メアリー・ジョー・オンドレチェン | |
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2011年、ブランダイス大学のキャンパスにあるオンドレヘン | |
| 生まれる | 1953年(70~71歳) |
| 国籍 | アメリカ人 |
| 母校 |
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| 知られている | テーマ別、サルサ、プール |
| 科学者としてのキャリア | |
| フィールド | 理論化学 |
| 機関 | ノースイースタン大学 |
| 博士課程の指導教員 | マーク・A・ラトナー |
メアリー・ジョー・オンドレチェン(1953年生まれ)は、アメリカの化学者、教育者、研究者、コミュニティリーダー、活動家です。マサチューセッツ州ボストンのノースイースタン大学で化学および化学生物学の教授を務め、計算生物学研究グループの主任研究員[1]も務めています。
教育
オンドレヘンは1974年にオレゴン州ポートランドのリード大学でアメリカ化学会認定の化学学士号を取得した。イリノイ州エバンストンのノースウェスタン大学で化学と化学物理学の博士課程に進み、マーク・A・ラトナーの指導の下、1978年に博士号を取得した。[2]シカゴ大学とイスラエルのテルアビブ大学(後者はNATOの博士研究員)で博士研究員として研究に就いた後、1980年にマサチューセッツ州ボストンのノースイースタン大学の教員となった。[3]
研究と発見
彼女のこれまでの研究成果には、望ましい分光学的および伝導特性を持つ分子および材料の設計、分子およびタンパク質における電界効果の予測、エネルギー変換デバイスの最適化、および充電式バッテリー用のイオン伝導体材料の設計と特性評価が含まれます。彼女の現在の研究活動には、生物学的高分子のモデリング[4]と機能ゲノミクスの予測計算が含まれます。
彼女はTHEMATICS [5] [6] [7] (理論的微視的異常滴定曲線形状)を共同開発しました。これは、タンパク質の3次元構造のみからタンパク質の機能情報を計算で予測するシンプルな手法です。THEMATICSは、タンパク質の触媒部位と結合部位を高感度かつ優れた選択性で予測します。彼女のTHEMATICS法のユニークで強力な特徴は、配列比較も構造比較も必要としないため、新しいフォールド、オーファン配列、さらには人工ポリペプチドシステムにも適用できることです。
彼女はまた、ウェンシュ・トンおよびロナルド・J・ウィリアムズとともに、 Partial Order Optimum Likelihood (POOL)と呼ばれる新しい機械学習技術の共同開発者でもあります。 [8] [9] POOLは、入力特徴に単調に依存する特性を予測するための単調性制約付き最大尤度法です。この強力な方法は、THEMATICS入力特徴と組み合わせることで、タンパク質構造の 活性部位予測において最高の性能を発揮します。
これらの方法は、構造ゲノミクスタンパク質のアノテーションの成功、つまり現在機能が不明な遺伝子産物の機能の発見にも使用されています。彼女の SALSA (Structurally Aligned Local Sites of Activity) 法は、計算により触媒として活性であると予測されるアミノ酸残基のローカル セットを使用して、機能が不明な酵素構造の生化学的機能を特定します。
これらの計算方法は現在、酵素が触媒にどのように影響するかを理解するためにも使用されています。[10]特に、オンドレヘン教授は空間的に拡張された酵素活性部位の概念を開拓し、アミノ酸が触媒反応の部位から離れていても、簡単な計算でその関与を予測できることを示しています。[11]
彼女の研究グループは人工酵素の設計を改善するための計算手法も開発しました。
2020年にオンドレヘンの研究グループは、COVID-19を引き起こすウイルスであるSARS-CoV-2のタンパク質を特徴づけ、ウイルスのライフサイクルを阻害する介入を模索する新しいプロジェクトを追加しました[12] [13]
コミュニティ活動
オンドレチェンはコミュニティのリーダーであり活動家です。彼女は最近、ワシントン DCに本拠を置く州際技術規制協議会 (ITRC) の顧問委員会で、コミュニティと部族の利害関係者の利益を代表しています。[14]彼女はボストンの北米インディアンセンター ( NAICOB )の元取締役会長であり[15] 、ニューメキシコ州アルバカーキに本拠を置くアメリカインディアン科学技術協会 ( AISES )の取締役会長を2011 年から 2013 年まで務めました。 [16]地球の管理を熱心に支持する彼女は、以前はマサチューセッツ州ホプキントンの保全委員会や米国エネルギー省のコミュニティリーダーネットワークで働いていました。彼女は特に、環境問題を解決するための革新的技術の促進に積極的に取り組んできました。[17] [18] [19]彼女はまた、環境評価、意思決定、管理に一般市民と部族の利害関係者を含めることを積極的に主張しています。
彼女は2017年4月にワシントンDCで行われた科学のための行進で講演した。 [20] [21]
彼女は科学、技術、工学、数学(STEM)分野における多様性と包括性について数多くのプレゼンテーションを行ってきました。[22] [23]
参考文献
- ^ ノースイースタン大学理学部化学・化学生物学科(2014年)。
- ^ 「Ratner Group – Ratner Research Group の本拠地」. chemgroups.northwestern.edu .
- ^ ポラストリ、MP [1] (2017)
- ^ Finley, A.、「ビタミンB6による酵素基質相互作用の調査」(1999)。
- ^ ノースイースタン大学とブランダイス大学の科学者が開発した新しい「THEMATICS」法でタンパク質の機能を予測。ScienceDaily、(2001)。
- ^ Borman, S., 順序から結果へ。化学工学ニュース、79(48): p. 31-33 (2001)。
- ^ Ball, P.、「コンピューターが形状の手がかりを見つける」Nature、(2001)。
- ^ Tong, Wenxu; Wei, Ying; Murga, Leonel F.; Ondrechen, Mary Jo; Williams, Ronald J. (2009-01-16). 「Partial Order Optimum Likelihood (POOL): 3D 構造と配列特性を用いたタンパク質活性部位残基の最大尤度予測」. PLOS Computational Biology . 5 (1): e1000266. Bibcode :2009PLSCB...5E0266T. doi : 10.1371/journal.pcbi.1000266 . ISSN 1553-7358. PMC 2612599. PMID 19148270 .
- ^ Somarowthu, Srinivas; Yang, Huyuan; Hildebrand, David GC; Ondrechen, Mary Jo (2011-06-01). 「機械学習と計算された入力特徴によるタンパク質の機能残基の高性能予測」. Biopolymers . 95 (6): 390–400. doi :10.1002/bip.21589. ISSN 0006-3525. PMID 21254002.
- ^ Ondrechen, Mary Jo; Clifton, James G.; Ringe, Dagmar (2001-10-23). 「THEMATICS: 構造から酵素機能を予測するシンプルな計算法」。Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 98 (22): 12473–12478. Bibcode :2001PNAS...9812473O. doi : 10.1073/pnas.211436698 . ISSN 0027-8424. PMC 60078 . PMID 11606719.
- ^ Herring, A., 酵素活性における形態と機能。(2012)
- ^ https://www.metrowestdailynews.com/news/20200501/hopkinton-resident-receives-national-science-foundation-grant-to-study-coronavirus ホプキントン在住者がコロナウイルス研究のため国立科学財団から助成金を受け取る。
- ^ https://news.northeastern.edu/2020/05/15/the-coronavirus-might-have-hidden-weak-spots-machine-learning-could-help-find-them/ コロナウイルスには隠れた弱点があるかもしれない。機械学習はそれを見つけるのに役立つかもしれない。
- ^ ウィレット, A., [2] (2012)
- ^ Dunn, J.、「NAICOBについて」(2013)。
- ^ EchoHawk, S.、AISES理事会。(2014)
- ^ インサイチュ化学酸化(2000年)。
- ^ トライアドアプローチの技術および規制ガイダンス:環境プロジェクト管理の新しいパラダイム(2003年)。
- ^ 地下水調査における長期環境モニタリングのための直接プッシュウェル技術の使用。(2006)
- ^ Joel Achenbach、Ben Guarino、Sarah Kaplan (2017-04-21)。「なぜ科学者たちはワシントンと600以上の他の都市に行進しているのか」。ワシントンポスト。ワシントンDC ISSN 0190-8286。OCLC 1330888409 。
- ^ 「科学のための行進に参加したメアリー・ジョー・オンドレヘン教授」。YouTube 。 2017年4月23日。
- ^ Hernandez, R., OXIDE 伝記: Mary Jo Ondrechen. (2014).
- ^ Pathways to Science、メアリー・ジョー・オンドレチェン(2012年)。
