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 ロイシンリッチリピートタンパク質の例、豚リボヌクレアーゼ阻害剤 | |||||||||
| 識別子 | |||||||||
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| シンボル | 翻訳元 | ||||||||
| パム | PF00560 | ||||||||
| ファム一族 | CL0022 | ||||||||
| エコド | 207.1.1 | ||||||||
| インタープロ | 著作権 | ||||||||
| SCOP2 | 20億 / スコープ / SUPFAM | ||||||||
| メンブラノーム | 605 | ||||||||
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| ロイシンリッチリピート変異体 | |||||||||
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 新規反復タンパク質構造モチーフを有するロイシンリッチ反復変異体 | |||||||||
| 識別子 | |||||||||
| シンボル | ライトブルー | ||||||||
| パム | PF01816 | ||||||||
| ファム一族 | CL0020 | ||||||||
| インタープロ | 著作権 | ||||||||
| SCOP2 | 1lrv / スコープ / SUPFAM | ||||||||
| メンブラノーム | 737 | ||||||||
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| LRR隣接 | |||||||||
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 インターナリン H: 融合した N 末端ドメインの結晶構造。 | |||||||||
| 識別子 | |||||||||
| シンボル | LRR_隣接 | ||||||||
| パム | PF08191 | ||||||||
| インタープロ | 著作権 | ||||||||
| メンブラノーム | 341 | ||||||||
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| ロイシンリッチリピートN末端ドメイン | |||||||||
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 二量体ウシ組織抽出デコリン、結晶形2 | |||||||||
| 識別子 | |||||||||
| シンボル | いいえ | ||||||||
| パム | PF01462 | ||||||||
| インタープロ | 著作権 | ||||||||
| 頭いい | いいえ | ||||||||
| SCOP2 | 1m10 / スコープ / SUPFAM | ||||||||
| メンブラノーム | 127 | ||||||||
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| ロイシンリッチリピートN末端ドメイン | |||||||||
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 植物防御に関与するロイシンリッチリピートタンパク質であるpgip（ポリガラクツロナーゼ阻害タンパク質）の結晶構造 | |||||||||
| 識別子 | |||||||||
| シンボル | 翻訳: | ||||||||
| パム | PF08263 | ||||||||
| インタープロ | 著作権 | ||||||||
| 頭いい | いいえ | ||||||||
| SCOP2 | 1m10 / スコープ / SUPFAM | ||||||||
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| ロイシンリッチリピートC末端ドメイン | |||||||||
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 ショウジョウバエのスリットの3番目のLRRドメイン | |||||||||
| 識別子 | |||||||||
| シンボル | LRRCT | ||||||||
| パム | PF01463 | ||||||||
| インタープロ | 著作権 | ||||||||
| 頭いい | LRRCT | ||||||||
| SCOP2 | 1m10 / スコープ / SUPFAM | ||||||||
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| LRVタンパク質FeS4クラスター | |||||||||
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新規反復タンパク質構造モチーフを有するロイシンリッチ反復変異体 | |||||||||
| 識別子 | |||||||||
| シンボル | 翻訳: | ||||||||
| パム | PF05484 | ||||||||
| ファム一族 | CL0020 | ||||||||
| インタープロ | 著作権 | ||||||||
| SCOP2 | 1lrv / スコープ / SUPFAM | ||||||||
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ロイシンリッチリピート（LRR）は、α/β馬蹄形フォールドを形成するタンパク質 構造モチーフである。[1] [2]これは、疎水性アミノ酸であるロイシンが異常に豊富な20～30個のアミノ酸配列の繰り返しから構成される。これらのタンデムリピートは通常、一緒に折り畳まれて、ロイシンリッチリピートドメインと呼ばれるソレノイドタンパク質ドメインを形成する。通常、各リピート単位はベータストランド-ターン-アルファヘリックス構造を持ち、多数のこのようなリピートからなる組み立てられたドメインは、内部に平行なベータシートと外部にヘリックス配列を持つ馬蹄形になる。ベータシートの片面とヘリックス配列の片側は溶媒にさらされているため、親水性残基が大部分を占める。ヘリックスとシートの間の領域はタンパク質の疎水性コアであり、ロイシン残基が 立体的に密に詰まっている。
ロイシンリッチリピートはタンパク質間相互作用の形成に頻繁に関与している。[3] [4]
例
ロイシンリッチリピートモチーフは、機能的に無関係な多数のタンパク質で同定されている。[5]最もよく知られている例はリボヌクレアーゼ阻害剤だが、トロポミオシン調節因子トロポモジュリンやToll様受容体などの他のタンパク質もこのモチーフを共有している。実際、Toll様受容体は、病原体や危険に関連する分子パターンに結合する役割を果たす10個の連続したLRRモチーフを持っている。
標準的な LRR タンパク質には、ベータ ストランドごとに約 1 つのヘリックスが含まれていますが、ベータ アルファ スーパーヘリックス折り畳みを形成する変異体には、連続するベータ ストランドをリンクするヘリックスではなく、長いループが含まれることがあります。
1つのロイシンリッチリピート変異体ドメイン（LRV）は、右巻きスーパーヘリックスに配置された交互にαヘリックスと3 10ヘリックスからなる新しい反復構造モチーフを持ち、他のロイシンリッチリピートに存在するβシートは存在しません。[6]
関連ドメイン
ロイシンに富むリピートは、 N末端およびC末端の システインに富むドメインに挟まれていることが多いが、 C5orf36の場合のように常にそうであるとは限らない。
これらは LRR 隣接ドメインとも共存する。これらは小さな全ベータ ストランドドメインであり、病原性細菌リステリア モノサイトゲネス由来のタンパク質インターナリン(InlA) および関連タンパク質 InlB、InlE、InlHについて構造が記述されている。これらの機能は主に構造的であると思われる。これらはロイシンリッチ リピートの C 末端に融合され、LRR を大幅に安定化し、LRR と共通の剛性エンティティを形成する。これら自体はタンパク質間相互作用には関与しないが、この目的のために隣接する LRR ドメインを提示するのに役立つ。これらのドメインは、Ig ドメインの古典的な接続に従う2 つの挟まれたベータ シートで構成されるという点で、Ig 様ドメインのファミリーに属している。ただし、シートの 1 つにあるベータ ストランドは、ほとんどの標準的な Ig 様ドメインよりもはるかに小さく、やや外れ値となっている。[7] [8] [9]
鉄硫黄クラスターは、ロイシンリッチリピートバリアントドメイン（LRV）を含むいくつかのタンパク質のN末端に見られます。これらのタンパク質は2つのドメイン構造を持ち、 4Fe:4Sクラスターを含む4つのシステイン残基のクラスターを含む小さなN末端ドメインと、LRVリピートを含むより大きなC末端ドメインで構成されています。[6] 生化学的研究により、4Fe:4Sクラスターは酸素に敏感であることが明らかになりましたが、可逆的な酸化還元活性は持たないようです。
参照
参考文献
- ^ Kobe B、Deisenhofer J (1994年10月)。「ロイシンリッチリピート：多用途結合モチーフ」。Trends Biochem. Sci . 19 (10): 415–21. doi :10.1016/0968-0004(94)90090-6. PMID 7817399。
- ^ Enkhbayar P、Kamiya M、Osaki M、Matsumoto T、 Matsushima N (2004年2月)。「ロイシンリッチリピート（LRR）タンパク質の構造原理」。タンパク質。54 （ 3）：394–403。doi ： 10.1002 /prot.10605。PMID 14747988。S2CID 19951452 。
- ^ Kobe B、Kajava AV (2001 年 12 月)。「タンパク質認識モチーフとしてのロイシンリッチリピート」。Curr . Opin. Struct. Biol . 11 (6): 725–32. doi :10.1016/S0959-440X(01)00266-4. PMID 11751054。
- ^ Gay NJ、Packman LC、Weldon MA、Barna JC (1991 年 10 月)。「ショウジョウバエ Toll 受容体由来のロイシンに富むリピートペプチドは、β シート構造を持つ拡張フィラメントを形成する」。FEBS Lett . 291 (1): 87–91. doi : 10.1016/0014-5793(91)81110-T . PMID 1657640. S2CID 84294221.
- ^ Rothberg JM、Jacobs JR、Goodman CS、Artavanis-Tsakonas S (1990 年 12 月)。「スリット: 正中グリアと交連軸索経路の発達に必要な細胞外タンパク質には EGF ドメインと LRR ドメインの両方が含まれる」。Genes Dev . 4 (12A): 2169–87. doi : 10.1101/gad.4.12a.2169 . PMID 2176636。
- ^ ab Peters JW、Stowell MH、Rees DC (1996 年 12 月)。「新規反復タンパク質構造モチーフを持つロイシンに富む反復変異体」Nat. Struct. Biol . 3 (12): 991–4. doi :10.1038/nsb1296-991. PMID 8946850. S2CID 36535731.
- ^ Schubert WD、Gobel G、Diepholz M、Darji A、Kloer D、Hain T、Chakraborty T、Wehland J、Domann E、Heinz DW (2001 年 9 月)。「ヒト病原体リステリア・モノサイトゲネス由来のインターナリンは、3 つの異なるフォールドを結合して連続したインターナリンドメインを形成する」。J. Mol. Biol . 312 (4): 783–94. doi :10.1006/jmbi.2001.4989. PMID 11575932。
- ^ Schubert WD、Urbanke C、Ziehm T、Beier V、Machner MP、Domann E、Wehland J、Chakraborty T、Heinz DW (2002 年 12 月)。「リステリア菌の主要侵入タンパク質であるインターナリンとヒト受容体 E カドヘリンの複合体の構造」。Cell . 111 (6): 825–36. doi : 10.1016/S0092-8674 ( 02)01136-4 . PMID 12526809. S2CID 17232767.
- ^ Freiberg A、Machner MP、Pfeil W、Schubert WD、Heinz DW、Seckler R (2004 年 3 月)。「Listeri monocytogenes のインターナリン B のロイシンリッチリピートドメインのフォールディングと安定性」。J. Mol. Biol . 337 (2): 453–61. doi :10.1016/j.jmb.2004.01.044. PMID 15003459。
さらに読む
- トゥーズ、ジョン、ブレンデン、カール・アイバー（1999）。タンパク質構造入門（第2版）。ニューヨーク：ガーランド出版。ISBN 0-8153-2305-0。
- Wei T、Gong J、Jamitzky F、Heckl WM、Stark RW、Roessle SC (2008 年 11 月)。「LRRML: ロイシンリッチリピート (LRR) のコンフォメーションデータベースと XML 記述」。BMC Struct. Biol . 8 (1): 47. doi : 10.1186/1472-6807-8-47 . PMC 2645405. PMID 18986514 .
外部リンク
- 真核生物線形モチーフリソースモチーフクラス LIG_SCF_Skp2-Cks1_1
- SCOP LRRフォールド
- CATH アルファベータ馬蹄形アーキテクチャ
- LRRML: ロイシンリッチリピートのコンフォメーションデータベース