DPVウェブ

DPVweb は、分類学、バイオインフォマティクス、症状のデータを組み合わせた、植物ウイルスを研究するウイルス学者向けのデータベースです。

DPVwebは、ウイルス、ウイロイド、植物、真菌、原生動物のサテライトに関する情報をウェブベースで提供する中心的な情報源です。^[1]

このデータベースは、各科および属の簡単な説明、およびウイルス配列の分類リストを含む包括的な分類情報を提供します。また、完全な、または少なくとも 1 つの完全な遺伝子を含む、植物、真菌、原生動物のウイルス、ウイロイド、サテライトのすべての配列に関する詳細なキュレーション情報も保持する大規模なデータベースを活用します。現在、このような配列は約 10,000 あります。比較のために、DPVweb には、RNAまたは一本鎖DNA ゲノムを持つ他のすべての完全に配列されたウイルス種の代表的な配列も含まれています。キュレーションされた各配列について、データベースには各機能 (遺伝子、非翻訳領域など) の開始位置と終了位置が含まれており、これらは正確性が確認されています。可能な限り、遺伝子とタンパク質の命名法は、属と科内で標準化されています。機能の配列 (DNA またはアミノ酸配列のいずれか) は、 FASTA形式で Web サイトから直接ダウンロードできます。^[要出典]

シーケンス情報には、パソコン用のクライアントソフトウェア経由でもアクセスできます。

植物ウイルスの説明 (DPV) は、 1970 年に応用生物学者協会によって一連のリーフレットとして初めて発行されました。各リーフレットは、特定の植物ウイルスを説明する専門家によって書かれました。^[2] 1998 年に、紙で発行された 354 の DPV はすべてスキャンされ、データベースの電子形式に変換され、CD-ROM で配布されました。2001 年に、説明は新しい DPVweb サイトで利用できるようになり、現在 400 を超える DPV (現在は 415) とすべての植物ウイルスの分類データおよび配列データにオープン アクセスできるようになりました。

DPVweb は、植物ウイルス学の分野の研究者を支援するとともに、ウイルス学や分子生物学の学生のための教育リソースでもあります。

このサイトは、すべての既知の植物ウイルスゲノム配列への単一のアクセス ポイントを提供し、これらの配列をまとめてさらに分析および比較することを容易にします。DPVweb データベースの配列データは、多くのプロジェクトにとって価値があることが証明されています。

1. すべての植物ウイルスにおけるコドン使用偏りの調査、
2. フレキシウイルス科とポティウイルス科の包括的な配列セット間の双方向比較は、分類学に情報を提供し、属と種の識別基準を明確にするのに役立ちました。
3. ポティウイルス科内のポリタンパク質切断部位の調査と検証。

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