ゲノムワイドな意義

ゲノムワイド関連研究において、ゲノムワイド有意性（略してGWS）は、報告された一塩基多型（SNP）と特定の形質との関連の統計的有意性を決定するための特定の閾値である。最も一般的に受け入れられている閾値はp < 5 × 10 ^{−8であり、これは}ヒトゲノム全体のすべての独立した共通 SNP に対してBonferroni 補正を実行することに基づいている。^[1]ゲノムワイド関連研究でp値がこの閾値よりも低いことが判明した場合、真の SNP 関連がないという帰無仮説は通常棄却される。^[2]ただし、この閾値には批判もあり、2012 年の研究では、この閾値をわずかに上回るp値を持つかなりの数の関連が本物の再現可能な関連であると示唆されている。この研究の著者らは、彼らの発見は「現在の GWS 閾値の緩和の可能性を示唆している」と結論付けている。^[3]最近では、ゲノムワイド関連研究における低頻度遺伝子変異の増加を考慮して、従来の閾値を修正する必要があることが示唆されている。 ^[4]

参考文献

^ Xu, ChangJiang; Tachmazidou, Ioanna; Walter, Klaudia; Ciampi, Antonio; Zeggini, Eleftheria; Greenwood, Celia MT ; UK10Kコンソーシアム（2014年4月）。「全ゲノム配列解析研究におけるゲノムワイドな意義の推定：希少変異体のゲノムワイドな意義」遺伝疫学。38 （4）：281–290。doi ：10.1002/gepi.21797。PMC 4489336。PMID 24676807。 {{cite journal}}: CS1 maint: 数値名: 著者リスト (リンク)
^ Roeder, Kathryn; Wasserman, Larry (2009年11月). 「ゲノムワイド有意水準と加重仮説検定」.統計科学. 24 (4): 398–413. doi :10.1214/09-STS289. ISSN 0883-4237. PMC 2920568. PMID 20711421 .
^ Panagiotou, Orestis A; Ioannidis , John PA; ゲノムワイド有意性プロジェクト（2012年2月）。「ゲノムワイド有意性の閾値はいくらにすべきか？境界遺伝的関連性の実証的再現」。International Journal of Epidemiology。41（1）：273–286。doi ：10.1093/ije/ dyr178。ISSN 0300-5771。PMID 22253303 。
^ Fadista, João; Manning, Alisa K.; Florez, Jose C.; Groop, Leif (2016年8月). 「悪名高いGWAS P値閾値の再検討と低頻度変異に対する更新」. European Journal of Human Genetics . 24 (8): 1202–1205. doi :10.1038/ejhg.2015.269. ISSN 1476-5438. PMC 4970684. PMID 26733288 .

[1] Xu, ChangJiang; Tachmazidou, Ioanna; Walter, Klaudia; Ciampi, Antonio; Zeggini, Eleftheria; Greenwood, Celia MT ; UK10Kコンソーシアム（2014年4月）。「全ゲノム配列解析研究におけるゲノムワイドな意義の推定：希少変異体のゲノムワイドな意義」遺伝疫学。38 （4）：281–290。doi ：10.1002/gepi.21797。PMC 4489336。PMID 24676807。 {{cite journal}}: CS1 maint: 数値名: 著者リスト (リンク)

[2] Roeder, Kathryn; Wasserman, Larry (2009年11月). 「ゲノムワイド有意水準と加重仮説検定」.統計科学. 24 (4): 398–413. doi :10.1214/09-STS289. ISSN 0883-4237. PMC 2920568. PMID 20711421 .

[3] ^ Panagiotou, Orestis A; Ioannidis , John PA; ゲノムワイド有意性プロジェクト（2012年2月）。「ゲノムワイド有意性の閾値はいくらにすべきか？境界遺伝的関連性の実証的再現」。International Journal of Epidemiology。41（1）：273–286。doi ：10.1093/ije/ dyr178。ISSN 0300-5771。PMID 22253303 。

[4] Fadista, João; Manning, Alisa K.; Florez, Jose C.; Groop, Leif (2016年8月). 「悪名高いGWAS P値閾値の再検討と低頻度変異に対する更新」. European Journal of Human Genetics . 24 (8): 1202–1205. doi :10.1038/ejhg.2015.269. ISSN 1476-5438. PMC 4970684. PMID 26733288 .