フランチェスコ2世・デステ(1660年3月6日 - 1694年9月6日)は、1662年から1694年までモデナ公およびレッジョ公であった。

彼はモデナ公アルフォンソ4世デステと、マザラン枢機卿の姪であるラウラ・マルティノッツィの間にモデナで生まれた。彼の妹、モデナのマリーは1673年に後のイングランド王ジェームズ2世と結婚し、1685年にイングランド女王となった。彼らの子供、つまりフランチェスコの甥にあたるのが、1715年のジャコバイトの反乱でイングランド王位奪還を目指して戦ったジェームズ、通称「老僭王」である。
彼は2歳で公爵となった。敬虔で厳格な母は、1674年まで摂政を務め、イエズス会の告解司祭ガリンベルティ神父の助言に従い、聖職者を要職に任命した。母が王女に同行してイギリスへ渡ると、フランチェスコは14歳で実権を握った。従兄弟であるチェーザレ・イグナツィオ・デステ公爵との気さくな交流の中で、彼の性格は劇的に変化し、帰国後、公爵未亡人は宮廷から身を引いた。
フランチェスコの外交政策は、1688年以降妹の庇護者となったルイ14世の要求に影響を受けていたが、公国へのフランスの干渉の試みには抵抗した。フランチェスコとロレーヌ家の王女ベアトリス・イエロニム(リールボンヌ公フランソワ・マリーの長女)とのフランコ・モデナ同盟が提案された。この結婚は実現せず、代わりにフランチェスコはマルゲリータ・マリア・ファルネーゼと結婚した。
夫妻には子供がおらず、フランチェスコは結婚からわずか2年後の1694年に跡継ぎを残さずに亡くなったため、異母叔父のリナルド・デステ枢機卿が後を継いだ。彼はこの目的のために聖職のキャリアと枢機卿の地位を放棄した。
彼は少年時代にヴァイオリンを習い、11歳の時には宮廷オーケストラが彼のために復活した。そのオーケストラで演奏していた音楽家の一人がジョヴァンニ・マリア・ボノンチーニだった。フランチェスコは音楽の熱心な後援者であり、作曲家のアルカンジェロ・コレッリは作品3のトリオ・ソナタ(ローマ、1689年)を彼に献呈した。彼の蔵書はモデナのエステンセ図書館にほぼ完全な形で保存されている。