドワームを解き放ち、ワームはシンクロニー全土で大混乱を引き起こす。レト2世は記憶を取り戻し、戦いが終わると、シーアナに夢の世界に戻らなければならないと告げる。レトは最大のワーム、モナークの腹の中に入り込み、7匹のワームは絡み合って1匹の巨大なスーパーワームとなり、地面深く潜り込んでいく。

シーアナと共にシンクロニーの外にいる思考機械と戦ったばかりのダンカンは、記憶を取り戻した回復中のポールがいる部屋に入る。ポールは、ダンカンが最後のクウィサッツ・ハデラッハであり、何千年にもわたるゴーラの再生と改変されたDNAを通して進化し、完成された存在であることを明かす。独立心旺盛なロボット、エラスムスは、シンクロナイズド・ワールドの再建の黒幕はオムニウスではなく自分だったと説明する。

反乱を起こしたクローネは、人間も機械も無力化された今、宇宙は自分のフェイスダンサーたちのものだと宣言する。クローネの権力掌握の試みに面白がったエラスムスは、フェイスダンサーにはフェイルセーフシステムが組み込まれていたと説明する。エラスムスは、精神スイッチを切り替えるだけで、クローネとその一味、そして宇宙中の強化されたフェイスダンサーたちを全て殺害する。これほど多くのフェイスダンサーが瞬時に死んだことで、彼らが人間社会にどれほど深く浸透していたかが明らかになる。

エラスムスはダンカンに選択肢を与える。予言された大戦、クラリゼクで人間は打ちのめされ、思考機械は敗北した。ダンカンはどちらか一方に破壊をもたらすか、両方に回復と癒しをもたらすかを選ぶことができる。勝利よりも平和を選んだダンカンは、エラスムスと精神を融合させる。エラスムスは、同期世界を動かすために必要なすべてのコードと、自身のすべての知識をダンカンに授ける。こうしてダンカンは、人間と機械の架け橋となる。

自分に残されたものがほとんどなくなったエラスムスは、人間であることの意味を可能な限りすべて学びたいという願望を再び表明し、ダンカンに死の手助けを頼む。ダンカンがマーティの姿になったエラスムスを停止させる際、彼はロボットに自分が経験した多くの死について語る。ダンカンの心の中には、エラスムスの別バージョンが生き続けている。

旧帝国では、マーベラの軍勢がオムニウスの第二波攻撃の準備を進めていたが、突然機械が停止した。オラクルがオムニウスを制圧したことで、ナビゲーターがマーベラをシンクロニーへと連れて行く。マーベラとダンカンは再会し、ダンカンは娘の最高位バシャール・ジャネス・アイダホと対面する。彼は人間と思考する機械の間の隔たりをなくし、両者が共存するという自身の意図を説明する。ダンカンはシンクロニーをシーアナの正統派修道女会に譲り、自身はマーベラと共にチャプターハウスに戻り、新たな人間と機械の共存生活様式を導くために奔走する。

ケルソでは、スティルガーとリエト＝カインズのゴーラたちが拡大する砂漠を食い止める手助けを続けながら、同時に惑星の住人たちに避けられない変化への適応方法を教えている。ダンカンと彼の娘ジャネスの指揮の下、思考機械の輸送隊が惑星に着陸する。ダンカンはゴーラたちに、砂漠の拡大を食い止めるために機械の力を借りることを申し出る。彼はスティルガーとカインズに、自分が人間と機械の両方になったように、ケルソも砂漠と森の両方になるだろうと告げる。

カラダンでは、ジェシカ夫人とユエのゴーラが古代アトレイデス城に戻ってきた。男爵の居城の痕跡をすべて消し去った二人​​は、今後の生活について話し合っている。二人に付き添っているのは、まだ目覚めていない10歳のレト1世のゴーラだ。記憶が回復する日を待ち望むジェシカ夫人は、公爵と再会できるという事実に慰めを見出す。

トレイラクスのマスター、サイタレの助けを借りて、シーアナとシンクロニーの正統派姉妹団は古代のベネ・ゲセリットの繁殖計画を再開し、二度とクウィサッツ・ハデラッハを繁殖させないことを決意した。シーアナの傍らには、バトラー聖戦のヒロイン、セレナ・バトラーの若いゴーラがいる。サイタレはトレイラクスのマスターたちのゴーラと共に、新たに発見された細胞からトレイラクスの女性を育て、二度とアホロートルの戦車になることを強いられないように誓い、これにより名誉ある母たちのような復讐心に燃える敵が二度と生まれないようにし、またマスターたちが回復しつつあるトレイラクスの人々を堕落させることを二度と許さないと誓った。

復興途上の惑星デューンでは、目覚めたポールと妊娠中のチャニのゴーラたちが、惑星をかつての栄光へと取り戻そうと奮闘する。ポールがチャニに全神経を集中できるようになったことで、チャニは彼がようやく妻の扱い方を学んだと述べる。ポールはチャニへの愛を改めて誓い、5000年以上も彼女を愛してきたと告げる。