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| クルッペル関連ボックス | |||||||||||
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 KRABドメイン | |||||||||||
| 識別子 | |||||||||||
| シンボル | クラブ | ||||||||||
| パム | PF01352 | ||||||||||
| インタープロ | 著作権 | ||||||||||
| 頭いい | SM00349 | ||||||||||
| プロサイト | PS50805 | ||||||||||
| SCOP2 | 1v65 / スコープ / SUPFAM | ||||||||||
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Krüppel関連ボックス（KRAB ）ドメインは、約400のヒトジンクフィンガータンパク質ベースの転写因子（KRABジンクフィンガータンパク質）に存在する転写抑制ドメインのカテゴリです。 [1] KRABドメインは通常約75アミノ酸残基で構成され、最小抑制モジュールは約45アミノ酸残基です。[2] 2つの両親媒性ヘリックスを介してタンパク質間相互作用を介して機能すると予測されています。最も顕著な相互作用タンパク質はTRIM28と呼ばれ、最初はSMP1として視覚化され、[3] KAP1 [4]およびTIF1-betaとしてクローン化されました。 [5]保存された残基の置換により抑制が解除されます。
10以上の独立してコード化されたKRABドメインは、転写の効果的な抑制因子であることが示されており、この活性はドメインの共通特性であることを示唆しています。KRABドメインはdCas9 CRISPRツールと融合して、さらに強力な抑制因子を形成することができます。[6]
進化
KRABドメインは、1988年にKOX1/ ZNF10のジンクフィンガー領域の5'側に6つのアミノ酸で区切られたロイシン残基の周期的な配列として最初に特定されました[7] 。これはロイシンのヘプタッドリピート（ロイシンジッパーとしても知られています）と名付けられました。 [8]その後、このドメインはC2H2-ジンクフィンガータンパク質であるクルッペル関連ボックス（KRAB）に関連して命名されました。[9] [10] KRABドメインは四肢動物のゲノムに限定されています。C2H2-ZNF遺伝子を含むKRABは、ジンクフィンガー遺伝子の最大のサブファミリーを構成します。C2H2-ZNF遺伝子の半分以上は、ヒトゲノムのKRABドメインに関連しています。それらはクラスター化しやすく、ヒトゲノム上で大きなクラスターとして見つかります。[11]
KRABドメインは、ヒトゲノムの中で最も強力なリプレッサーの1つです。[2] KRABドメインがテトラサイクリンリプレッサー（TetR）と融合されると、TetR-KRAB融合タンパク質は、哺乳類細胞で機能する最初の人工薬剤誘導性リプレッサーとなりました。[3] 2つの異なるタイプのKRAB Aドメインは、構造的および機能的に区別できます。ヒトPDRM9タンパク質に存在する祖先のKRAB Aドメインは、ムール貝のゲノムでも進化的に保存されています。現代のKRAB Aドメイン配列は、シーラカンス（ラティメリア・カルムナエ）と肺魚のゲノムに見られます。[12]
例
KRAB-ZFPをコードするヒト遺伝子には、KOX1/ ZNF10、KOX8/ZNF708、ZNF43、ZNF184、ZNF91、HPF4、HTF10、HTF34などがあります。
参考文献
- ^ Huntley S、Baggott DM、Hamilton AT、Tran-Gyamfi M、Yang S、Kim J、Gordon L、Branscomb E、Stubbs L (2006 年 5 月)。「ヒト KRAB 関連ジンクフィンガー遺伝子の包括的なカタログ: 転写抑制因子の大規模ファミリーの進化史に関する洞察」。Genome Res . 16 (5): 669–77. doi :10.1101/gr.4842106. PMC 1457042 . PMID 16606702。
- ^ ab Margolin JF、Friedman JR、Meyer WK、Vissing H、Thiesen HJ、Rauscher FJ (1994 年 5 月)。「Krüppel 関連ボックスは強力な転写抑制ドメインである」。Proc . Natl . Acad. Sci. USA . 91 (10): 4509–13。Bibcode :1994PNAS... 91.4509M。doi : 10.1073 / pnas.91.10.4509。PMC 43815。PMID 8183939。
- ^ ab Deuschle U、Meyer WK、Thiesen HJ (1995年4月)。「テトラサイクリンによる真核生物プロモーターの可逆的サイレンシング」。Mol . Cell. Biol . 15 (4): 1907–14. doi :10.1128/mcb.15.4.1907. PMC 230416. PMID 7891684 。
- ^ Friedman JR、Fredericks WJ、Jensen DE、Speicher DW、Huang XP、Neilson EG、Rauscher FJ (1996 年 8 月)。「KAP-1、高度に保存された KRAB 抑制ドメインの新しいコリプレッサー」。Genes Dev . 10 ( 16 ): 2067–78。doi : 10.1101/gad.10.16.2067。PMID 8769649 。
- ^ Moosmann P、Georgiev O、Le Douarin B、Bourquin JP、Schaffner W (1996 年 12 月)。「KOX1 の KRAB リプレッサードメインと相互作用する RING フィンガータンパク質 TIF1 ベータによる転写抑制」。Nucleic Acids Res . 24 (24): 4859–67. doi :10.1093/nar/24.24.4859. PMC 146346 . PMID 9016654。
- ^ ジェンセン、トライン I.ミケルセン、ナンナ S.高宗梁。フェルテーダー、ヨハネス。パブスト、ガブリエル。エスベン、アクセルガード。ラウストセン、アンダース。ケーニッヒ、サスキア。ライニッシュ、アンドレアス。バク、ラスムス O. (2021-08-18)。 「CRISPRaおよびCRISPRiを使用した初代細胞における転写の標的制御」。ゲノム研究。31 (11): 2120–2130。土井：10.1101/gr.275607.121。ISSN 1549-5469。PMC 8559706。PMID 34407984。
- ^年次報告書 。バーゼル：バーゼル免疫学研究所。1988年、p.53。ISSN 0301-3782。OCLC 1793356 。
- ^ Thiesen, Hans-Jürgen [ドイツ語] (1990年4月). 「ジンクフィンガードメインをコードする複数の遺伝子がヒトT細胞で発現している」(PDF) . New Biol . 2 (4): 363–74. PMID 2288909.
- ^ Bellefroid EJ、Poncelet DA、Lecocq PJ、Revelant O、Martial JA (1991 年 5 月)。「進化的に保存された Krüppel 関連ボックスドメインは、真核生物の多指タンパク質のサブファミリーを定義します」。Proc . Natl . Acad. Sci. USA . 88 (9): 3608–12。Bibcode :1991PNAS... 88.3608B。doi : 10.1073 / pnas.88.9.3608。PMC 51501。PMID 2023909。
- ^ Thiesen HJ、Bellefroid E、Revelant O、Martial JA (1991 年 7 月)。「Kox 8 のジンクフィンガー領域の上流で特定された保存された KRAB タンパク質ドメイン」。Nucleic Acids Res . 19 (14): 3996. doi :10.1093/nar/19.14.3996. PMC 328495 . PMID 1861988。
- ^ Rousseau-Merck MF、Koczan D、Legrand I、Möller S、Autran S、Thiesen HJ (2002)。「KOX ジンクフィンガー遺伝子：主に 23 染色体座位にジンクフィンガー遺伝子クラスターを持つ 368 個の ZNF PAC クローンのゲノムワイドマッピングが、EnsEMBL で注釈が付けられたヒト配列によって確認されました」。Cytogenet。Genome Res。98 ( 2–3 ) : 147–53。doi : 10.1159/000069802。PMID 12697996。S2CID 29964545 。
- ^ Lorenz P、Steinbeck F、Krause L、Thiesen HJ (2022-01-19)。「ZNF10のKRABドメインは、ヒトPRDM9に存在する先祖KRAB-A関連ドメインを標準的な現代のKRAB-Aドメインに変換する特定のアミノ酸の同定をガイドします」。International Journal of Molecular Sciences。23 ( 3 ): 1072。doi ：10.3390 / ijms23031072。ISSN 1422-0067。PMC 8835667。PMID 35162997。
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