エンドスフィア

内生菌などの一部の微生物は、植物の内部組織に浸透して占拠し、内圏微生物叢を形成する。アーバスキュラー菌根菌やその他の内生菌は、内圏の主要な定着者である。^[2]細菌、そしてある程度は古細菌は、内圏コミュニティの重要なメンバーである。これらの内生微生物の中には、宿主と相互作用し、植物に明らかな利益をもたらすものもある。^{[3] [4] [5]}根圏や根面とは異なり、内圏には非常に特異的な微生物群集が生息している。根の内生菌群集は、隣接する土壌群集とは非常に異なる場合がある。一般に、内生菌群集の多様性は、植物外部の微生物群集の多様性よりも低い。^[6]地上組織と地下組織の内生菌叢のアイデンティティと多様性も、植物内で異なる場合がある。^{[7] [2] [1]}

光にさらされると、葉物野菜などの植物の葉で光合成が促進され、葉組織内のグルコースなどの光合成産物の濃度が上昇する。葉の表面に存在する細菌は、利用可能な光合成産物に反応し、栄養濃度勾配に向かって走化性運動によって葉組織に移動する可能性がある。細菌が葉組織内に入ると、洗い流すことができず、消費者にリスクをもたらす。^{[8]大腸菌や}サルモネラ・エンテリカなどのいくつかの細菌は、植物の葉の表面にある毛状突起、気孔、溝などの微細構造に付着し、^{[9]洗浄水や消毒剤が届かない場所に局在することができる。細菌は、気孔、切り傷、傷など、葉の表面の利用可能な開口部に侵入し、}葉の表皮の下数十マイクロメートルの深さまで到達することもできる。^[10]この浸潤は、生の葉物野菜を人間が摂取する際に危険をもたらす可能性がある。^{[11] [8]}

光は、病原細菌が植物の葉に侵入する原動力の一つである。アイスバーグレタスの葉でS. enterica (血清型 Typhimurium )を光の中で培養すると、開いた気孔の近くに細菌が集まり、葉組織に侵入した。しかし、暗条件では、葉の表面で付着パターンが散在し、気孔侵入は不良であった。^{[10]光にさらされた葉組織の光合成活性細胞によって生成される}グルコースやスクロースなどの栄養素は、もともと葉の表面に存在する細菌にとって魅力的である。^[12]光の中で気孔が開くと、細菌が栄養勾配に向かって走化性を介して葉の内部に輸送される機会がもたらされる。多くの植物は、細菌表面構造を感知すると気孔を閉じる気孔防御機構を発達させており、これは微生物関連分子パターン(MAMP) として知られている。^{[13]しかし、必ずしも成功するとは限らず、一部のヒト病原体は走化性や}運動性を伴うプロセスを通じて葉の内部に侵入することが示されている。^{[10] [8]}