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| コンテンツ | |
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| 説明 | 環境科学を対象とした化学物質データベース。875,000 種類以上の化合物、特性、生物検定データ、関連情報へのアクセスを提供します。 |
| 接触 | |
| 研究センター | 環境保護庁 |
| 研究室 |
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| 主な引用 | CompTox化学ダッシュボード：環境化学のためのコミュニティデータリソース。[1] |
| アクセス | |
| Webサイト | comptox.epa.gov/ダッシュボード |
| ダウンロードURL | comptox.epa.gov/dashboard/downloads |
| その他 | |
| ライセンス | パブリックドメイン |
| データ公開 頻度 | 6ヶ月ごと |
| キュレーションポリシー | 手動でキュレーション |
CompTox化学物質ダッシュボードは、米国環境保護庁(EPA)が作成し、管理している、自由にアクセスできるオンライン データベースです。このデータベースでは、物理化学的特性、環境運命と輸送、暴露、使用、生体内毒性、生体外バイオアッセイなど、さまざまな種類のデータにアクセスできます。EPA やその他の科学者は、ダッシュボードに含まれるデータとモデルを使用して、さらにテストが必要な化学物質を特定し、化学物質のテストにおける動物の使用を減らしています。ダッシュボードは、パーフルオロアルキル化物質など、EPA アクション プランからの情報を一般に公開するためにも使用されます。[2] [3]
元々は化学ダッシュボードというタイトルで、最初のバージョンは2016年にリリースされました。[4]データベースの最新リリース（バージョン3.0.5）には、875,000を超える化学物質の手動でキュレーションされたデータが含まれており、EPAの毒性予測（ToxCast）ハイスループットスクリーニングプログラムから生成された最新のデータが組み込まれています。[5]化学物質ダッシュボードは、ToxCastダッシュボード、 [6]、内分泌かく乱スクリーニングプログラム（EDSP）ダッシュボード[7]、化学物質および製品データベース（CPDat）など、以前のいくつかのEPAデータベースのデータを1つのパッケージに統合しています。 [8]
範囲とアクセス
CompTox Chemicals Dashboardデータベースには、広範囲にキュレーションされ品質チェックされた高品質の化学構造と情報が含まれており、構造同定に携わる分析科学者のリソースとして使用できます。[9]
ダッシュボードの化学物質ハザードデータは、従来の実験動物研究とハイスループットスクリーニングの両方から得られます。ハイスループットスクリーニングからの生物学的データは、EPAのToxCastプログラム[5]によって生成され、データベースのToxCastデータは、使用されたアッセイとその反応効力と有効性に関する情報を提供します。これらのデータは、生物活性タブにあります。
化学物質ダッシュボードには、Web インターフェイスからアクセスすることも、ダッシュボード内のデータセットをダウンロードしてオフラインで使用することもできます。リスト タブを使用すると、特定の研究トピック (タバコの添加物や神経発達への影響を示す化学物質など) との関連性や、それらがカバーされている特定のアッセイ エンドポイントに基づいて、関連する化学物質のグループを参照およびダウンロードできます。
オンラインダッシュボード内では、製品/用途カテゴリ、アッセイ/遺伝子、体系名、同義語、CAS 番号、DSSTox 物質 ID、またはInChiKeyで検索できます。詳細検索タブでは、化学物質を質量または分子式に基づいて検索できます。また、バッチ検索機能を使用して、化学名 CASRN、InChIKey、DSSTox 物質 ID、DSSTox 化合物 ID、InChIKey スケルトン、MS-Ready 式、正確な式、またはモノアイソトピック質量に基づいて化学物質のグループを検索することもできます。
その他の機能
Generalized Read-Across (GenRA)と呼ばれる自動化されたリードアクロスツールが化学物質ダッシュボードに統合されています。GenRAは、リードアクロス法に固有の専門家の考慮を維持しながら、化学物質の選択プロセスを自動化して毒性の予測に役立つように設計されています。[10]
ダッシュボードには、PubMed、ウェブベースの「Abstract Sifter」[11] 、 Google Scholar、EPAの暫定査読済み毒性値（PPRTV）およびEPA統合リスク情報システム（IRIS）からのレポートなどの既存の科学文献ソースを検索する機能もあります。
複数の物理化学的特性と毒性エンドポイントのリアルタイムQSAR予測は、予測タブから利用できます。
質量分析のサポート
ダッシュボードは質量分析をサポートしており、質量と分子式に基づいてデータベースに含まれる化学データに対する検索を提供します。ダッシュボードは、「既知の未知数」を検索する非標的分析に適用されています。[12]標的質量分析と非標的質量分析の両方がサポートされています。検索では、化合物の「MS-Ready」形式に基づく検索が利用されます。個々の化学物質は、質量分析によって検出される形式に圧縮され、塩は脱塩および中和され、多成分化学物質は個々の成分に分離されます。[13]
参照
Wikidata には次のプロパティがあります:
DSSTox 物質 ID (P3117) (用途を参照)
参考文献
- ^ Williams, Antony J. ; et al. (2017-11-18). 「CompTox Chemistry Dashboard: 環境化学のためのコミュニティデータリソース」Journal of Cheminformatics . 9 (1): 61. doi : 10.1186/s13321-017-0247-6 . PMC 5705535 . PMID 29185060.
- ^ Keyt, Bryan; Lee, Thomas; Poplawski, Steven (2019年3月27日). 「EPAがパーフルオロアルキル化合物およびポリフルオロアルキル化合物（PFAS）に関する行動計画を発表：概要と今後の取り組み」JD Supra . 2019年4月21日閲覧。
- ^ Patlewicz, G; et al. (2019年1月). 「段階的毒性および毒物動態試験のための75種類のパーフルオロアルキル物質およびポリフルオロアルキル物質（PFAS）を選択するための化学物質カテゴリーベースの優先順位付けアプローチ」Environmental Health Perspectives . 127 (1): 014501. doi : 10.1289/EHP4555 . PMC 6378680. PMID 30632786 .
- ^ Williams, Antony J.; Grulke, Christopher M.; Edwards, Jeff; McEachran, Andrew D.; Mansouri, Kamel; Baker, Nancy C.; Patlewicz, Grace; Shah, Imran; Wambaugh, John F. (2017-11-28). 「CompTox Chemistry Dashboard: 環境化学のためのコミュニティデータリソース」Journal of Cheminformatics . 9 (1): 61. doi : 10.1186/s13321-017-0247-6 . ISSN 1758-2946. PMC 5705535 . PMID 29185060.
- ^ ab US EPA, ORD (2015-08-21). 「毒性予測」US EPA . 2019-04-22閲覧。
- ^ US EPA, ORD (2017-11-01). 「ToxCastデータの調査」US EPA . 2019-04-22閲覧。
- ^ US EPA、OCSPP (2015-08-14)。「21世紀の内分泌かく乱物質スクリーニングプログラム（EDSP）」。US EPA 。2019年4月22日閲覧。
- ^ US EPA, ORD (2016-08-04). 「化学物質および製品データベース (CPDat)」. US EPA . 2019-04-22閲覧。
- ^ US EPA、ORD (2018-04-30)。「EPAのCompTox化学ダッシュボードを使用した構造同定」。US EPA 。2019年4月23日閲覧。
- ^ US EPA、ORD (2018-09-25)。「EPAのCompToxダッシュボードの新しいGenRAモジュールは、潜在的な化学物質の毒性を予測するのに役立ちます」。US EPA 。2019年4月23日閲覧。
- ^ Baker, N; et al. (2017年12月). 「Abstract Sifter: PubMedへの包括的なフロントエンドシステム」. F1000Research . 6 : 2164. doi : 10.12688 /f1000research.12865.1 . PMC 5801564. PMID 29479422.
- ^ McEachran, AD; Sobus JR C; Williams AJ (2016 年 12 月). 「米国 EPA の CompTox 化学ダッシュボードを使用した既知の未知物質の特定」.分析および生物分析化学. 409 (7): 1729–1735. doi :10.1007/s00216-016-0139-z. PMID 27987027. S2CID 31754962.
- ^ McEachran, AD; et al. (2018年8月). 「非標的高解像度質量分析スクリーニング研究のための「MS対応」構造」Journal of Cheminformatics . 10 (1): 45. doi : 10.1186/s13321-018-0299-2 . PMC 6117229. PMID 30167882 .