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| 開発者 | アジャイル分子 |
|---|---|
| 初回リリース | 2006年 |
| 安定版リリース | 2.1.4.2
|
| オペレーティング·システム | Windows XP/7/8/10 |
| プラットフォーム | x86、Nvidia GPU CUDA |
| 利用可能 | 英語 |
| タイプ | 分子動力学、分子グラフィックス |
| ライセンス | 独自 |
| Webサイト | www.biomolecular-modeling.com/Abalone |
Abaloneは、明示的（柔軟なSPC水モデル[1]）または暗黙的水モデル[2]の周期境界条件における生体分子のシミュレーションを行う汎用分子動力学および分子グラフィックスプログラムです。主にAMBER力場でタンパク質の折り畳みとDNA-リガンド複合体をシミュレートするように設計されています。
主な特徴
- 3D分子グラフィックス
- 生体元素の自動力場ジェネレーター: H、C、N、O
- 化学構造の構築と編集
- ビルディングブロックのライブラリ
- 力場：エネルギー改良による支援モデル構築（AMBER）94、96、99SB、03; 液体シミュレーションのための最適化ポテンシャル（OPLS）
- ジオメトリの最適化
- 複数の時間ステップ積分器を備えた分子動力学
- ハイブリッドモンテカルロ
- レプリカ交換[3]
- 量子化学とのインターフェース - ORCA、NWChem、Firefly (PC GAMESS)、CP2K
- GPU による分子モデリングの高速化
参照
参考文献
- ^ Toukan K & Rahman A (1985). 「水中の原子運動の分子動力学研究」. Physical Review B. 31 ( 5): 2643–2648. Bibcode :1985PhRvB..31.2643T. doi :10.1103/PhysRevB.31.2643.
- ^ Still WC, Tempczyk A, Hawley RC, Hendrickson T (1990). 「分子力学と動力学のための溶媒和の半分析的処理」J Am Chem Soc . 112 (16): 6127–6129. doi :10.1021/ja00172a038.
- ^ Y. Sugita & Y. Okamoto (1999). 「レプリカ交換分子動力学法によるタンパク質フォールディング」. Chemical Physics Letters . 314 : 141–151. Bibcode :1999CPL...314..141S. doi :10.1016/S0009-2614(99)01123-9.
外部リンク
- 公式サイト
- ベンチマーク