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ゲノミクスの分野において、GeneCallingはオープンプラットフォームのmRNA転写プロファイリング技術である。[1] GeneCallingプロトコルは、特定の転写産物の遺伝子発現レベルと相関するcDNAレベルを測定する。この技術では、健康な組織と疾患または薬物反応性組織における遺伝子発現の違いを調べ、比較する。[2]この技術は、ヒト組織[3]および植物組織の研究に適用されている。 [4]
方法
GeneCallingプロトコルでは、まず、特定のサンプルからmRNAを分離し、分析のために断片に加工します。これには通常、ポリA RNAからの二本鎖cDNAの合成と細分化が含まれます。次に、異なる制限酵素セットを使用して、分割されたcDNAセットを消化し、得られた断片を標識アダプターに連結してPCRで増幅します。次に、PCR産物を精製し、固定レーザー励起とマルチカラー電荷結合素子イメージングシステムを採用したマウントプラットフォームでゲル電気泳動にかけます。[5] PCRプライマーの1つの5'末端にある蛍光ラベルによってPCR断片を視覚化でき、cDNAを複数の分離された同一の制限消化にかけ、ピークの高さと分散に基づいてマージされたプロファイルを生成します。[6] 次に、cDNA調製物のマージされた消化プロファイルを比較して、異なる発現を示す断片（正常組織と疾患組織または薬剤反応性組織など）を特定します。これらのプロファイルは、GeneScapeなどのさまざまなインターネット対応データベースによって比較されます。[7]
参考文献
- ^ Kirst, ME (2005 年 5 月 1 日). 「小胞体ストレスによって異なる影響を受ける小胞体関連分解タンパク質の同定と特性評価」.植物生理学. 138 (1): 218–231. doi :10.1104/pp.105.060087. PMC 1104177. PMID 15849299 .
- ^ Green, Cynthia D.; Simons, Jan Fredrik; Taillon, Bruce E.; Lewin, David A. (2001年4月). 「オープンシステム：遺伝子発現のパノラマビュー」. Journal of Immunological Methods . 250 (1–2): 67–79. doi :10.1016/S0022-1759(01)00306-4. PMID 11251222.
- ^ 遺伝子データベースクエリと組み合わせた転写プロファイリングによる遺伝子発現解析。Nature Biotechnology 17、798-803：1999
- ^ エストラジオール誘導性転写因子CRCおよびPによって制御されるトウモロコシフラボノイド経路遺伝子の発現プロファイリング。 植物細胞 12、65-79：2000
- ^ Klein, S; de Fougerolles, AR; Blaikie, P; Khan, L; Pepe, A; Green, CD; Koteliansky, V; Giancotti, FG (2002 年 8 月)。「アルファ 5 ベータ 1 インテグリンは血管新生と炎症に重要な NF-κB 依存遺伝子発現プログラムを活性化する」。 分子細胞生物学。22 (16): 5912–22。doi :10.1128/ mcb.22.16.5912-5922.2002。PMC 133962。PMID 12138201。
- ^ Shimkets, RA; et al. (1999). 「遺伝子データベースクエリと組み合わせた転写プロファイリングによる遺伝子発現解析」Nat. Biotechnol . 17 (8): 798–803. doi :10.1038/11743. PMID 10429247. S2CID 25463457.
- ^ Grotewold, Erich (2003). 植物機能ゲノミクス. Springer Science & Business Media. p. 386. ISBN 9781592594139. 2016年10月17日閲覧。