StarBase (生物学データベース)

スターベース
コンテンツ
説明	Argonaute CLIP-Seq および Degradome-Seq データからのmicroRNA - mRNA相互作用マップ。
接触
研究センター	中山大学
研究室	文部省遺伝子工学重点研究室
著者	ヤン・ジアンホア
主な引用	ヤンら（2011）
発売日	2010
アクセス
Webサイト	スターベース

StarBase ^[2]は、CLIP-Seq (HITS-CLIP、PAR-CLIP、iCLIP、CLASH) およびデグラドームシーケンスデータ[1 ]からmiRNA - mRNA、miRNA-lncRNA、^[3 ^]miRNA -sncRNA 、miRNA-circRNA、[3] miRNA-疑似遺伝子、タンパク質-lncRNA、^[ 4 ]タンパク質-ncRNA ^、タンパク質-mRNA相互作用、および ceRNA ネットワーク[ ^5]をデコードするためのデータベースです。^{[6] StarBase は、miRNA および ceRNA}^[7]調節ネットワークからncRNA (miRNA、lncRNA、疑似遺伝子) およびタンパク質コード遺伝子の機能を予測するための miRFunction および ceRNAFunction Web ツールを提供します。 StarBase はまた、The Cancer Genome Atlas (TCGA ) データポータルから 14 種類の癌 (6,000 を超えるサンプルを含む) の臨床プロファイルと発現プロファイルをマイニングして、lncRNA、miRNA、ceRNA、および RNA 結合タンパク質 (RBP) の Pan-Cancer Analysis Networks を解読するための Pan-Cancer Analysis Platform も開発しました。

参照

参考文献

^ ab Yang, Jian-Hua; Li Jun-Hao; Shao Peng; Zhou Hui; Chen Yue-Qin; Qu Liang-Hu (2011 年 1 月)。「starBase: Argonaute CLIP-Seq および Degradome-Seq データから microRNA-mRNA 相互作用マップを探索するためのデータベース」。Nucleic Acids Res . 39 (データベース号)。イギリス: D202-9。doi :10.1093/nar/gkq1056。PMC 3013664。PMID 21037263。
^ 「starBase または ENCORI: RNA インタラクトームの百科事典の解読」rnasysu.com。
^ ab "LncRNABase miRNA-lncRNA 相互作用: miRNA-lncRNA 相互作用マップのデコード". starbase.sysu.edu.cn . 2013-09-22 にオリジナルからアーカイブ。
^ 「RBP-LncRNA相互作用、starBase：RNA-LncRNA相互作用マップのデコード」。starbase.sysu.edu.cn 。 2013年9月22日時点のオリジナルよりアーカイブ。
^ 「CeRNABase starBase: CLIP-Seq (PAR-CLIP、HITS-CLIP、iCLIP、CLASH) データからの ceRNA 調節ネットワークのデコード。競合する内因性 RNA (CeRNA)」。2013 年 9 月 22 日のオリジナルからアーカイブ。2013年 12 月 8 日に取得。
^ Li, JH; Liu, S; Zhou, H; Qu, LH; Yang, JH (2013 年 12 月 1 日). 「starBase v2.0: 大規模 CLIP-Seq データからの miRNA-ceRNA、miRNA-ncRNA、およびタンパク質-RNA 相互作用ネットワークのデコード」. Nucleic Acids Research . 42 (1): D92-7. doi :10.1093/nar/gkt1248. PMC 3964941. PMID 24297251 .
^ 「Pan-Cancer ceRNA Regulatory Network。StarBase: CLIP-Seq(PAR-CLIP、HITS-CLIP、iCLIP、CLASH)データからのmiRNA-target、miRNA-ceRNA、タンパク質-RNA相互作用マップのデコード」。starbase.sysu.edu.cn 。 2014年3月15日時点のオリジナルよりアーカイブ。2022年1月13日閲覧。

外部リンク

「starBase へようこそ」。2011 年 2 月 22 日にオリジナルからアーカイブされました。

[pmid21037263-1] Yang, Jian-Hua; Li Jun-Hao; Shao Peng; Zhou Hui; Chen Yue-Qin; Qu Liang-Hu (2011 年 1 月)。「starBase: Argonaute CLIP-Seq および Degradome-Seq データから microRNA-mRNA 相互作用マップを探索するためのデータベース」。Nucleic Acids Res . 39 (データベース号)。イギリス: D202-9。doi :10.1093/nar/gkq1056。PMC 3013664。PMID 21037263。

[2] 「starBase または ENCORI: RNA インタラクトームの百科事典の解読」rnasysu.com。

[starbase.sysu.edu.cn-3] "LncRNABase miRNA-lncRNA 相互作用: miRNA-lncRNA 相互作用マップのデコード". starbase.sysu.edu.cn . 2013-09-22 にオリジナルからアーカイブ。

[4] 「RBP-LncRNA相互作用、starBase：RNA-LncRNA相互作用マップのデコード」。starbase.sysu.edu.cn 。 2013年9月22日時点のオリジナルよりアーカイブ。

[5] 「CeRNABase starBase: CLIP-Seq (PAR-CLIP、HITS-CLIP、iCLIP、CLASH) データからの ceRNA 調節ネットワークのデコード。競合する内因性 RNA (CeRNA)」。2013 年 9 月 22 日のオリジナルからアーカイブ。2013年 12 月 8 日に取得。

[6] Li, JH; Liu, S; Zhou, H; Qu, LH; Yang, JH (2013 年 12 月 1 日). 「starBase v2.0: 大規模 CLIP-Seq データからの miRNA-ceRNA、miRNA-ncRNA、およびタンパク質-RNA 相互作用ネットワークのデコード」. Nucleic Acids Research . 42 (1): D92-7. doi :10.1093/nar/gkt1248. PMC 3964941. PMID 24297251 .

[7] 「Pan-Cancer ceRNA Regulatory Network。StarBase: CLIP-Seq(PAR-CLIP、HITS-CLIP、iCLIP、CLASH)データからのmiRNA-target、miRNA-ceRNA、タンパク質-RNA相互作用マップのデコード」。starbase.sysu.edu.cn 。 2014年3月15日時点のオリジナルよりアーカイブ。2022年1月13日閲覧。