グラフツール

グラフツール
開発者	ティアゴ・P・ペイショト
安定版リリース	2.45 / 2022年5月22日; 2年前
リポジトリ	git.skewed.de/count0/graph-tool ;
書かれた	Python、C++
オペレーティング·システム	OS X、Linux
タイプ	ソフトウェアライブラリ
ライセンス	LGPL
Webサイト	グラフツール.skewed.de

graph-toolはグラフ（別名ネットワーク）の操作と統計分析のためのPythonモジュールです。graph-toolのコアデータ構造とアルゴリズムはC++で実装されており、 Boost Graph Library ^[1]をベースにしたメタプログラミングを多用しています。多くのアルゴリズムはOpenMPを使用して並列実装されており、マルチコアアーキテクチャでのパフォーマンスが向上しています。

特徴

有向グラフまたは無向グラフの作成と操作。
プロパティマップを使用して、頂点、エッジ、さらにはグラフ自体に任意の情報を関連付けます。
頂点やエッジを「オンザフライ」でフィルタリングし、削除されたように見せます。
dot、Graph Modelling Language、GraphML形式のサポート。
cairoまたはGraphviz をベースにした便利で強力なグラフ描画。
一般的な統計測定のサポート: 次数/プロパティヒストグラム、結合次数/プロパティヒストグラム、頂点間相関、アソート性、平均頂点間最短経路など。
グラフ同型性、サブグラフ同型性、最小全域木、連結成分、ドミネーター木、最大フローなど、いくつかのグラフ理論的アルゴリズムをサポートします。
いくつかの中心性測定のサポート。
クラスタリング係数、ネットワークモチーフ統計、コミュニティ構造検出をサポートします。
任意の次数分布と相関関係を持つランダムグラフの生成。
確立されたネットワークモデルのサポート: Price、Barabási-Albert、Geometric Networks、多次元格子グラフなど。

適合性

グラフツールは、細胞組織のシミュレーション^、 [ ^2]データマイニング、^[^3]^[4]ソーシャルネットワークの分析、^[5]^[6]^P2Pシステムの分析、^[7]エージェントベースシステムの大規模モデリング、^{[8]学術的な}系図ツリーの研究、^{[9]ネットワーク}クラスタリングの理論的評価とモデリング、 [ ^10]大規模コールグラフ分析、[11]脳のコネクトームの分析など、さまざまなコンテキストで非常に大きなグラフ[説明が^必要]を操作するために使用できます。^[12]

参考文献

^ グラフツールのパフォーマンス比較、グラフツール
^ ブルーノ・モニエ他「アポトーシス細胞が及ぼすアピコ基底力は上皮の折り畳みを促進する」ネイチャー、2015年 [1]
^ Ma, Shuai, et al. 「分散グラフパターンマッチング」。第21回World Wide Web国際会議議事録。ACM、2012年。[2]
^ Ma, Shuai, et al. 「グラフパターンマッチングにおけるトポロジーの捕捉」 Proceedings of the VLDB Endowment 5.4 (2011): 310-321. [3]
^ Janssen, E.、MATT Hurshman、NAUZER Kalyaniwalla。「グラフレットを使用したソーシャルネットワークのモデル選択」インターネット数学（2012年）。[4]
^ Asadi, Hirad Cyrus. ソーシャルネットワークのデータ分析のためのミドルウェアの設計と実装。修士論文レポート、KTH コンピューターサイエンスおよびコミュニケーション学部、ストックホルム、スウェーデン、2007 年。[5] 2015 年 1 月 22 日にWayback Machineにアーカイブされました。
^ テレズニアック、スヴェン、他。「Small-World-Eigenschaften Simulation und Evaluation des SemPIR-Modells による einem P2P-Netz の情報検索。」[6] 2015 年 1 月 22 日にウェイバックマシンにアーカイブ
^ Hamacher、Kay、Stefan Katzenbeisser。「公共のセキュリティ：シミュレーションは従来の常識に代わる必要がある。」2011年の新しいセキュリティパラダイムワークショップの議事録。ACM、2011年。[7]
^ 宮原、エドソン清弘、ジーザス・P・メナ＝チャルコ、ロベルト・M・セザール・ジュニア「系譜学アカデミカ・ラテス」。 [8] ^{[永久リンク切れ‍ ]}
^ Abdo, Alexandre H.、APS de Moura。「ネットワークのローカルトポロジーの尺度としてのクラスタリング」arXivプレプリントphysics/0605235（2006）。[9]
^ Narayan, Ganesh, K. Gopinath, V. Sridhar. 「コンピュータプログラムの構造と解釈」ソフトウェア工学の理論的側面、2008年。TASE'08。第2回IFIP/IEEE国際シンポジウム。IEEE、2008年。[10]
^ Gerhard, Stephan, et al. 「コネクトームビューアツールキット：コネクトームを管理、分析、視覚化するためのオープンソースフレームワーク」Frontiers in neuroinformatics 5（2011）。[11]

外部リンク

公式サイト

[1] グラフツールのパフォーマンス比較、グラフツール

[2] ブルーノ・モニエ他「アポトーシス細胞が及ぼすアピコ基底力は上皮の折り畳みを促進する」ネイチャー、2015年 [1]

[3] Ma, Shuai, et al. 「分散グラフパターンマッチング」。第21回World Wide Web国際会議議事録。ACM、2012年。[2]

[4] Ma, Shuai, et al. 「グラフパターンマッチングにおけるトポロジーの捕捉」 Proceedings of the VLDB Endowment 5.4 (2011): 310-321. [3]

[5] Janssen, E.、MATT Hurshman、NAUZER Kalyaniwalla。「グラフレットを使用したソーシャルネットワークのモデル選択」インターネット数学（2012年）。[4]

[6] Asadi, Hirad Cyrus. ソーシャルネットワークのデータ分析のためのミドルウェアの設計と実装。修士論文レポート、KTH コンピューターサイエンスおよびコミュニケーション学部、ストックホルム、スウェーデン、2007 年。[5] 2015 年 1 月 22 日にWayback Machineにアーカイブされました。

[7] テレズニアック、スヴェン、他。「Small-World-Eigenschaften Simulation und Evaluation des SemPIR-Modells による einem P2P-Netz の情報検索。」[6] 2015 年 1 月 22 日にウェイバックマシンにアーカイブ

[8] Hamacher、Kay、Stefan Katzenbeisser。「公共のセキュリティ：シミュレーションは従来の常識に代わる必要がある。」2011年の新しいセキュリティパラダイムワークショップの議事録。ACM、2011年。[7]

[9] 宮原、エドソン清弘、ジーザス・P・メナ＝チャルコ、ロベルト・M・セザール・ジュニア「系譜学アカデミカ・ラテス」。 [8] ^{[永久リンク切れ‍ ]}

[10] Abdo, Alexandre H.、APS de Moura。「ネットワークのローカルトポロジーの尺度としてのクラスタリング」arXivプレプリントphysics/0605235（2006）。[9]

[11] Narayan, Ganesh, K. Gopinath, V. Sridhar. 「コンピュータプログラムの構造と解釈」ソフトウェア工学の理論的側面、2008年。TASE'08。第2回IFIP/IEEE国際シンポジウム。IEEE、2008年。[10]

[12] Gerhard, Stephan, et al. 「コネクトームビューアツールキット：コネクトームを管理、分析、視覚化するためのオープンソースフレームワーク」Frontiers in neuroinformatics 5（2011）。[11]

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