比較毒性ゲノミクスデータベース（CTD ）は、化学物質／薬剤、遺伝子／タンパク質、疾患、分類群、表現型、GOアノテーション、経路、相互作用モジュール間の関係を記述した科学データを集約した、2004年11月に開設された公開ウェブサイトおよび研究ツールです。このデータベースは、ノースカロライナ州立大学生物科学部によって管理されています。
背景
比較毒性ゲノミクスデータベース（CTD）は、化学物質、遺伝子/タンパク質、疾患、分類群、表現型、GOアノテーション、経路、相互作用モジュール間の関係を記述する科学データをキュレーションする公開ウェブサイトおよび研究ツールであり、2004年11月12日に公開されました。[ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] このデータベースは、ノースカロライナ州立大学生物科学部によって維持されています。
目標と目的
CTDの主要な目標の一つは、環境化学物質が人間の健康に及ぼす影響を遺伝子レベルで理解することであり、これは毒性ゲノミクスと呼ばれる分野である。
多くの慢性疾患の病因には、環境要因と重要な生理学的プロセスを調節する遺伝子との相互作用が関係しています。化学物質は環境の重要な構成要素です。喘息、癌、糖尿病、高血圧、免疫不全、パーキンソン病などの疾患は環境の影響を受けることが知られていますが、これらの相関関係の根底にある分子メカニズムは十分に理解されていません。CTDはこれらのメカニズムの解明に役立つ可能性があります。CTDに関する査読済みの科学論文の最新かつ包括的なリストは、出版物ページ[ 5 ]で入手できます。
データ統合
上記4つのデータセットを統合することで、CTDは化学物質・遺伝子・表現型・疾患のネットワークを自動的に構築し、環境要因によって引き起こされる疾患の根底にある分子メカニズムを解明する。
これらの推論された関係性は統計的にスコア化され、順位付けされるため、科学者や計算生物学者は、毒性ゲノムメカニズムとそれが人間の健康にどのように関連しているかについての検証可能な仮説を生成および検証するために利用できる。
ユーザーはCTDを検索することで、化学物質、遺伝子、疾患、またはこれら3つの概念間の相互作用に関する科学データを調べることができます。現在、CTDは脊椎動物と無脊椎動物の毒性ゲノムデータを統合しています。
CTDは、以下のデータベースからデータを統合するか、以下のデータベースへのハイパーリンクを提供します。
参考文献
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- ↑ Mattingly CJ、Rosenstein MC、Davis AP、Colby GT、Forrest JN、Boyer JL (2006 年 8 月)。 「比較毒性ゲノミクス データベース (CTD)：化学物質と遺伝子の相互作用ネットワークを構築するための種間リソース」。Toxicol . Sci . 92 (2): 587–95 . doi : 10.1093/toxsci/kfl008 . PMC 1586111. PMID 16675512 .
- ↑ Mattingly CJ、Colby GT、Rosenstein MC、Forrest JN、Boyer JL (2004)。 「環境健康研究における比較分子研究の促進：比較毒性ゲノミクスデータベース（CTD）の概要」。Pharmacogenomics J。4 （1）：5–8。doi：10.1038 / sj.tpj.6500225。PMID 14735110。
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- ↑ NCBI分類
外部リンク
- 比較毒性ゲノミクスデータベース
- MDIバイオロジカル研究所
