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| Dockerinドメイン | |||||||||
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 C. thermocellum セルロソームの Dockerin タイプ I ドメインの構造。 | |||||||||
| 識別子 | |||||||||
| シンボル | ドッカーリン_1 | ||||||||
| パム | PF00404 | ||||||||
| インタープロ | 著作権 | ||||||||
| プロサイト | PDOC00416 | ||||||||
| SCOP2 | 1daq / スコープ / SUPFAM | ||||||||
| 医療機器 | cd14253 | ||||||||
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ドッケリンは嫌気性細菌のセルロソーム細胞構造に見られるタンパク質ドメインです。多くのエンドグルカナーゼ酵素に見られます。ドッケリンの結合パートナーは、スキャフォールディンタンパク質にあるコヒーシンドメインです。セルロソームの酵素成分のドッケリンドメインとスキャフォールディンタンパク質のコヒーシンドメイン間のこの相互作用は、セルロソーム複合体の構築に不可欠です。[1]ドッケリンドメインには、非EFハンドカルシウム結合モチーフの2つの直列反復があります。各モチーフはループヘリックス構造を特徴としています。[2]ドッケリンの3次元構造は、溶液中、 [3]およびコヒーシンとの複合体で 決定されています。 [4]
ドッケリンドメインには、I、II、IIIの3種類があり、それぞれコヒーシンI型、コヒーシンII型、コヒーシンIII型に結合します。I型ドッケリンドメインは65〜70残基の長さです。[5] I型相互作用の結合特異性は、構造研究と変異誘発研究によって十分に研究されています。II型相互作用はあまりよく特徴付けられていません。[6]
参照
参考文献
- ^ Ding SY、Rincon MT、Lamed R、Martin JC、McCrae SI、Aurilia V、et al. (2001)。「Ruminococcus flavefaciens由来のセルロソームスキャフォールディン様タンパク質」。J Bacteriol . 183 (6): 1945–53. doi : 10.1128 /JB.183.6.1945-1953.2001. PMC 95089. PMID 11222592.
- ^ SCOP63447
- ^ PDB : 1DAQ ; Lytle BL、Volkman BF、Westler WM、Heckman MP、Wu JH (2001 年 3 月)。「新規原核生物細胞外カルシウム結合ドメインであるタイプ I ドッケリンドメインの溶液構造」。J. Mol. Biol . 307 (3): 745–53. doi :10.1006/jmbi.2001.4522. PMID 11273698。
- ^ PDB : 1OHZ ; Carvalho, AL; Dias, FMV; Prates, JAM; Nagy, T.; Gilbert, HJ ; Davies, GJ ; Ferreira, LMA; Romao, MJ; Fontes, CMGA (2003). 「コヒーシン-ドッケリン複合体の結晶構造によって明らかになったセルロソームの組み立て」米国科学アカデミー紀要. 100 (24): 13809–13814. doi : 10.1073/pnas.1936124100 . PMC 283503. PMID 14623971 .
- ^ インタープロ:インタープロ: IPR016134
- ^ Adams JJ、Webb BA、Spencer HL 、 Smith SP (2005 年 2 月)。「Clostridium thermocellum のセルロソームから得たタイプ II ドッケリン モジュールの構造特性: カルシウム誘導によるコンフォメーションとターゲット認識への影響」。生化学。44 ( 6 ): 2173–82。doi :10.1021/bi048039u。PMID 15697243。
外部リンク
タンパク質構造:
- Lytle BL、Volkman BF、Westler WM、Heckman MP、Wu JH (2001)。「新規原核生物細胞外カルシウム結合ドメインであるタイプ I ドッケリンドメインの溶液構造」。J Mol Biol . 307 (3): 745–753. doi :10.1006/jmbi.2001.4522. PMID 11273698。
- Bayer EA、Shimon LJ、Shoham Y、Lamed R (1998)。「セルロソームの構造と超構造」。J Struct Biol . 124 (2–3): 221–234. doi :10.1006/jsbi.1998.4065. PMID 10049808。
特異性の特徴:
- Haimovitz R、Barak Y、Morag E、Voronov-Goldman M、Shoham Y、Lamed R、Bayer EA (2008)。「コヒーシン-ドッケリンマイクロアレイ：相互作用するタンパク質モジュールの2つの補完ファミリー間の多様な特異性」。プロテオミクス 。8 ( 5 ) : 968–979。doi : 10.1002 /pmic.200700486。PMID 18219699。S2CID 206360888。
- Adams JJ、Webb BA、Spencer HL 、 Smith SP (2005)。「Clostridium thermocellum のセルロソームからの II 型ドッケリン モジュールの構造特性: カルシウム誘導によるコンフォメーションとターゲット認識への影響」。生化学。44 ( 6): 2173–2182。doi :10.1021/bi048039u。PMID 15697243 。
- Jindou S, Soda A, Karita S, Kajino T, Béguin P, Wu JH, Inagaki M, Kimura T, Sakka K, Ohmiya K (2004). 「Clostridium josui と Clostridium thermocellum 内およびそれらの間のコヒーシン-ドッケリン相互作用: 同族ドッケリンおよびコヒーシンドメイン間の結合選択性と種特異性」J Biol Chem . 279 (11): 9867–9874. doi : 10.1074/jbc.M308673200 . PMID 14688277.