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シャトルベクターとは、2つの異なる宿主種で増殖できるように構築されたベクター（通常はプラスミド）です。 [ 1 ]したがって、シャトルベクターに挿入されたDNAは、2つの異なる細胞タイプでテストまたは操作できます。これらのベクターの主な利点は、大腸菌で操作した後、使用がより困難または遅いシステム（たとえば酵母）で使用できることです。
シャトルベクターには、真核生物と原核生物（例えば、サッカロミセス・セレビシエと大腸菌の両方）の両方で増殖できるプラスミド、あるいは異なる種類の細菌（例えば、大腸菌とロドコッカス・エリスロポリスの両方）で増殖できるプラスミドが含まれる。また、大腸菌と哺乳類の両方で増殖できるアデノウイルスシャトルベクターも存在する。
シャトルベクターは、大腸菌内で遺伝子を迅速に複数コピーする（増幅する）ためによく用いられます。また、試験管内実験や遺伝子改変（例えば、突然変異誘発、PCR ）にも使用できます。
最も一般的なシャトルベクターの1つは、酵母シャトルベクターです。[ 2 ]一般的に使用されているS. cerevisiaeベクターのほぼすべてがシャトルベクターです。酵母シャトルベクターは、大腸菌 細胞と酵母細胞の両方で複製と選択を可能にするコンポーネントを備えています。酵母シャトルベクターの大腸菌コンポーネントには、複製起点と選択マーカー（抗生物質耐性、β-ラクタマーゼ、β-ガラクトシダーゼなど）が含まれます。酵母シャトルベクターの酵母コンポーネントには、自律複製配列（ARS）、酵母セントロメア（CEN）、および酵母選択マーカー（例えば、ウラシル合成酵素をコードする遺伝子URA3、Lodishら、2007）が含まれます。
シャトルベクターは原核生物系と真核生物系の両方で広く使用されているため、再現性と標準化された研究手法を促進するために、BCCM/GeneCornerやAddgeneなどの公的生物資源センターや非営利のプラスミドリポジトリによって、代表的で特性がよく解明された例が維持されている。