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ジム・ケント | |
|---|---|
 写真提供：ジム・ケント。 | |
| 生まれる | 1960年2月10日 |
| 国籍 | アメリカ人 |
| 母校 | カリフォルニア大学サンタクルーズ校 |
| 受賞歴 | オーバートン賞 ベンジャミン・フランクリン賞（バイオインフォマティクス） |
| 科学者としてのキャリア | |
| 論文 | ヒトゲノムの作業草案の修正とペイント （2002年） |
| 博士課程の指導教員 | アラン・M・ザラー |
| その他の学術アドバイザー | デイヴィッド・ハウスラー[1] |
| Webサイト | ケント |
ウィリアム・ジェームズ・ケント（1960年2月10日生まれ）は、アメリカの研究者、コンピュータプログラマーです。ゲノムデータベースプロジェクトに貢献し、2003年にはベンジャミン・フランクリン賞を受賞しました。
若いころ
ケントはハワイで生まれ、アメリカ合衆国カリフォルニア州サンフランシスコで育ちました。
コンピュータアニメーション
ケントは1983年にアイランドグラフィックス社でプログラミングのキャリアを開始し、そこで家庭用コンピュータAmiga用のAegis Animatorプログラムを作成しました。このプログラムは、3Dのポリゴントゥイーンとシンプルな2Dセルベースのアニメーションを組み合わせたものです。1985年に彼はソフトウェア会社Dancing Flameを設立して経営し、Aegis AnimatorをAtari ST [2]に適応させ、そのマシン用にサイバーペイント[3]を作成しました。サイバーペイントは、さまざまなアニメーションとペイント機能と、CAD-3D用に開発されたデルタ圧縮アニメーション形式を組み合わせた2Dアニメーションプログラムです。ユーザーはアニメーションフレーム間を自由に移動して任意にペイントしたり、さまざまなアニメーションツールを使用してフレーム間で自動的にトゥイーン移動したりできます。サイバーペイントは、圧縮されたデジタルビデオ形式でユーザーが時間を超えてペイントできるようにした最初のコンシューマープログラムの1つでした。その後、彼は同様のプログラムであるPC互換機用のAutodesk Animatorを開発しました。このプログラムでは、画像圧縮が改善され、ハードディスクから再生できるようになり、スムージング、透明化、タイルパターンなどのアルゴリズム変換を実行する「インク」を使用してペイントできるようになりました。Autodesk Animatorは、さまざまなビデオゲームのアートワークを作成するために使用されました。[4]
ヒトゲノムプロジェクトへの関与
2000年に、彼はGigAssembler [5]というプログラムを書き 、公的資金によるヒトゲノムプロジェクトが最初のヒトゲノム配列を組み立てて公開できるようにしました。彼の努力は、彼自身と同僚の研究ニーズによって動機付けられていましたが、データがCelera Genomicsによって特許によって独占所有されるかもしれないという懸念もありました。[6] Celeraとの熾烈な競争の中で、KentとUCSCのDavid Haussler教授は、ソフトウェアを実行するためにLinuxベースのオペレーティングシステムを実行する50台の市販のパーソナルコンピューターの控えめなクラスターをすぐに構築しました。対照的に、Celeraは当時世界で最も強力な民間スーパーコンピューターの1つを使用していたと考えられていました。ケントによるヒトゲノムの最初のアセンブリは 6 月 22 日に公開されました。セレラは 3 日後の 6 月 25 日にアセンブリを完了し、2 つの結果は6 月 26 日にホワイトハウスで発表されました。2000 年 7 月 7 日、サンタクルーズのデータはワールド ワイド ウェブで公開され、公的資金によるこのゲノムを説明する研究論文は、 2001 年 2 月のNature特別号で[7]セレラの結果がScience誌に掲載されたのと並行して発表されました。[8] 2002 年、ティム オライリーはケントの研究を「過去 1 年間のオープン ソース開発で最も重要な成果」と評しました。ケントのゲノム ソフトウェアはすべてオープン ソースであり、ソース コードを無料でダウンロードして読むことができ、すべてのソフトウェアは学術的、非営利的、および個人的な使用に自由に使用できますが、商用利用には UCSC または Kent Informatics Inc. からのライセンスが必要です。 [9]
GigAssemblerの後、ケントはBLAT（BLASTのようなアライメントツール）[10]とUCSCゲノムブラウザ[11]を作成し、重要なゲノムデータの解析に役立てました。ケントはUCSCで、主にヒトゲノムの理解に役立つウェブツールの開発に取り組んでいます。ブラウザの保守とアップグレードに協力しているほか、比較ゲノム[12]、UCSCキロクラスターのジョブ制御管理ソフトウェアであるParasol、ENCODEプロジェクトにも取り組んでいます。
参考文献
- ^ Gitschier, J. (2013). 「生命、宇宙、そして万物：デイヴィッド・ハウスラー氏へのインタビュー」PLOS Genetics . 9 (1): e1003282. doi : 10.1371/journal.pgen.1003282 . PMC 3561096 . PMID 23382705.
- ^ 「Aegis Animator ST と Art Pak ST」。Atarimagazines.com 。 2016年10月21日閲覧。
- ^ 「サイバーペイント」。Ataricq.org。2009年5月23日。 2016年10月21日閲覧。
- ^ Breton Slivka (2009-05-08). 「Busting at the Seams: Autodesk Animator」. Bustingseams.blogspot.com . 2016-10-21閲覧。
- ^ Kent WJ 、Haussler D (2001)。「GigAssembler によるヒトゲノムのワーキングドラフトのアセンブリ」。 ゲノム研究。11 (9): 1461–2。doi :10.1101/gr.183201。PMC 311095。PMID 11544197。
- ^ 「ジム・ケント、フリーおよびオープンソースソフトウェアの英雄」。2012年3月20日時点のオリジナルよりアーカイブ。2010年9月19日閲覧。
- ^ 国際ヒトゲノム配列決定コンソーシアム (2001)。「ヒトゲノムの初期配列決定と分析」(PDF)。Nature。409 ( 6822): 860–921。Bibcode :2001Natur.409..860L。doi : 10.1038 / 35057062。PMID 11237011。
- ^ Venter, JC; et al. (2001). 「ヒトゲノムの配列」（PDF） . Science . 291 (5507): 1304–1351. Bibcode :2001Sci...291.1304V. doi : 10.1126/science.1058040 . PMID 11181995. S2CID 85981305.
- ^ 「/~kent/src のインデックス」Hgwdev.cse.ucsc.edu . 2016 年 10 月 21 日閲覧。
- ^ Kent, WJ (2002). 「BLAT---BLASTのようなアライメントツール」.ゲノム研究. 12 (4): 656–664. doi : 10.1101/gr.229202. PMC 187518. PMID 11932250.
- ^ Kent, WJ; Sugnet, CW; Furey, TS; Roskin, KM; Pringle, TH; Zahler, AM; Haussler, AD (2002). 「UCSC のヒトゲノムブラウザ」.ゲノム研究. 12 (6): 996–1006. doi :10.1101/gr.229102. PMC 186604. PMID 12045153 .
- ^ Kent WJ、Baertsch R、Hinrichs A、Miller W、Haussler D (2003)。「進化の大釜：マウスとヒトのゲノムにおける重複、欠失、再配置」。Proc Natl Acad Sci USA。100 ( 20 ): 11484–9。Bibcode :2003PNAS..10011484K。doi : 10.1073 / pnas.1932072100。PMC 208784。PMID 14500911。
外部リンク
- オライリーのジム・ケント氏へのインタビュー
- ジム・ケントに関するWiredの記事
ウィキメディア・コモンズには、ジム・ケントに関連するメディアがあります。