酵母ゲノムには、自律複製配列(ARSまたはars [ 1 ] )に複製起点が含まれている。S . cerevisiaeのARSは最小125 bpで、プラスミドの安定性への影響の順に4つの領域(A、B1、B2、B3)から構成されている。Aドメインは高度に保存されており、いかなる変異も複製起点の機能を消失させる。B1、B2、B3の変異は複製起点の機能を低下させるが、完全には機能させないわけではない。
要素Aは高度に保存されており、以下のコンセンサス配列から構成される。
5'- T/ATTTAYRTTTT/A -3'
(Yはピリミジン、Rはプリンのいずれかである)。この要素が変異すると、ARSはすべての活性を失う。
上記のように、ARSはAT塩基が非常に豊富であるため、複製タンパク質がその領域の水素結合を容易に破壊することができます。ORCタンパク質複合体(複製起点認識複合体)は細胞周期を通してARSに結合しており、複製タンパク質がARSにアクセスできるようにしています。
酵母ARSエレメントの変異解析により、B1、B2、B3領域における変異はいずれもARSエレメントの機能低下をもたらすことが明らかになった。A領域における変異は、機能の完全な喪失をもたらす。
DNAの融解は、ARS結合因子1がB3に結合することによって誘発されるドメインB2内で起こる。A1およびB1ドメインは、複製起点認識複合体と結合する。
これらの配列を特定するために、[ 2 ]ヒスチジンを合成できない酵母変異株に、 His遺伝子と酵母ゲノムのランダムな断片を含むプラスミドを形質転換した。ゲノム断片に複製起点が含まれている場合、細胞はヒスチジンを含まない培地で増殖することができた。これらの配列は、宿主染色体に組み込まれることなく複製され、子孫に受け継がれるため、自律複製配列と呼ばれた。