PSORTdb

PSORTdb

コンテンツ
説明	タンパク質細胞内局在データベース
生物	原核生物
接触
研究センター	サイモンフレーザー大学
研究室	分子生物学・生化学部門
著者	セバスチャン・レイ
主な引用	レイら（2005）[1]
発売日	2010 (バージョン 2.0)
アクセス
Webサイト	出典: http://db.psort.org/
その他
ライセンス	GNU 一般公衆利用許諾書
バージョン	2.0

PSORTdbは、細菌と古細菌のタンパク質細胞内局在(SCL)のデータベースです。これは、 PSORTファミリーのバイオインフォマティクスツールのメンバーです。 ^[1]データベースは、ePSORTdb と cPSORTdb の 2 つのデータセットで構成されており、それぞれ実験検証と計算予測によって決定された情報が含まれています。ePSORTdb データセットは、実験的に検証された SCL データの最大のキュレーションコレクションです。^[2]

PSORTdbは、細菌のタンパク質細胞内局在予測を収録するために2005年に開発されました。^[3] cPSORTdbデータセットの計算予測は、当時最も正確なSCL予測器であったPSORTツールPSORTb 2.0によって生成されました。^{[3] [4]}

PSORTdb の 2 番目で現在のバージョンは 2010 年にリリースされました。データベースのエントリは、NCBIを通じて新たに配列決定された原核生物ゲノムが利用可能になると自動的に生成されます。2 番目のリリースの時点で、ePSORTdb には細菌タンパク質のエントリが 12,000 件以上、古細菌タンパク質のエントリが 800 件以上含まれていました。cPSORTdb には合計 3,700,000 件以上のタンパク質の SCL 予測が含まれていました。ePSORTdb のデータは、手動の文献検索 ( PubMedを使用) とSwiss-Protアノテーションから取得されています。cPSORTdb の予測は、更新された PSORTb 3.0 ツールを使用して生成されています。^[3]

PSORTdbには、WebインターフェースまたはBLAST経由でアクセスできます。データベース全体は、GNU General Public Licenseの下でダウンロードすることもできます。データベース内の各用語は、他のバイオインフォマティクスリソースとの統合を可能にするために、遺伝子オントロジーの識別子に関連付けられています。 ^[1]

2014年現在、PSORTdbはサイモンフレーザー大学のフィオナ・ブリンクマンの研究室を通じて維持されている。^{[5] [6]}

• タンパク質標的

• 出典: http://db.psort.org/