OLIGOプライマー解析ソフトウェア

OLIGOプライマー解析ソフトウェア
開発者	モレキュラーバイオロジーインサイト社
安定版リリース	7.54 / 2011年3月23日
オペレーティング·システム	Windows、Macintosh
プラットフォーム	Mac、PC
タイプ	バイオインフォマティクス
ライセンス	コマーシャル
Webサイト	http://oligo.net/

OLIGOプライマー解析ソフトウェアは、 DNAプライマー設計用のソフトウェアです。 ^[1]^[2]このソフトウェアについて説明した最初の論文は1989年に発表されました。^[3]このプログラムは、リアルタイムPCRプライマーおよびプローブ検索および解析ツールです。さらに、 siRNAおよび分子ビーコン検索、オープンリーディングフレーム解析、制限酵素解析も実行します。Wojciech RychlikとPiotr Rychlikによって作成および保守されました。

OLIGOプライマー解析ソフトウェアは、リアルタイムPCR、^[4]アポトーシス研究、^[5]抗原タイピング、^[6]種の同定、^[7]種の進化に関する研究、^[8] mRNA発現レベルの測定、^[9]オリゴヌクレオチドベースのアレイハイブリダイゼーション研究、^[10]縮重プライマー研究、^[11]マイクロサテライト解析、^[12] DNAマイクロアレイ検出、^[13]逆PCR、^[14]ゲノムウォーキング、^[15]ヌクレオチド多型研究、^[16]微生物またはウイルスの検出、^[17]遺伝子型判定、^[18] クローニング、^[19]ベクター（遺伝子）構築、^[20]ゲノム配列決定、^[21]突然変異体または種内変異の検出、^[22]遺伝性疾患研究、^[23] siRNAおよび遺伝子サイレンシング、^[24] FISH解析（単一細胞発現研究）、^[25]に使用されています。サソリプローブ^[26]および新しいDNA増幅法の開発^{[27] 。}

参考文献

^ John SantaLucia, Jr. (2007) PCR プライマー設計の基本原理とソフトウェア: 最適な PCR 設計のための物理的原理と Visual-OMP ソフトウェア、Methods in Molecular Biology Vol. 402: PCR プライマー設計、Ed. A. Yuryev、Humana Press Inc.、Totowa、NJ。pp. 3-33。
^ John D. Offerman、Wojciech Rychlik (2003)「オリゴプライマー分析ソフトウェア」『バイオインフォマティクス入門：理論的かつ実践的なアプローチ』Stephen A. Krawetz および David D. Womble 編、Humana Press Inc.、ニュージャージー州トトワ、pp. 345-361。
^ Wojciech Rychlik および Robert E. Rhoads (1989) DNA のフィルターハイブリダイゼーション、シーケンシング、および in vitro 増幅に最適なオリゴヌクレオチドを選択するためのコンピュータプログラム; Nucleic Acids Research 17、8543-8551。
^ Arneth Borros (2009) ポリメラーゼ連鎖反応中の電気化学によるイオン活性の追跡; Analytical Biochemistry 385, 26-33.
^ Arabinda Das、Naren L. Banik、および Swapan K. Ray (2008) ヒト神経膠芽腫 T98G および U87MG 細胞におけるテモゾロミド媒介アポトーシスに対するアセタゾロミドおよびデキサメタゾンの調節効果、Cancer Investigation 26、352 - 358。
^ Sarah H. Haddock、Christine Quartararo、Patrick Cooley、およびDat D. Dao (2002) DNAマイクロアレイを使用したHLA-DQA1の低解像度タイピング、Methods in Molecular Biology 170、201-210。
^ Marco Severgnini、Paola Cremonesi、Clarissa Consolandi、Giada Caredda、Gianluca De Bellis、Bianca Castiglioni (2009) ORMA: 16S rRNA 遺伝子およびオリゴヌクレオチド設計における種特異的な変異を同定するためのツール。核酸研究 37 (16)、e109。
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^ Canhui Liu、Chitra Chauhan、Charles R. Katholi、およびThomas R. Unnasch (2009) スプライスリーダー付加ドメインは、B. malayiにおける異種遺伝子発現に不可欠な保存モチーフである。Molecular & Biochemical Parasitology 166、15–21。
^ Daryl A. Scott、Merel Klaassens、Ashley M. Holder、Kevin P. Lally、Caraciolo J. Fernandes、Robert-Jan Galjaard、Dick Tibboel、Annelies de Klein、Brendan Lee (2007) ゲノムワイドオリゴヌクレオチドベースアレイによる非孤立性先天性横隔膜ヘルニアの比較ゲノムハイブリダイゼーション解析、Human Molecular Genetics. 16、424-430。
^ Omar J. Jabado、Gustavo Palacios、Vishal Kapoor、Jeffrey Hui、Neil Renwick、Zhai Junhui、Thomas Briese、および W. Ian Lipkin (2006) Greene SCPrimer: 複数の配列アライメントから縮重プライマーを設計するための迅速で包括的なツール。Nucleic Acids Research。34、6605-6611。
^ Alberto Arias、Ruth Freire、Josefina Méndez、Ana Insua (2010) クイーンホタテガイAequipecten opercularisにおけるマイクロサテライトマーカーの分離と特徴付け、および集団遺伝学研究への応用、Aquatic Living Resources 23、199 - 207。
^ Frédérique Bidard、Sandrine Imbeaud、Nancie Reymond、Olivier Lespinet、Philippe Silar、Corinne Clavé、Hervé Delacroix、Véronique Berteaux-Lecellier、Robert Debuchy (2010) 遺伝子発現マイクロアレイ用プローブの最適化と真菌ポドスポラへの応用のための一般的なフレームワークアンセリナ; BMC 研究ノート 3、171。
^ 山田一隆、寺原健、倉田真也、横幕豊和、常田聡、原山茂明（2008）ロックド核酸を含むプライマーを用いた標的遺伝子の事前増幅を伴う逆PCRによる環境DNAからの全遺伝子の回収、環境微生物学10、978-987。
^ 土屋徳治、亀谷奈々子、中村郁夫 (2009)。「ストレートウォーク：大規模ゲノムを持つ植物種のためのライゲーション介在ゲノムウォーキングの改良法」。分析生化学。388 (1): 158–160。doi :10.1016/ j.ab.2009.02.002。PMID 19454221 。
^ OA Gra、AS Glotov、Zh. M. Kozhekbayeva、OV Makarova、TV Nasedkina (2008) GST、NAT2、MTRRの遺伝子多型と小児急性白血病の感受性; Molecular Biology 42、187-197。
^ T. Wei、G. Lu、GRG Clover (2009) 植物内部増幅制御によるジャガイモのジャガイモ黄葉脈ウイルス、タバコラトルウイルス、トマト伝染性クロロシスウイルスの検出のためのマルチプレックス RT-PCR、Plant Pathology 58、203-209。
^ Kristel Van Laethema、Yoeri Schrootena、Kris Covensa、Nathalie Dekeersmaekera、Paul De Munterc、Eric Van Wijngaerdenc、Marc Van Ransta、および Anne-Mieke Vandamme (2008) 多様な HIV-1 グループからのインテグラーゼの増幅と配列決定のための遺伝子型アッセイM サブタイプ;ウイルス学的方法ジャーナル 153、176-181。
^ Elena K. Khlestkina、Uttam Kumar、Marion S. Röder (2010)小麦のEnt-カウレン酸酸化酵素遺伝子; Molecular Breeding 25、251–258。
^ Guozheng Conga、Jianhua Zhoua、Shandian Gaoa、Junzheng Dua、Junjun Shaoa、Tong Lina、Huiyun Chang、Qingge Xie (2008) 口蹄疫ウイルスの実験遺伝子を搭載した組み換えレトロウイルスベクターの構築とウシ腎臓 (MDBK) 細胞での発現、Chinese Journal of Biotechnology 24、740-745。
^ Lei Wei、Xiaobing Wu、Zhigang Jiang (2009) ユキヒョウPanthera unciaの完全なミトコンドリアゲノム構造; Molecular Biology Reports 36、871–878。
^ David S. Perlin、Sergey Balashov、Steven Park (2008) 変異の多重検出、分子生物学の方法429、23-31。
^ ミケーレ・サレミ、コッラード・ロマーノ、コンチェッタ・バローネ、フランチェスコ・カリ、フィリッポ・カラチ、カルメロ・ロマーノ、カタルド・スカヴッツォ、フランチェスコ・シラート、マリア・グラッツィア・サルッツォ、マリア・ピッチョーネ、マヌエラ・マルティネス、ジョバンニ・コルセッロ、フェルディナンド・ニコレッティ、パオロ・ボスコ (2009) SPANX-BとSPANX-C停留精巣を有するダウン症候群患者における（Xq27領域）遺伝子量分析。遺伝学ジャーナル 88、93-97。
^ Anastasia Khvorova、Angela Reynolds、Sumedha D. Jayasena (2003) 機能的siRNAおよびmiRNAは鎖バイアスを示す; Cell、115、209-216。
^ Rossanna C. Pezo、Saumil J. Gandhi、L. Andrew Shirley、Richard G. Pestell、Leonard H. Augenlicht、およびRobert H. Singer (2008) 単一細胞転写部位活性化がヒト大腸腫瘍における化学療法反応を予測する、Cancer Research 68、4977-4982。
^ Rachael Carters、Jennifer Ferguson、Rupert Gaut、Paul Ravetto、Nicola Thelwell、およびDavid Whitcombe (2008) Scorpions蛍光シグナル分子の設計と使用; Methods in Molecular Biology 429、99-115。
^ Chunsun Zhang および Da Xing (2010)「マイクロ流体勾配 PCR (MG-PCR): マイクロ流体 DNA 増幅の新しい方法」、Biomedical Microdevices 12、1-12。

Molecular Biology Insights によるオリゴプライマー解析ソフトウェア

その他のプライマー設計ソフトウェア

[1] John SantaLucia, Jr. (2007) PCR プライマー設計の基本原理とソフトウェア: 最適な PCR 設計のための物理的原理と Visual-OMP ソフトウェア、Methods in Molecular Biology Vol. 402: PCR プライマー設計、Ed. A. Yuryev、Humana Press Inc.、Totowa、NJ。pp. 3-33。

[2] John D. Offerman、Wojciech Rychlik (2003)「オリゴプライマー分析ソフトウェア」『バイオインフォマティクス入門：理論的かつ実践的なアプローチ』Stephen A. Krawetz および David D. Womble 編、Humana Press Inc.、ニュージャージー州トトワ、pp. 345-361。

[3] Wojciech Rychlik および Robert E. Rhoads (1989) DNA のフィルターハイブリダイゼーション、シーケンシング、および in vitro 増幅に最適なオリゴヌクレオチドを選択するためのコンピュータプログラム; Nucleic Acids Research 17、8543-8551。

[4] Arneth Borros (2009) ポリメラーゼ連鎖反応中の電気化学によるイオン活性の追跡; Analytical Biochemistry 385, 26-33.

[5] Arabinda Das、Naren L. Banik、および Swapan K. Ray (2008) ヒト神経膠芽腫 T98G および U87MG 細胞におけるテモゾロミド媒介アポトーシスに対するアセタゾロミドおよびデキサメタゾンの調節効果、Cancer Investigation 26、352 - 358。

[6] Sarah H. Haddock、Christine Quartararo、Patrick Cooley、およびDat D. Dao (2002) DNAマイクロアレイを使用したHLA-DQA1の低解像度タイピング、Methods in Molecular Biology 170、201-210。

[7] Marco Severgnini、Paola Cremonesi、Clarissa Consolandi、Giada Caredda、Gianluca De Bellis、Bianca Castiglioni (2009) ORMA: 16S rRNA 遺伝子およびオリゴヌクレオチド設計における種特異的な変異を同定するためのツール。核酸研究 37 (16)、e109。

[8] Arhat Abzhanov (2009). 「ダーウィンのフィンチ：進化過程におけるくちばしの形態変化の分析」Cold Spring Harbor Protocols . 1 (3): 481–500. doi :10.1101/pdb.emo119. PMID 20147092.

[9] Canhui Liu、Chitra Chauhan、Charles R. Katholi、およびThomas R. Unnasch (2009) スプライスリーダー付加ドメインは、B. malayiにおける異種遺伝子発現に不可欠な保存モチーフである。Molecular & Biochemical Parasitology 166、15–21。

[10] Daryl A. Scott、Merel Klaassens、Ashley M. Holder、Kevin P. Lally、Caraciolo J. Fernandes、Robert-Jan Galjaard、Dick Tibboel、Annelies de Klein、Brendan Lee (2007) ゲノムワイドオリゴヌクレオチドベースアレイによる非孤立性先天性横隔膜ヘルニアの比較ゲノムハイブリダイゼーション解析、Human Molecular Genetics. 16、424-430。

[11] Omar J. Jabado、Gustavo Palacios、Vishal Kapoor、Jeffrey Hui、Neil Renwick、Zhai Junhui、Thomas Briese、および W. Ian Lipkin (2006) Greene SCPrimer: 複数の配列アライメントから縮重プライマーを設計するための迅速で包括的なツール。Nucleic Acids Research。34、6605-6611。

[12] Alberto Arias、Ruth Freire、Josefina Méndez、Ana Insua (2010) クイーンホタテガイAequipecten opercularisにおけるマイクロサテライトマーカーの分離と特徴付け、および集団遺伝学研究への応用、Aquatic Living Resources 23、199 - 207。

[13] Frédérique Bidard、Sandrine Imbeaud、Nancie Reymond、Olivier Lespinet、Philippe Silar、Corinne Clavé、Hervé Delacroix、Véronique Berteaux-Lecellier、Robert Debuchy (2010) 遺伝子発現マイクロアレイ用プローブの最適化と真菌ポドスポラへの応用のための一般的なフレームワークアンセリナ; BMC 研究ノート 3、171。

[14] 山田一隆、寺原健、倉田真也、横幕豊和、常田聡、原山茂明（2008）ロックド核酸を含むプライマーを用いた標的遺伝子の事前増幅を伴う逆PCRによる環境DNAからの全遺伝子の回収、環境微生物学10、978-987。

[Tsuchiya2009-15] 土屋徳治、亀谷奈々子、中村郁夫 (2009)。「ストレートウォーク：大規模ゲノムを持つ植物種のためのライゲーション介在ゲノムウォーキングの改良法」。分析生化学。388 (1): 158–160。doi :10.1016/ j.ab.2009.02.002。PMID 19454221 。

[16] OA Gra、AS Glotov、Zh. M. Kozhekbayeva、OV Makarova、TV Nasedkina (2008) GST、NAT2、MTRRの遺伝子多型と小児急性白血病の感受性; Molecular Biology 42、187-197。

[17] T. Wei、G. Lu、GRG Clover (2009) 植物内部増幅制御によるジャガイモのジャガイモ黄葉脈ウイルス、タバコラトルウイルス、トマト伝染性クロロシスウイルスの検出のためのマルチプレックス RT-PCR、Plant Pathology 58、203-209。

[18] Kristel Van Laethema、Yoeri Schrootena、Kris Covensa、Nathalie Dekeersmaekera、Paul De Munterc、Eric Van Wijngaerdenc、Marc Van Ransta、および Anne-Mieke Vandamme (2008) 多様な HIV-1 グループからのインテグラーゼの増幅と配列決定のための遺伝子型アッセイM サブタイプ;ウイルス学的方法ジャーナル 153、176-181。

[19] Elena K. Khlestkina、Uttam Kumar、Marion S. Röder (2010)小麦のEnt-カウレン酸酸化酵素遺伝子; Molecular Breeding 25、251–258。

[20] Guozheng Conga、Jianhua Zhoua、Shandian Gaoa、Junzheng Dua、Junjun Shaoa、Tong Lina、Huiyun Chang、Qingge Xie (2008) 口蹄疫ウイルスの実験遺伝子を搭載した組み換えレトロウイルスベクターの構築とウシ腎臓 (MDBK) 細胞での発現、Chinese Journal of Biotechnology 24、740-745。

[21] Lei Wei、Xiaobing Wu、Zhigang Jiang (2009) ユキヒョウPanthera unciaの完全なミトコンドリアゲノム構造; Molecular Biology Reports 36、871–878。

[22] David S. Perlin、Sergey Balashov、Steven Park (2008) 変異の多重検出、分子生物学の方法429、23-31。

[23] ミケーレ・サレミ、コッラード・ロマーノ、コンチェッタ・バローネ、フランチェスコ・カリ、フィリッポ・カラチ、カルメロ・ロマーノ、カタルド・スカヴッツォ、フランチェスコ・シラート、マリア・グラッツィア・サルッツォ、マリア・ピッチョーネ、マヌエラ・マルティネス、ジョバンニ・コルセッロ、フェルディナンド・ニコレッティ、パオロ・ボスコ (2009) SPANX-BとSPANX-C停留精巣を有するダウン症候群患者における（Xq27領域）遺伝子量分析。遺伝学ジャーナル 88、93-97。

[24] Anastasia Khvorova、Angela Reynolds、Sumedha D. Jayasena (2003) 機能的siRNAおよびmiRNAは鎖バイアスを示す; Cell、115、209-216。

[25] Rossanna C. Pezo、Saumil J. Gandhi、L. Andrew Shirley、Richard G. Pestell、Leonard H. Augenlicht、およびRobert H. Singer (2008) 単一細胞転写部位活性化がヒト大腸腫瘍における化学療法反応を予測する、Cancer Research 68、4977-4982。

[26] Rachael Carters、Jennifer Ferguson、Rupert Gaut、Paul Ravetto、Nicola Thelwell、およびDavid Whitcombe (2008) Scorpions蛍光シグナル分子の設計と使用; Methods in Molecular Biology 429、99-115。

[27] Chunsun Zhang および Da Xing (2010)「マイクロ流体勾配 PCR (MG-PCR): マイクロ流体 DNA 増幅の新しい方法」、Biomedical Microdevices 12、1-12。