リボソーム遺伝子間スペーサー解析

リボソームRNA（rRNA）インタージェニックスペーサー解析（RISA）は、培養依存的アプローチによるバイアスなしに、異なる環境や処理の影響を比較する手段を提供する微生物群集解析法である。 ^[1] RISAでは、rRNA遺伝子オペロンの小サブユニット（16S）と大サブユニット（23S ）の間の領域（インタージェニックスペーサー領域ISRと呼ばれる）をPCR増幅する。^[2]

16S および 23S 遺伝子の保存領域をターゲットとするオリゴヌクレオチドプライマーを使用することで、環境サンプル中の優勢な細菌のほとんどから RISA フラグメントを生成できます。rRNA オペロンの大部分は構造機能を果たしますが、16S-23S 遺伝子間領域の一部は細菌種に応じてtRNA をエンコードできます。しかし、ISR の分類学的価値は、長さとヌクレオチド配列の両方の大きな異質性にあります。RISA では、ISR の長さの異質性を利用しようとします。ISR の長さは 150 ～ 1500 bp の範囲であることが示されており、ISR の長さの大部分は 150 ～ 500 bp です。^[3]

得られた PCR 産物は、いくつかの主要なコミュニティ メンバーによって提供された断片の混合物になります。この産物はポリアクリルアミド ゲルで電気泳動され、染色後に DNA が視覚化されます。その結果、コミュニティ固有のプロファイルを提供する複雑なバンド パターンが得られ、各 DNA バンドは元の集合体の細菌集団に対応します。