Pソート

PSORTは、細胞内のタンパク質局在部位の予測に使用されるバイオインフォマティクスツールです。^[1]^[2]アミノ酸配列とその起源の分類群（グラム陰性細菌など）の情報を入力として受け取ります。次に、既知のタンパク質選別シグナルのさまざまな配列特徴について保存されたルールを適用して、入力配列を分析します。最後に、追加情報とともに、入力タンパク質が各候補部位に局在する可能性を報告します。

このツールを使用する研究者は、ある程度の根拠をもって、タンパク質が細胞内のどこに局在する可能性が最も高いかを予測できます。これは、タンパク質がシグナルペプチド配列 (郵便の住所に似ています) を認識して適切な場所に移動する細胞機構によって局在化されるためです。シグナルペプチドは、目的地に到達した後に切断されることがよくあります。PSORT は、既知のシグナルペプチド配列を使用して、入力配列が局在化を引き起こす可能性が最も高い場所を分析し、予測します。

タンパク質の局在は、タンパク質が持つ可能性のある役割を裏付けるため重要です。たとえば、カタラーゼ酵素 (過酸化物を水と酸素に変換するタンパク質) は、過酸化物の活性が高い領域であるペルオキシソームに局在すると予想されます。シグナルペプチド配列とGFP発現による視覚的な局在を分析することで、この役割の強力な証拠が得られます。

このプログラムは、東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの中井健太博士によって作成され、すべてのユーザーが無料で利用できます。

外部参照

PSORTウェブサイト

参考文献

^ Nakai K, Horton P (1999年1月). 「PSORT: タンパク質の選別シグナルを検出し、その細胞内局在を予測するプログラム」. Trends Biochem. Sci . 24 (1): 34–6. doi :10.1016/S0968-0004(98)01336-X. PMID 10087920.
^ Gardy JL、Spencer C、Wang K、他 (2003 年 7 月)。「PSORT-B: グラム陰性細菌のタンパク質細胞内局在予測の改善」。Nucleic Acids Res . 31 (13): 3613–7. doi :10.1093/nar/gkg602. PMC 169008 . PMID 12824378。

[pmid10087920-1] Nakai K, Horton P (1999年1月). 「PSORT: タンパク質の選別シグナルを検出し、その細胞内局在を予測するプログラム」. Trends Biochem. Sci . 24 (1): 34–6. doi :10.1016/S0968-0004(98)01336-X. PMID 10087920.

[pmid12824378-2] Gardy JL、Spencer C、Wang K、他 (2003 年 7 月)。「PSORT-B: グラム陰性細菌のタンパク質細胞内局在予測の改善」。Nucleic Acids Res . 31 (13): 3613–7. doi :10.1093/nar/gkg602. PMC 169008 . PMID 12824378。