マックベクター

MacVectorは、 Mac OS Xを搭載したApple Macintoshコンピュータ向けの商用配列解析アプリケーションです。分子生物学者が実験室で実験の解析、設計、研究、記録を行う際に使用することを目的としています。MacVectorは、IntelおよびApple Silicon搭載Macで動作するユニバーサルバイナリです。

MacVectorは、単一配列エディタ、多重配列アライメントエディタ、コンティグエディタなど、さまざまな配列エディタにリンクされた配列解析アルゴリズムのコレクションです。MacVectorは、すべての機能にアクセスするために最小限のウィンドウと手順を使用するように設計されています。主な機能は以下のとおりです。

• 配列アライメント（ClustalW、Muscle、T-Coffee）および編集。
• サブシーケンス検索およびオープンリーディングフレーム（ORF）解析。
• 系統樹の構築：UPGMA法、ブートストラップ法を用いた近隣結合法、およびコンセンサスツリー
• オンラインデータベース検索 - Genbank、PubMed、UniProtなどのNCBIの公開データベースを検索します。
• オンラインでBLAST検索を実行する。
• タンパク質分析。
• コンティグアセンブリとクロマトグラム編集
• cDNAをゲノムテンプレートにアラインメントする
• DNA同士、タンパク質同士、DNAとタンパク質のドットプロットを作成する。
• 制限酵素解析 - 制限酵素切断部位を検出して表示します。消化された断片を用いて遺伝子をベクターにクローニングします。消化された断片の履歴を保存し、複数の断片の連結を可能にします。
• PCRプライマー設計 - 簡単なプライマー設計とテスト。primer3も使用。
• アガロースゲルシミュレーション。
• CRISPRによるインデル解析。

MacVectorには、 phred、phrap、Bowtie、SPAdes、Flye、Velvet、およびcross matchを使用するAssemblerというコンティグアセンブリプラグインがあります。2024年9月以降、このプラグインの機能はメインアプリケーションに完全に統合され、独立したプラグインではなくなりました。

バージョン13.0.1以降、MacVectorはリリース間のアップデートにSparkleを使用しています。

MacVectorは元々1994年にIBIによって開発されました。^{[ 1 ]} 1996年にKodakに買収され、その後Oxford Molecularに買収されました。 ^{[ 2 ] [ 3 ]} Oxford Molecularは2001年にAccelrysに合併されました。^{[ 4 ]} 2007年1月1日にMacVector, Inc.に買収されました。^{[ 5 ]}

• MacVectorホームページ